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[期刊] 中国水产科学
[作者]
李晓萍 刘萍 宋协法
采用富集文库–菌落原位杂交法分离了30个三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星标记。三疣梭子蟹基因组DNA经HaeⅢ酶切连接后,用固定了(AC)15和(AG)15探针的尼龙膜(Hybond N+)捕捉含有微卫星的片段,转化至大肠杆菌DH5α中,构建三疣梭子蟹微卫星富集文库。菌落原位杂交后,任意选取150个克隆进行测序,阳性克隆率为85.48%。利用软件设计了105对微卫星引物,筛选到稳定扩增标记56对,采用30个三疣梭子蟹个体进行多样性评价,30个位点均表现出多态性。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量(PIC)的范围分别为0.222 2~1....
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘汝 许强华
采用磁珠富集法筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星序列。经Sau3AI酶切后的200～1000bp DNA纯化片段,与两端已知序列的人工接头连接,用含有生物素标记的(CA)12和(GA)12探针杂交,根据磁珠的链酶亲和素与生物素特异结合的特性,捕获含微卫星序列的单链DNA,以此为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,随后将获得的片段连接到PMD18-T载体上,转化至DH5α感受态细胞中,成功构建了微卫星富集文库。测序其中的60个阳性克隆,得到42条微卫星序列(基因登录号为:HQ283153-HQ283194),除探针使用的CA/GT、GA/CT重复外,还...
[期刊] 水产学报
[作者]
韩智科 刘萍 李健 高保全 陈萍
采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降,F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.675 3下降到0.406 1,平均等位基因数从3.500 0下降到2.133 3,平均观测杂合度从0.643 5下降到0.4774,平均等位基因纯合率从0.566 9下降到0.402 4。对各个位点进行H-W检验,每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验,结果表明,各家系存在不同程度的遗传分化,19.07%...
关键词：
三疣梭子蟹 选育家系 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宋来鹏 刘萍 李健 刘振辉
对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)部分基因组DNA文库测序,获得了总长度为622409个碱基的基因组DNA序列,从中找到微卫星重复序列(1~6bp重复)697个。统计微卫星重复类型,以两碱基重复数目最多,为445个,占微卫星序列总数目的63.84%;其次是三碱基重复152个,占21.81%;再次分别是单碱基重复45个,占6.46%;四碱基重复31个,占4.45%;五碱基重复14个,占2.01%;六碱基重复10个,占1.43%。在单碱基重复类型中,重复拷贝类别全部为A;两碱基重复类型中,AG重复数目最多,其次是AC和AT;三碱基重复类型中以ACT最多,其次是AGG和...
关键词：
三疣梭子蟹 基因组 微卫星
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘勇 许强华 陈新军
对我国浙江近海4个采样点(长江口、嵊泗群岛、舟山群岛、洞头群岛)的147个三疣梭子蟹个体的线粒体DNA 16S rRNA部分序列进行了测定和分析,获得其基因片段长度为991 bp,共发现14种单倍型,11个核苷酸多态性变异位点。长江口、嵊泗群岛、舟山群岛、洞头群岛4个地方群体的平均核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.000 89和0.565。其中,嵊泗群岛群体的遗传多样性水平最高(核苷酸多样性0.001 27,单倍型多样性0.754),长江口群体最低(核苷酸多样性0.000 34,单倍型多样性0.322)。长江口与嵊泗群岛群体之间的遗传分化指数最大(0.102 26),舟山群岛与洞头群岛群体之...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘磊 李健 刘萍 赵法箴 高保全 杜盈 马春艳
选用35个多态性微卫星标记,对三疣梭子蟹人工选育快速生长自交家系F2代(以2008年莱州湾群体雄蟹为父本和海洲湾群体雌蟹为母本交配产生F1代,随机选取F1代后代进行交配产生F2代自交家系)的110个个体进行遗传多样性研究。结果表明:35个位点共检测出87个等位基因,各位点等位基因数为2~4个不等,平均有效等位基因数为2.2个,观测杂合度平均值为0.646 5,期望杂合度平均值0.513 0,多态信息含量平均值0.449 1。经卡方检验,多数位点显著(P<0.05)或极显著(P
[期刊] 水产学报
[作者]
吕建建 王渝 高保全 李健 刘萍
为发掘三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记,实验运用生物信息学方法,从NCBI数据库已公开的13 985条三疣梭子蟹EST序列中搜索微卫星位点。结果显示,共搜索到287个微卫星位点,其中主要为二核苷酸重复序列(173个),占总数的60.3%;其次为三核苷酸重复序列(79个),占总数的27.5%;四、五、六核苷酸重复位点较少;在二核苷酸重复位点中,AC/GT重复位点最为丰富,占二核苷酸重复位点总数的53.8%,AG/CT重复次之,占二核苷酸重复位点总数的37.0%,AT和GC重复较少。挑选14个Ⅰ型微卫星标记在野生三疣梭子蟹群体中进行多态性检测,发现8个位点呈多态性,平均多态信息含量(PIC)和平均遗传杂合...
