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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
环朋朋 吕建建 孙东方 高保全 刘萍
甲基转移酶是维持基因组甲基化状态的重要基因,本研究利用SMART-RACE技术克隆了三疣梭子蟹甲基转移酶(Pt DNMT1)基因。Pt DNMT1基因c DNA序列全长5919 bp,包括4832 bp的开放阅读框,编码1610个氨基酸,预测分子量为148.15 k Da,理论等电点为4.68。结构预测发现Pt DNMT1有两个特殊的结构域,分别是zf-CXXC锌指结构域和甲基转移酶家族特有的Dcm结构域,进化树分析显示Pt DNMT1基因与昆虫类的DNMT基因聚为一支。组织表达分析发现:Pt DNMT1
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王磊 任宪云 宋柳 吕建建 高保全 刘萍 孙东方
本研究利用RACE方法克隆获得三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)凋亡蛋白酶激活因子-1(Apoptoticproteaseactivatingfactor-1,Apaf-1)基因,该基因c DNA全长为2032bp,其中,ORF为1050 bp,编码349个氨基酸,预测分子量为39.13 kDa,理论等电点为7.67。同源性和系统发育分析显示,Apaf-1与凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)Apaf-1的同源性最高,为51.27%,并与凡纳滨对虾聚为一支。组织表达分析显示,Apaf-1基因的相对表达水平在肝胰脏最高,其次是肌肉、心脏、鳃和眼柄,血细胞和表皮最低。不同盐度胁迫后,Apaf-1在Ⅱ期幼蟹体内表达水平在3 h达到最大值,此后,呈先下降再上升趋势;Apaf-1在80日龄盐度20胁迫后三疣梭子蟹的鳃中呈上升趋势,在肝胰腺中为先上升后下降趋势,表明盐度改变能影响该基因在鳃和肝胰腺组织中的表达。不同病原感染实验结果显示,在血细胞中,注射副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)后Apaf-1的表达于48 h到达峰值,为对照组的2.76倍(P<0.05),注射WSSV后在12h到达峰值,为对照组的5.89倍(P<0.05),整体呈上调表达趋势。本研究为进一步理解三疣梭子蟹Apaf-1基因的生理功能提供了参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
柳志业 朱冬发 谢熙 邱锡尔 周彦琦 沈锡权
细胞色素P450(CYP)302a1是昆虫蜕皮激素合成通路中的关键酶,为了研究其在三疣梭子蟹蜕皮过程中的调控作用,实验采用反转录PCR(RT-PCR)和c DNA末端快速扩增(RACE)技术,克隆得到了三疣梭子蟹CYP302a1全长c DNA序列(Gen Bank登录号:KM596851)。该序列全长为3 171 bp,包含一个长度为1 626 bp的开放阅读框,编码541个氨基酸;序列分析显示该氨基酸含helix-C、helix-K、helix-I、PERF及heme-binding共5个P450特征保守区域;系统进化树分析发现三疣梭子蟹CYP302a1与日本剑水蚤CYP302a1聚为一小支...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张杰 吕建建 刘萍 李健 王竹青 张小辉
采用RACE技术克隆得到三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)Tolls家族的一个新基因,将其命名为PtToll4。该基因cDNA全长为4276 bp,5′和3′非编码区分别为339 bp和1252 bp,编码一个含有895个氨基酸、分子量为102.5 k Da、理论等电点为6.03的蛋白质。PtToll4蛋白是一个跨膜蛋白,存在胞外区LRR、LRRCT结构域及保守的胞内区TIR结构域。同源性及系统进化分析显示,PtToll4氨基酸序列与中华绒螯蟹(Eriocheir sinens
