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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 张庆起 高焕 阎斌伦
为开发三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)增殖放流分子标志技术,本研究在前期获得三疣梭子蟹线粒体基因组24个SNP位点的基础上,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对4个用于增殖放流的家系(A、B、C和D)(代表约80120万个放流个体)进行了鉴别工作。结果显示,含有SNP位点的22条PCR扩增序列中,有9条SNP位点扩增产物在亲代(母本)及其子代的28个个体之间具有基本一致的熔解峰,且子代个体间T_m的均一性较好,无明显差异;进一步以序列已知的野生型及其突变体作为同一SNP引
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 张庆起 高焕 阎斌伦
为开发三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)增殖放流分子标志技术,本研究在前期获得三疣梭子蟹线粒体基因组24个SNP位点的基础上,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对4个用于增殖放流的家系(A、B、C和D)(代表约80~120万个放流个体)进行了鉴别工作。结果显示,含有SNP位点的22条PCR扩增序列中,有9条SNP位点扩增产物在亲代(母本)及其子代的28个个体之间具有基本一致的熔解峰,且子代个体间Tm的均一性较好,无明显差异;进一步以序列已知的野生型及其突变体作为同一SNP引物扩增片段,在各家系间分析HRM标准曲线,这9个SNP可以成功用于三疣梭子蟹4个放流家系的鉴别。在这9个SNP位点中,可鉴定C家系的有5个,可鉴定B家系的有2个,可鉴定A、D家系的各1个。该研究结果为三疣梭子蟹种质资源的鉴定及标志放流工作的开展提供了技术支持。
[期刊] 水产学报
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 高焕 阎斌伦
为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比
[期刊] 水产学报
[作者]
杨爽 宋娜 张秀梅 王云中 王四杰 高天翔
为研究山东沿海三疣梭子蟹增殖放流亲蟹群体的遗传多样性状况,实验采用536 bp的线粒体DNA控制区片段作为分子标记,对4个亲蟹群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示,301个三疣梭子蟹个体共检测到155个单倍型,4个群体的单倍型多样度为0.972 3~0.993 0,核苷酸多样度为0.021 2~0.023 6,表现出丰富的遗传多样性。AMOVA分析和Fst分析结果均显示,4个三疣梭子蟹亲蟹群体间遗传分化微弱,未形成明显的遗传结构,NJ系统树中未出现与各群体相对应的的谱系分支。研究表明,4个增殖放流亲蟹群体的遗传多样性丰富,且其遗传结构与放流海域的野生群体间没有明显分化,种质资源质量较...
[期刊] 水产学报
[作者]
王彬 刘修泽 李玉龙 董婧 王爱勇 于旭光 王小林 李成久 栾春钢 王玉龙
根据 2018年6—8月在辽东湾对三疣梭子蟹增殖放流前后进行的4个航次的对比调查结果, 定量分析了辽东湾三疣梭子蟹自然群体和增殖放流群体的数量, 并根据三疣梭子蟹放流苗种数量和放流后捕捞产量调查数据, 对辽东湾三疣梭子蟹增殖放流效果开展评价。研究结果表明, 2018年6月上中旬辽东湾海域三疣梭子蟹增殖放流前自然群体资源量较低, 相对资源密度为 2.80 只/h; 在 6月下旬共放流苗种3 678.94万只, 7月上中旬、8月上中旬和8月下旬三疣梭子蟹相对资源密度分别为16.60、2.20和13.33 只/h。通过6月上中旬放流前本底调查和8月下旬放流后跟踪调查分析增殖放流前后三疣梭子蟹资源量的变化，通过內禀增长率来计算自然群体在放流前后的种群扩繁能力，计算出2018年辽东湾三疣梭子蟹放流后放流群体所占比例为30.10%；同时采用世代分析法，分析出2018年三疣梭子蟹当年补充群体占比例为94.54%。统计2018年秋汛期间三疣梭子蟹捕捞产量为 1 890 t, 增殖放流回捕产量538 t，回捕率9.36%，投入产出比1：12.02。通过扫海面积法估算三疣梭子蟹的资源量2 056 t，接近于回捕调查的实际产量。建议可以适当的加大辽东湾三疣梭子蟹的放流量，促进辽东湾三疣梭子蟹资源修复和渔民增收。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谢周全 邱盛尧 侯朝伟 金显仕
根据2010年和2011年5—8月在山东半岛南部海域对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)增殖放流前后分别进行的每年3个航次的对比调查结果,定量分析了三疣梭子蟹自然群体和增殖放流群体的数量,并根据三疣梭子蟹放流苗种数量和放流后捕捞产量,对三疣梭子蟹增殖放流群体回捕率进行分析。研究结果表明,2010年5月山东半岛南部海域三疣梭子蟹增殖放流前自然群体资源量很少,相对资源密度为0.90 ind/(站·h);在5-6月共放流苗种11 015.13万只,放流后10 d左右资源量增加为26.08 ind/(站·h),放流群体所占的比例为96.55%;8月进行调查的相对资源密度为1...
