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[期刊] 中国水产科学
[作者]
蔡影 孟宪亮 刘萍 李健 环朋朋 孙东方
本研究采用SMART RACE方法克隆了三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)Dnmt2(Pt Dnmt2)基因。该基因c DNA全长为1291 bp,开放阅读框为1203 bp,编码400个氨基酸。结构域分析显示,PtDnmt2基因有典型的C5-DNA甲基化酶结构域。同源分析表明,PtDnmt2氨基酸序列与其他物种有较高的同源性。系统进化分析显示,三疣梭子蟹PtDnmt2氨基酸序列与罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)Dnmt2关系最近。qRT-PCR结果显示,PtDnmt2基因在三疣梭子蟹所有组织中均有表达,在卵巢中表达量显著高于其他组织(P<0.05)。PtDnmt2基因在胚胎和幼体发育过程中的表达量随发育时期而变化,其在受精卵和多细胞时期无表达,从囊胚期开始出现,随着胚胎的发育表达量逐渐上升。在性腺发育不同时期PtDnmt2基因表达量存在显著差异,其在卵巢II期表达量最高,之后逐渐下降;在精巢中该基因的表达量随着精巢的发育逐渐上升,在IV期达到峰值。本研究结果表明,PtDnmt2基因参与了三疣梭子蟹胚胎、幼体和性腺发育调控。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张小辉 孟宪亮 高保全 刘萍 王竹青 张杰 蔡影
本研究利用RACE技术克隆了三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)Drosha和Exportin 5基因的cDNA全长序列,Drosha基因长度为3443 bp,编码1038个氨基酸,预测蛋白质包含2个相邻的RNA酶Ⅲ结构域(RⅢDa和RⅢDb)和1个双链RNA结合结构域(dsRBD)。Exportin 5基因全长为5000 bp,编码1208个氨基酸,预测蛋白质包含1个Importin-βN-末端结构域(IBN-N)和1个核输出蛋白结构域(XPO-1)。同源分析显示,三疣梭子蟹Drosha氨基酸序列与其他物种高度相似,与日本对虾(Marsupenaeus japonicus)相似度最高,达94%。qRT-PCR分析结果显示,Drosha和Exportin 5基因在三疣梭子蟹各组织中均有表达,其在卵巢和肝胰腺中的表达量最高(P
[期刊] 水产学报
[作者]
王伟 吴旭干 潘桂平 侯文杰 成永旭
为探究几丁质酶基因在三疣梭子蟹蜕皮过程中的生理作用,本研究通过转录组测序和RACE技术克隆了三疣梭子蟹几丁质酶基因(Pt Chi)c DNA全长(登录号:KF914663),并通过荧光定量PCR(qRT-PCR)技术研究了该基因在三疣梭子蟹不同组织及不同蜕皮阶段的表达情况。结果表明:(1)Pt Chi基因c DNA全长2 200 bp,包括5'非编码区(5'-UTR)16 bp、3'非编码区(3'-UTR)714 bp和开放阅读框1 470 bp,编码489个氨基酸,预测蛋白质分子量和等电点为53.97 ku和4.76。(2)Blast P结果显示,Pt Chi推导氨基酸序列与已知甲壳动物Ch...
[期刊] 水产学报
[作者]
王凤皎 朱冬发 邱锡尔 谭义川 周彦琦 柳志业 谢熙
乙酰Co A酰基转移酶(acetyl-Co A C-acetyltransferase,AACT)是甲羟戊酸途径的初始酶,为了研究该酶在甲壳动物卵巢发育调控中的作用,用RT-PCR和c DNA末端快速扩增(RACE)技术,克隆得到三疣梭子蟹AACT(Pt-AACT)的c DNA全长(Gen Bank登录号:KM033231)。这段序列全长1 630 bp,包括1个101 bp的5'端非编码区,1个395 bp的3'端非编码区和1个1 134 bp的开放阅读框,编码377个氨基酸。对其氨基酸序列进行生物信息学预测,发现Pt-AACT属于疏水性蛋白,无跨膜结构域,存在2个硫解酶特异性保守区。与其他...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
贾复龙 孟宪亮 刘萍 李健 高保全
本实验应用ＲＡＣＥ技术克隆获得了三疣梭子蟹（ＰｏＲｔｕｎｕｓ ｔＲｉｔｕｂＥＲＣｕｌＡｔｕｓ）周期蛋白依赖性激酶７（Ｃｄｋ７）基因Ｃ ｄｎＡ序列全长。基因５′和３′非编码区域（ｕｔＲ）以及开放阅读框的长度分别是２３ ｂＰ、１７８ ｂＰ和１０５６ ｂＰ，预测编码一个含有３５１个氨基酸，分子量为３９．９１ ｋ ｄ的蛋白质，包含一个丝氨酸／苏氨酸催化保守结构域和ｔ－ｌｏｏＰ结构。同源性分析表明，三疣梭子蟹Ｃｄｋ７氨基酸序列与其他物种Ｃｄｋ７相似度较高，说明Ｃｄｋ７基因具有很好的保守性。实时荧光定量ＰＣＲ结果显示，三疣梭子蟹Ｃｄｋ７基因在卵巢组织中的表达量显著高于其他组织（Ｐ＜０．０５）。Ｃｄｋ７基因．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