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张杰 吕建建 刘萍 李健 王竹青 张小辉
采用RACE技术克隆得到三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)Tolls家族的一个新基因,将其命名为PtToll4。该基因cDNA全长为4276 bp,5′和3′非编码区分别为339 bp和1252 bp,编码一个含有895个氨基酸、分子量为102.5 k Da、理论等电点为6.03的蛋白质。PtToll4蛋白是一个跨膜蛋白,存在胞外区LRR、LRRCT结构域及保守的胞内区TIR结构域。同源性及系统进化分析显示,PtToll4氨基酸序列与中华绒螯蟹(Eriocheir sinens
[期刊] 水产学报
[作者]
王伟 吴旭干 潘桂平 侯文杰 成永旭
为探究几丁质酶基因在三疣梭子蟹蜕皮过程中的生理作用,本研究通过转录组测序和RACE技术克隆了三疣梭子蟹几丁质酶基因(Pt Chi)c DNA全长(登录号:KF914663),并通过荧光定量PCR(qRT-PCR)技术研究了该基因在三疣梭子蟹不同组织及不同蜕皮阶段的表达情况。结果表明:(1)Pt Chi基因c DNA全长2 200 bp,包括5'非编码区(5'-UTR)16 bp、3'非编码区(3'-UTR)714 bp和开放阅读框1 470 bp,编码489个氨基酸,预测蛋白质分子量和等电点为53.97 ku和4.76。(2)Blast P结果显示,Pt Chi推导氨基酸序列与已知甲壳动物Ch...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张龙涛 吕建建 高保全 刘萍 付萍
采用ＲＡＣＥ技术，克隆出三疣梭子蟹（ＰｏＲｔｕｎｕｓ ｔＲｉｔｕｂＥＲＣｕｌＡｔｕｓ）核受体基因ＨＲ３８的Ｃ ＤｎＡ全长，命名为ＰｔＨＲ３８。该基因Ｃ ＤｎＡ序列全长为２９５０ ｂＰ，５′和３′非编码区（ｕｔＲ）长分别为１０１ ｂＰ和５５１ ｂＰ，开放阅读框（ｏＲＦ）长２２９８ ｂＰ。推测编码７６５个氨基酸，预测分子量为８４．２ ｋ Ｄ，理论等电点为６．３。生物学分析预测，ＰｔＨＲ３８基因编码的蛋白属于不稳定蛋白，不具有跨膜结构域。同源性分析表明，ＰｔＨＲ３８基因编码的氨基酸序列与大型溞（ＤＡＰＨｎｉＡ ｍＡｇｎＡ）的同源性最高。实时荧光定量分析表明，ＰｔＨＲ３８基因在蜕皮周期的各个组织中均有．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
王凤皎 朱冬发 邱锡尔 谭义川 周彦琦 柳志业 谢熙
乙酰Co A酰基转移酶(acetyl-Co A C-acetyltransferase,AACT)是甲羟戊酸途径的初始酶,为了研究该酶在甲壳动物卵巢发育调控中的作用,用RT-PCR和c DNA末端快速扩增(RACE)技术,克隆得到三疣梭子蟹AACT(Pt-AACT)的c DNA全长(Gen Bank登录号:KM033231)。这段序列全长1 630 bp,包括1个101 bp的5'端非编码区,1个395 bp的3'端非编码区和1个1 134 bp的开放阅读框,编码377个氨基酸。对其氨基酸序列进行生物信息学预测,发现Pt-AACT属于疏水性蛋白,无跨膜结构域,存在2个硫解酶特异性保守区。与其他...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯艳艳 李健 张德宁 刘萍 吕建建 高保全
取健康三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)‘黄选1号’80日龄幼蟹,体重(32.66±6.27)g。通过RT-PCR及Smart-TM Race技术,克隆了三疣梭子蟹谷胱甘肽S-转移酶(glutathiones-transferase,简称GST)基因c DNA全长序列(Gen Bank登录号:KF781517)。GST基因全长1 010 bp,编码一个由216个氨基酸组成的多肽,预测理论等电点PI为5.294,分子量为24.59 k D。氨基酸序列中含有GST基因家族特有GST-N结构域和GST-C结构域。同源性及系统进化分析表明,三疣梭子蟹GST基因与中华绒螯蟹(...