关键词：
三疣梭子蟹 微卫星标记 多态信息含量
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
任宪云 刘萍 李健 李晓萍 韩智科 刘磊
选择三疣梭子蟹22个多态性高的微卫星标记,经过引物间的搭配、组合测试以及反应条件的优化(退火温度、Mg2+含量、dNTPs的浓度等参数),构建了多重PCR扩增技术体系。本研究最终建立了47个二重PCR组合,并在47个二重引物的组合基础上建立15个三重PCR组合,3个四重PCR组合。该多重PCR技术体系的建立为三疣梭子蟹品种选育、种系评估提供快速、有效分子检测技术。
关键词：
三疣梭子蟹 SSR 多重PCR体系
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
韩智科 刘萍 李健 高保全 陈萍
根据前人FIASCO方法构建的三疣梭子蟹微卫星富集文库,对含微卫星的DNA序列设计了71对引物并对其进行了多态性筛选,筛选出21对多态的微卫星引物,对三疣梭子蟹1个野生群体的30个个体进行遗传多样性检测,同时对引物进行评价。21个位点共获得了188个等位基因,平均每个位点扩增得到8.9个等位基因。不同引物获得的等位基因数差异较大,从3～13个不等,其中Pot8、Pot37、Pot48、Pot53、Pot54、Pot66六个位点分别获得了11、12、12、11、13、11个等位基因,而Pot46仅获得了3个等位基因。等位基因的大小分布在131～312bp,基本符合引物设计时理论产物长度。21个微...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
胡则辉 徐君卓 王跃斌 柴学军
应用三疣梭子蟹SRAP-PCR优化体系,从88个SRAP引物组合中筛选出17个组合对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)雌、雄个体遗传差异进行分析,共获得146个位点,雌性个体获得139个位点,多态位点比例为69.78;雄性个体检测到129个位点,多态位点比例达79.07。雌性和雄性的Nei's基因多样性分别为0.2315和0.2682,Shannon's信息指数为0.3478和0.4026,雌雄个体间的相似系数为0.5959～0.8417,遗传距离为0.1583～0.4041。用TFPGA软件绘制了个体间的聚类图。另外在5个SRAP选择扩增组合中发现了6个位点在雌雄...
关键词：
三疣梭子蟹 雌雄个体 遗传差异 SRAP
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王景 张凤英 蒋科技 马春艳 宋炜 林楠 姜亚洲 李圣法 程家骅 马凌波
通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
陈淑吟 吉红九 丁亚平 李旭光 刘培廷
采用不连续垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳方法和ISSR分子标记技术,检测分析了南黄海吕泗渔场海域三疣梭子蟹自然群体遗传多样性状况。结果表明:(1)三疣梭子蟹EST同工酶在肌肉和肝脏的表达具有明显的组织特异性。5种同工酶(LDH、GDH、EST、MDH、ME)在肌肉及肝脏两种组织中共检测到12个基因座位,其中5个基因座位Est-1、Est-2、Mdh-2、Gdh-2、M e-3为多态。(2)用6个ISSR随机引物的PCR扩增分析得出:平均每个位点的有效等位基因数Ne=1.548,Ne i’s基因多样性指数H=0.316,Shannon多样性信息指数Hsp=0.468。两种分析结果一致表明该三疣梭子蟹自...
关键词：
三疣梭子蟹 同工酶 ISSR 遗传多样性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
樊祥国 高保全 刘萍 李健
采用聚丙烯酰胺不连续凝胶垂直电泳技术对三疣梭子蟹Portunus trituberbuculatus4个野生群体(鸭绿江口、莱州湾、海州湾和舟山)的同工酶进行检测,分析群体间的生化遗传差异。结果发现(1)4个群体的多态座位百分数(P0.99)分别为:鸭绿江口13.6%、莱州湾13.6%、海州湾13.6%和舟山13.6%。(2)4个群体间的生化遗传差异不显著,4个群体间的遗传距离D=0.00054～0.00170,属种内群体间差异。(3)聚类分析表明:4个群体分为两组,海州湾和舟山两群体之间的亲缘关系最近,聚为一组。莱州湾和鸭绿江口群体亲缘关系比较近,聚为另一组。
关键词：
三疣梭子蟹 野生群体 同工酶 遗传差异
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李晓萍 刘萍 李健 高保全
利用本实验室筛选的8个微卫星分子标记,对中国舟山(ZS)、海州湾(HZ)、青岛会场(HC)、莱州湾(LZ)和鸭绿江口(YL)5个三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)野生群体共计120个个体进行了遗传多样性分析。结果显示,8个位点共扩增到72个等位基因,平均等位基因数为9.0,平均有效等位基因数为5.467 7;平均多态信息含量为0.696 7;平均期望杂合度(He)为0.750 8。5个群体的期望杂合度由高到低依次为LZ(0.770 4)、HC(0.758 8)、YL(0.755 2)、HZ(0.741 5)、ZS(0.728 3)。卡方检验可知,34个群体位点组合符...
关键词：
三疣梭子蟹 野生群体 遗传多样性 微卫星
[期刊] 水产学报
[作者]
高保全 刘萍 李健 戴芳钰
采用聚丙烯酰胺不连续凝胶垂直电泳技术对三疣梭子蟹野生群体的同工酶进行检测。分析了48个样本的11种同工酶在三疣梭子蟹肌肉中的表达情况。11种同工酶(MDH、LDH、ME、SOD、EST、SDH、IDH、ADH、POD、CAT、AAT)共检测出20个基因座位,其中Me-2、Sod-3、Cat-3、Ldh-2共4个座位呈多态(P0.99),多态座位百分数P为20%。平均每个座位的有效等位基因数目Ae为1.230,预期杂合度He为0.094,实际杂合度Ho为0.175。同时还分析了三疣梭子蟹4个多态座位的Hardy-W einberg遗传偏离指数d。与日本绒螯蟹、中华绒螯蟹等相比,三疣梭子蟹野生群体...
关键词：
三疣梭子蟹 野生群体 同工酶 多态性
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