甘丽萍 龙菲菲 张进 司马杨虎 徐世清
根据家蚕表达序列标签(ESTs),克隆了一个家蚕保幼激素甲基转移酶基因(JHAMT2)的全长cDNA序列。序列分析表明,该基因全长1007 bp,序列分析有4个外显子,定位于家蚕第12号染色体的nscaf 2 993上,推导的编码蛋白序列长度为266AA,有一个甲基转移酶超家族功能位点,与烟草天蛾(Manduca sexta)JHAMT同源性达到38%。JHAMT2基因在家蚕丝腺、特别是中部丝腺组织特异表达,发育时期表现为4龄期有比较高的表达量,5龄期只在5龄第3日有表达,性别差异表现为雄性体内持续表达时间比雌性中长。JHAMT2基因表达受到外源激素MH的负调控和JHA的正调控,雌性对外源昆虫...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯艳艳 李健 张德宁 刘萍 吕建建 高保全
取健康三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)‘黄选1号’80日龄幼蟹,体重(32.66±6.27)g。通过RT-PCR及Smart-TM Race技术,克隆了三疣梭子蟹谷胱甘肽S-转移酶(glutathiones-transferase,简称GST)基因c DNA全长序列(Gen Bank登录号:KF781517)。GST基因全长1 010 bp,编码一个由216个氨基酸组成的多肽,预测理论等电点PI为5.294,分子量为24.59 k D。氨基酸序列中含有GST基因家族特有GST-N结构域和GST-C结构域。同源性及系统进化分析表明,三疣梭子蟹GST基因与中华绒螯蟹(...
[期刊] 水产学报
[作者]
崔晓雨 朱冬发 汤洁 谢熙 邱锡尔
为研究蜕皮激素受体(EcR)在甲壳动物生长和生殖过程中的作用,采用反转录PCR(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,克隆了三疣梭子蟹蜕皮激素受体(PtEcR)基因全长cDNA序列(GenBank登录号:KC354381),运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,分析该基因在不同组织、蜕皮时期和二次卵巢发育阶段的表达特征。结果表明,PtEcR cDNA全长2 231 bp,包含1 269 bp ORF,编码422个氨基酸;推导的PtEcR氨基酸序列与已公布的其他甲壳动物EcR进行比对,发现一致性达67%~97%;系统进化树分析PtEcR与其它甲壳动物EcR聚为一支,而昆虫...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张龙涛 吕建建 高保全 刘萍 付萍
采用ＲＡＣＥ技术，克隆出三疣梭子蟹（ＰｏＲｔｕｎｕｓ ｔＲｉｔｕｂＥＲＣｕｌＡｔｕｓ）核受体基因ＨＲ３８的Ｃ ＤｎＡ全长，命名为ＰｔＨＲ３８。该基因Ｃ ＤｎＡ序列全长为２９５０ ｂＰ，５′和３′非编码区（ｕｔＲ）长分别为１０１ ｂＰ和５５１ ｂＰ，开放阅读框（ｏＲＦ）长２２９８ ｂＰ。推测编码７６５个氨基酸，预测分子量为８４．２ ｋ Ｄ，理论等电点为６．３。生物学分析预测，ＰｔＨＲ３８基因编码的蛋白属于不稳定蛋白，不具有跨膜结构域。同源性分析表明，ＰｔＨＲ３８基因编码的氨基酸序列与大型溞（ＤＡＰＨｎｉＡ ｍＡｇｎＡ）的同源性最高。实时荧光定量分析表明，ＰｔＨＲ３８基因在蜕皮周期的各个组织中均有．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张凤 吕建建 刘萍 高保全 李健
为初步研究三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)几丁质酶PtCht3的生物学功能,利用特异性引物扩增和SMART(TM) RACE技术克隆获得三疣梭子蟹PtCht3基因全长c DNA序列,并对该序列进行分析。结果显示,三疣梭子蟹PtCht3基因全长为1409 bp,对PtCht3基因序列推导出的氨基酸序列进行分析可知,该基因编码由394个氨基酸组成的蛋白质,预测分子量为43.67 kDa,理论等电点为4.80。PtCht3蛋白亲水性总平均数为-0.097,属于稳定蛋白。同源性和系统
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
环朋朋 吕建建 孙东方 高保全 刘萍
甲基转移酶是维持基因组甲基化状态的重要基因,本研究利用SMART-RACE技术克隆了三疣梭子蟹甲基转移酶(Pt DNMT1)基因。Pt DNMT1基因c DNA序列全长5919 bp,包括4832 bp的开放阅读框,编码1610个氨基酸,预测分子量为148.15 k Da,理论等电点为4.68。结构预测发现Pt DNMT1有两个特殊的结构域,分别是zf-CXXC锌指结构域和甲基转移酶家族特有的Dcm结构域,进化树分析显示Pt DNMT1基因与昆虫类的DNMT基因聚为一支。组织表达分析发现:Pt DNMT1