[期刊] 水产学报
[作者]
崔晓雨 朱冬发 汤洁 谢熙 邱锡尔
为研究蜕皮激素受体(EcR)在甲壳动物生长和生殖过程中的作用,采用反转录PCR(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,克隆了三疣梭子蟹蜕皮激素受体(PtEcR)基因全长cDNA序列(GenBank登录号:KC354381),运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,分析该基因在不同组织、蜕皮时期和二次卵巢发育阶段的表达特征。结果表明,PtEcR cDNA全长2 231 bp,包含1 269 bp ORF,编码422个氨基酸;推导的PtEcR氨基酸序列与已公布的其他甲壳动物EcR进行比对,发现一致性达67%~97%;系统进化树分析PtEcR与其它甲壳动物EcR聚为一支,而昆虫...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
题兴斌 吕建建 宋柳 阎德平 孙东方 刘萍
本研究利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆了三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus) 14-3-3基因(Pt14-3-3)。Pt14-3-3基因cDNA序列全长为2510 bp，包含开放阅读框741 bp，编码由247个氨基酸组成的蛋白，分子量为27.98 kDa。序列比对分析结果显示，Pt14-3-3基因与中华绒螯蟹14-3-3基因同源性最高(100%)。系统进化树分析表明，Pt14-3-3氨基酸序列与中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)紧密聚为一支。组织表达分析显示，Pt14-3-3基因在肝胰腺、肌肉、鳃、心脏、眼柄、血淋巴中均有表达，其中，在肝胰腺中表达量最高。低盐胁迫后，Pt14-3-3基因在鳃和肝胰腺中的表达量分别于48 h和12 h显著上调并达到最大值，分别为对照组的1.34倍(P<0.05)和7.54倍(P<0.05)。本研究结果表明，Pt14-3-3基因可能在三疣梭子蟹低盐适应和免疫反应中发挥重要作用。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
贾复龙 孟宪亮 刘萍 李健 高保全
本实验应用ＲＡＣＥ技术克隆获得了三疣梭子蟹（ＰｏＲｔｕｎｕｓ ｔＲｉｔｕｂＥＲＣｕｌＡｔｕｓ）周期蛋白依赖性激酶７（Ｃｄｋ７）基因Ｃ ｄｎＡ序列全长。基因５′和３′非编码区域（ｕｔＲ）以及开放阅读框的长度分别是２３ ｂＰ、１７８ ｂＰ和１０５６ ｂＰ，预测编码一个含有３５１个氨基酸，分子量为３９．９１ ｋ ｄ的蛋白质，包含一个丝氨酸／苏氨酸催化保守结构域和ｔ－ｌｏｏＰ结构。同源性分析表明，三疣梭子蟹Ｃｄｋ７氨基酸序列与其他物种Ｃｄｋ７相似度较高，说明Ｃｄｋ７基因具有很好的保守性。实时荧光定量ＰＣＲ结果显示，三疣梭子蟹Ｃｄｋ７基因在卵巢组织中的表达量显著高于其他组织（Ｐ＜０．０５）。Ｃｄｋ７基因．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张晓燕 李健 刘萍 陈萍 孙铭 葛红星
通过简并引物扩增及Smart TM Race技术,首次克隆了三疣梭子蟹Portunus trituberculatus蜕皮激素受体EcR基因cDNA全长序列。该基因全长2 996bp,编码一个由503个氨基酸组成的多肽,预测理论等电点pI为7.33,分子量大小为55.69kDa。同源性及系统进化分析表明,三疣梭子蟹EcR基因与青蟹、拟穴青蟹、大西洋招潮蟹、陆地蟹、美洲螯虾、褐虾、日本对虾的同源性分别为94%、90%、88%、84%、82%、73%、66%。荧光定量RT-PCR结果表明,EcR在肝胰腺、卵巢、肌肉、眼柄、鳃和心脏中均有分布,在肝胰腺中表达量最高,在心脏中最低。高盐(45)胁迫下,...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张凤 吕建建 刘萍 高保全 李健
为初步研究三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)几丁质酶PtCht3的生物学功能,利用特异性引物扩增和SMART(TM) RACE技术克隆获得三疣梭子蟹PtCht3基因全长c DNA序列,并对该序列进行分析。结果显示,三疣梭子蟹PtCht3基因全长为1409 bp,对PtCht3基因序列推导出的氨基酸序列进行分析可知,该基因编码由394个氨基酸组成的蛋白质,预测分子量为43.67 kDa,理论等电点为4.80。PtCht3蛋白亲水性总平均数为-0.097,属于稳定蛋白。同源性和系统
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张小辉 孟宪亮 高保全 刘萍 王竹青 张杰 蔡影
本研究利用RACE技术克隆了三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)Drosha和Exportin 5基因的cDNA全长序列,Drosha基因长度为3443 bp,编码1038个氨基酸,预测蛋白质包含2个相邻的RNA酶Ⅲ结构域(RⅢDa和RⅢDb)和1个双链RNA结合结构域(dsRBD)。Exportin 5基因全长为5000 bp,编码1208个氨基酸,预测蛋白质包含1个Importin-βN-末端结构域(IBN-N)和1个核输出蛋白结构域(XPO-1)。同源分析显示,三疣梭子蟹Drosha氨基酸序列与其他物种高度相似,与日本对虾(Marsupenaeus japonicus)相似度最高,达94%。qRT-PCR分析结果显示,Drosha和Exportin 5基因在三疣梭子蟹各组织中均有表达,其在卵巢和肝胰腺中的表达量最高(P
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