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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘汝 许强华
采用磁珠富集法筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星序列。经Sau3AI酶切后的200～1000bp DNA纯化片段,与两端已知序列的人工接头连接,用含有生物素标记的(CA)12和(GA)12探针杂交,根据磁珠的链酶亲和素与生物素特异结合的特性,捕获含微卫星序列的单链DNA,以此为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,随后将获得的片段连接到PMD18-T载体上,转化至DH5α感受态细胞中,成功构建了微卫星富集文库。测序其中的60个阳性克隆,得到42条微卫星序列(基因登录号为:HQ283153-HQ283194),除探针使用的CA/GT、GA/CT重复外,还...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李晓萍 刘萍 宋协法
采用富集文库–菌落原位杂交法分离了30个三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星标记。三疣梭子蟹基因组DNA经HaeⅢ酶切连接后,用固定了(AC)15和(AG)15探针的尼龙膜(Hybond N+)捕捉含有微卫星的片段,转化至大肠杆菌DH5α中,构建三疣梭子蟹微卫星富集文库。菌落原位杂交后,任意选取150个克隆进行测序,阳性克隆率为85.48%。利用软件设计了105对微卫星引物,筛选到稳定扩增标记56对,采用30个三疣梭子蟹个体进行多样性评价,30个位点均表现出多态性。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量(PIC)的范围分别为0.222 2~1....
[期刊] 水产学报
[作者]
韩智科 刘萍 李健 高保全 陈萍
采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降,F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.675 3下降到0.406 1,平均等位基因数从3.500 0下降到2.133 3,平均观测杂合度从0.643 5下降到0.4774,平均等位基因纯合率从0.566 9下降到0.402 4。对各个位点进行H-W检验,每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验,结果表明,各家系存在不同程度的遗传分化,19.07%...
关键词：
三疣梭子蟹 选育家系 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宋来鹏 刘萍 李健 刘振辉
对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)部分基因组DNA文库测序,获得了总长度为622409个碱基的基因组DNA序列,从中找到微卫星重复序列(1~6bp重复)697个。统计微卫星重复类型,以两碱基重复数目最多,为445个,占微卫星序列总数目的63.84%;其次是三碱基重复152个,占21.81%;再次分别是单碱基重复45个,占6.46%;四碱基重复31个,占4.45%;五碱基重复14个,占2.01%;六碱基重复10个,占1.43%。在单碱基重复类型中,重复拷贝类别全部为A;两碱基重复类型中,AG重复数目最多,其次是AC和AT;三碱基重复类型中以ACT最多,其次是AGG和...
关键词：
三疣梭子蟹 基因组 微卫星
[期刊] 水产学报
[作者]
刘磊 李健 刘萍 赵法箴 高保全 杜盈 马春艳
选用35个多态性微卫星标记,对三疣梭子蟹人工选育快速生长自交家系F2代(以2008年莱州湾群体雄蟹为父本和海洲湾群体雌蟹为母本交配产生F1代,随机选取F1代后代进行交配产生F2代自交家系)的110个个体进行遗传多样性研究。结果表明:35个位点共检测出87个等位基因,各位点等位基因数为2~4个不等,平均有效等位基因数为2.2个,观测杂合度平均值为0.646 5,期望杂合度平均值0.513 0,多态信息含量平均值0.449 1。经卡方检验,多数位点显著(P<0.05)或极显著(P
[期刊] 水产学报
[作者]
吕建建 王渝 高保全 李健 刘萍
为发掘三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记,实验运用生物信息学方法,从NCBI数据库已公开的13 985条三疣梭子蟹EST序列中搜索微卫星位点。结果显示,共搜索到287个微卫星位点,其中主要为二核苷酸重复序列(173个),占总数的60.3%;其次为三核苷酸重复序列(79个),占总数的27.5%;四、五、六核苷酸重复位点较少;在二核苷酸重复位点中,AC/GT重复位点最为丰富,占二核苷酸重复位点总数的53.8%,AG/CT重复次之,占二核苷酸重复位点总数的37.0%,AT和GC重复较少。挑选14个Ⅰ型微卫星标记在野生三疣梭子蟹群体中进行多态性检测,发现8个位点呈多态性,平均多态信息含量(PIC)和平均遗传杂合...
关键词：
三疣梭子蟹 微卫星标记 多态信息含量
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
任宪云 刘萍 李健 李晓萍 韩智科 刘磊
选择三疣梭子蟹22个多态性高的微卫星标记,经过引物间的搭配、组合测试以及反应条件的优化(退火温度、Mg2+含量、dNTPs的浓度等参数),构建了多重PCR扩增技术体系。本研究最终建立了47个二重PCR组合,并在47个二重引物的组合基础上建立15个三重PCR组合,3个四重PCR组合。该多重PCR技术体系的建立为三疣梭子蟹品种选育、种系评估提供快速、有效分子检测技术。
关键词：
三疣梭子蟹 SSR 多重PCR体系
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
韩智科 刘萍 李健 高保全 陈萍
根据前人FIASCO方法构建的三疣梭子蟹微卫星富集文库,对含微卫星的DNA序列设计了71对引物并对其进行了多态性筛选,筛选出21对多态的微卫星引物,对三疣梭子蟹1个野生群体的30个个体进行遗传多样性检测,同时对引物进行评价。21个位点共获得了188个等位基因,平均每个位点扩增得到8.9个等位基因。不同引物获得的等位基因数差异较大,从3～13个不等,其中Pot8、Pot37、Pot48、Pot53、Pot54、Pot66六个位点分别获得了11、12、12、11、13、11个等位基因,而Pot46仅获得了3个等位基因。等位基因的大小分布在131～312bp,基本符合引物设计时理论产物长度。21个微...