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王磊 任宪云 宋柳 吕建建 高保全 刘萍 孙东方
本研究利用RACE方法克隆获得三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)凋亡蛋白酶激活因子-1(Apoptoticproteaseactivatingfactor-1,Apaf-1)基因,该基因c DNA全长为2032bp,其中,ORF为1050 bp,编码349个氨基酸,预测分子量为39.13 kDa,理论等电点为7.67。同源性和系统发育分析显示,Apaf-1与凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)Apaf-1的同源性最高,为51.27%,并与凡纳滨对虾聚为一支。组织表达分析显示,Apaf-1基因的相对表达水平在肝胰脏最高,其次是肌肉、心脏、鳃和眼柄,血细胞和表皮最低。不同盐度胁迫后,Apaf-1在Ⅱ期幼蟹体内表达水平在3 h达到最大值,此后,呈先下降再上升趋势;Apaf-1在80日龄盐度20胁迫后三疣梭子蟹的鳃中呈上升趋势,在肝胰腺中为先上升后下降趋势,表明盐度改变能影响该基因在鳃和肝胰腺组织中的表达。不同病原感染实验结果显示,在血细胞中,注射副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)后Apaf-1的表达于48 h到达峰值,为对照组的2.76倍(P<0.05),注射WSSV后在12h到达峰值,为对照组的5.89倍(P<0.05),整体呈上调表达趋势。本研究为进一步理解三疣梭子蟹Apaf-1基因的生理功能提供了参考。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张晓燕 李健 刘萍 陈萍 孙铭 葛红星
通过简并引物扩增及Smart TM Race技术,首次克隆了三疣梭子蟹Portunus trituberculatus蜕皮激素受体EcR基因cDNA全长序列。该基因全长2 996bp,编码一个由503个氨基酸组成的多肽,预测理论等电点pI为7.33,分子量大小为55.69kDa。同源性及系统进化分析表明,三疣梭子蟹EcR基因与青蟹、拟穴青蟹、大西洋招潮蟹、陆地蟹、美洲螯虾、褐虾、日本对虾的同源性分别为94%、90%、88%、84%、82%、73%、66%。荧光定量RT-PCR结果表明,EcR在肝胰腺、卵巢、肌肉、眼柄、鳃和心脏中均有分布,在肝胰腺中表达量最高,在心脏中最低。高盐(45)胁迫下,...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
潘柯伍 王琳 郭勍 吴旭干
为探究溶血磷脂酰甘油酰基转移酶(lysophosphatidylglycerol acyltransferase, LPGAT)在中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)卵巢发育过程中的表达调控特征,本研究首先克隆了中华绒螯蟹Es-lpgat1的开放阅读框序列(登录号MZ312613),进一步采用实时荧光定量PCR (q-PCR)、原位杂交(in situ hybridization, ISH)和RNA干扰分析其在卵巢发育过程中的时空表达模式。结果表明:(1) Es-lpgat1的开放阅读框全长1125 bp,编码374个氨基酸,其蛋白分子量为44kD,属于LPLAT超级家族,氨基酸序列与三疣梭子蟹(Portunustrituberculatus)的LPGATl相似性最高;(2) qPCR结果表明, Es-lpgat1在中华绒螯蟹卵巢发育期的多种组织中均有表达,其中卵巢中的表达量最高,鳃中表达量最低(P<0.05);(3)卵巢发育过程中,Ⅱ期卵巢和肝胰腺中Es-lpgat1表达量最高(P
[期刊] 中国农业科学
[作者]
马成英 吕海鹏 林智 张悦 郭丽 谭俊峰
【目的】克隆茶树(Camellia sinensis)的一个类黄酮O-甲基转移酶基因,并对其进行生物信息学分析,构建该基因的原核表达载体,在大肠杆菌中诱导表达融合蛋白,为进一步研究其酶学特性和调控茶树中甲基化类黄酮物质的代谢机理奠定基础。【方法】采用同源克隆法,以从茶树叶片中提取的总RNA为模板,结合RT-PCR与RACE克隆技术获得该基因cDNA全长,测序正确后将该基因片段连接到原核表达载体pET-28a中,转化大肠杆菌BL21并诱导表达。【结果】该基因cDNA全长为1 246 bp,其开放阅读框为1 077 bp,编码358个氨基酸,推测的蛋白分子量为40.2 kD,理论等电点为5.62;...
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