关键词：
三疣梭子蟹 增殖放流 回捕率 山东半岛
[期刊] 水产学报
[作者]
宋来鹏 刘萍 李健 刘振辉
通过构建三疣梭子蟹部分基因组文库,对获得的4164个克隆测序,共获得总长度为622409bp的DNA序列。在序列拼接后长度500~1500bp的709个克隆中,筛选到130个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的2.55%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(10.77%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.663,P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广为3.9~66.5;其次是13bp重复范围在2.0~40.6;再次是26bp重复,范围在2.3~21.0。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8bp重复(19.96),25bp...
关键词：
三疣梭子蟹 基因组 重复序列 小卫星
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宋来鹏 刘萍 李健 刘振辉
对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)部分基因组DNA文库测序,获得了总长度为622409个碱基的基因组DNA序列,从中找到微卫星重复序列(1~6bp重复)697个。统计微卫星重复类型,以两碱基重复数目最多,为445个,占微卫星序列总数目的63.84%;其次是三碱基重复152个,占21.81%;再次分别是单碱基重复45个,占6.46%;四碱基重复31个,占4.45%;五碱基重复14个,占2.01%;六碱基重复10个,占1.43%。在单碱基重复类型中,重复拷贝类别全部为A;两碱基重复类型中,AG重复数目最多,其次是AC和AT;三碱基重复类型中以ACT最多,其次是AGG和...
关键词：
三疣梭子蟹 基因组 微卫星
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王景 张凤英 蒋科技 马春艳 宋炜 林楠 姜亚洲 李圣法 程家骅 马凌波
通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体...
[期刊] 水产学报
[作者]
韩智科 刘萍 李健 高保全 陈萍
采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降,F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.675 3下降到0.406 1,平均等位基因数从3.500 0下降到2.133 3,平均观测杂合度从0.643 5下降到0.4774,平均等位基因纯合率从0.566 9下降到0.402 4。对各个位点进行H-W检验,每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验,结果表明,各家系存在不同程度的遗传分化,19.07%...