[期刊] 水产学报
[作者]
宋来鹏 刘萍 李健 刘振辉
通过构建三疣梭子蟹部分基因组文库,对获得的4164个克隆测序,共获得总长度为622409bp的DNA序列。在序列拼接后长度500~1500bp的709个克隆中,筛选到130个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的2.55%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(10.77%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.663,P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广为3.9~66.5;其次是13bp重复范围在2.0~40.6;再次是26bp重复,范围在2.3~21.0。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8bp重复(19.96),25bp...
关键词：
三疣梭子蟹 基因组 重复序列 小卫星
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘磊 李健 刘萍 高保全 陈萍 戴芳钰 王学忠
以定向交尾技术构建的4个谱系清晰的家系为材料,检测两对微卫星标记Pot17和Pot42在三疣梭子蟹家系鉴别中的应用效果。结果表明,两个位点在4个家系的5个已知父母本和98个后代中共检测出11个等位基因,其中Pot17位点6个,Pot42位点5个。分析显示,上述检出的等位基因频率在0.0291和0.3592之间,Pot17和Pot42位点的期望杂合度分别为0.7740和0.7577,观测杂合度分别为0.6214和0.6796,多态信息含量分别为0.7373和0.7129。根据已知亲本和子代基因型,推断出了4个家系全部亲本的基因型。Pot17和Pot42微卫星标记具有达0.995的较高累积个体识别...
关键词：
三疣梭子蟹 微卫星标记 家系 亲缘鉴定
[期刊] 海洋渔业
[作者]
申望 叶茂 石戈 王日昕
三疣梭子蟹是我国沿海重要养殖品种之一,近年来养殖病害呈逐年上升趋势,制约了三疣梭子蟹养殖产业的健康可持续发展。为大规模克隆三疣梭子蟹免疫相关基因,研究其免疫基因的功能和免疫机制,奠定三疣梭子蟹病害防治理论基础,采用SMART技术构建了三疣梭子蟹血细胞全长cDNA文库。经测定,文库滴度为1.14×107pfu/mL,文库总容量为5.7×107pfu,重组率达到98%,插入片段平均长度为817.5 bp。文库随机测序获得的70个全长cDNA,从中发现18个已知基因和5个未知基因。已知基因主要为多肽/蛋白质合成相关基因,共9个;免疫相关基因4个,分别是抗菌肽hyastatin、C-reactive ...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
施慧 许文军 徐汉祥 史海东
"牛奶病"是近年来秋、冬季三疣梭子蟹暂养过程中发生的一种危害较大的流行性疾病,患病蟹的体液和肌肉组织中有大量的酵母菌。根据GenBank中的假丝酵母菌的18S rRNA基因序列设计合成引物,用PCR扩增患"牛奶病"三疣梭子蟹上分离到的酵母菌的部分18S rRNA基因,PCR产物经纯化回收后克隆入pUCm-T载体,筛选出阳性克隆进行测序,测序结果与已发表的序列进行同源性比较,同时以蟹源弧菌和寄生虫的DNA样本为对照。结果,所测序列与GenBank中假丝酵母菌的18S rRNA基因的同源性为84.4%～100%。同时,仅从试验用酵母菌DNA样本中扩增出了532bp左右的特异性片段,其他对照样本均未...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王景 张凤英 蒋科技 马春艳 宋炜 林楠 姜亚洲 李圣法 程家骅 马凌波
通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体...
[期刊] 水产学报
[作者]
朱冬发 王春琳 李志强
实验用三疣梭子蟹于2003年3月-2004年6月购自浙江象山石浦港。以成熟卵、精巢、胚胎及状幼体等为材料进行三疣梭子蟹染色体数目和核型的研究。染色体制片采用组织切片法和气干法,用Olympus显微镜进行观测、摄影,依据Levan等的染色体分类标准进行核型分析。结果表明,精巢最适宜进行三疣梭子蟹染色体计数,卵内状幼体最适宜做核型分析。三疣梭子蟹染色体的数目是2n=106,n=53。核型分析显示,三疣梭子蟹有20对(第1~20号)中部着丝粒染色体(m)、3对(第21~23号)亚中部着丝粒染色体(sm)和30对(第24~53号)端部着丝粒染色体(t)。因此,三疣梭子蟹核型为2n=106=40m+6s...
关键词：
三疣梭子蟹 染色体 核型
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
冯冰冰 李家乐 牛东红 陈琳 周志强 郑岳夫 郑凯宏
通过对我国四大海域野生三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)9个群体线粒体DNA控制区基因片段进行扩增和测序,得到长度为530 bp的片段。分析结果表明:83条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为36.6%、16.1%、36.6%、10.7%。共检测到91个变异位点,其中缺失/插入位点2个,转换位点76个,颠换位点3个,转换、颠换同时存在位点10个。83个个体具有66种单倍型(hap lotype),单倍型比率为79.5%,对9个群体用MEGA3.1构建NJ分子树,聚类结果显示黄海、东海、渤海6个群体之间的相对遗传距离比较近,聚在了一起,南海3个群体相对遗传距离...
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