关键词：
三疣梭子蟹 选育家系 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王竹青 任宪云 高保全 刘萍 李健 王磊
为探究近交对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)氧化磷酸化代谢的影响,首先克隆了三疣梭子蟹线粒体呼吸链4个复合体关键亚基基因的c DNA全长,分别命名为pt Ndufv2、pt SDHC、pt Cytochrome c1与pt COX6B。pt Ndufv2基因c DNA全长1005 bp,编码234个氨基酸,该蛋白是复合体Ⅰ的核心亚基Ndufv2;pt SDHC基因全长915 bp,编码由179个氨基酸组成的复合体Ⅱ关键亚基SDHC;pt Cytochrome c1基因全长2371 bp,编码由313个氨基酸组成的亚基Cyt c1;pt COX6B基因全长1171 bp,编码由105个氨基酸组成的COX6B亚基。生物信息学分析显示,这些复合体亚基基因进化上比较保守。酶活检测及RT-PCR结果表明,随着近交系数的增加,三疣梭子蟹肝胰腺中复合体Ⅰ、复合体Ⅲ活力分别从F4、F2开始呈现显著下降趋势(P<0.05);F10复合体Ⅳ酶活力显著低于其余各代(P<0.05);4个复合体基因表达量均显著下降,且各代表达量显著低于F0(P<0.05)。在心脏中,复合体Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ活力分别从F2、F2、F6开始显著下降(P<0.05),这一结果证实近交衰退已出现在三疣梭子蟹氧化磷酸化代谢通路。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王竹青 任宪云 高保全 刘萍 张小辉 张杰 于旋
采用RACE技术(c DNA末端快速扩增技术)克隆获得三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)F型ATP酶b亚基(F-ATPaseβ)基因,命名为pt F-ATPaseβ。该基因c DNA全长为1965 bp,5￠和3￠非编码区分别为571 bp和341 bp,开放阅读框为1053 bp,推测编码350个氨基酸,预测分子量为37.9 k Da,理论等电点为4.86。pt F-ATPaseβ氨基酸序列含有F1-ATPaseβ标志性蛋白结构域、AAA结构域和ATP-synt-ab-C结构
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张德宁 吕建建 刘萍 冯艳艳 高保全 李健
为了发掘三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)与生长相关的SNP,本研究基于三疣梭子蟹比较转录组学数据,筛选出生长相关候选基因片段19条,利用该基因序列设计引物进行PCR扩增,得到总长为17 387 bp的DNA片段;通过直接测序法发现74个SNP位点,分布频率为0.43/100 bp,其中转换突变的比例为80%,颠换突变的比例为20%,转换的比例远远大于颠换,符合"transition bias"原理。C/T(G/A)突变所占比例为60%,G/T(C/A)突变占20%,A/T突变占9.33%,G/C突变占10.67%,C/T(G/A)突变所占比例最大。内含子上突变发生...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王好锋 韩晓琳 段亚飞 高保全 刘萍 李健
选择繁殖性能好的A家系(F6)和生长与存活好的B家系(F3),设计家系内自繁和家系间杂交,比较其自交组与杂交组子一代的生长与存活,评价杂交效应。由自交组F66(A♀×A♂)、F33(B♀×B♂)和杂交组F63(A♂×B♀)、F36(B♂×A♀)4个实验组组成,比较各实验组子一代在80、100、120、150日龄时的各生长指标杂种优势。研究表明,同一生长发育阶段的同一杂交群体的不同性状,表现的杂种优势大小有很大差异,而且同一杂交群体的同一性状在不同生长发育阶段表现的杂种优势大小同样有差异。自交组各阶段全甲宽、甲宽、甲长和体高的生长趋势比较一致,为F33>F66;不同生长性状的生长速度方面,杂交组...
关键词：
三疣梭子蟹 杂交 生长 存活
[期刊] 水产学报
[作者]
董志国 李晓英 王普力 王文进 张庆起 阎斌伦 孙效文
为探明分布于中国四大海区的天然三疣梭子蟹群体遗传多样性与遗传分化状况,实验以大连(DL)、东营(DY)、连云港(LYG)、舟山(ZS)、湛江(ZJ)和漳州(ZZ)6个三疣梭子蟹地理群体为研究对象,采用线粒体控制区D-loop全基因序列为分子标记,对中国海三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析。结果发现,在用于分析的1 141 bp的D-loop全基因序列中共有185个变异位点,129个简约信息位点。60个个体中共计48个单倍型,单倍性多样性指数和核苷酸多样性指数显示中国沿海三疣梭子蟹群体具有较高的遗传多样性,而且三疣梭子蟹在过去没有出现很强的选择效应,群体大小稳定。6群体三疣梭...
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