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[期刊] 中国水产科学
[作者]
宋来鹏 刘萍 李健 刘振辉
对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)部分基因组DNA文库测序,获得了总长度为622409个碱基的基因组DNA序列,从中找到微卫星重复序列(1~6bp重复)697个。统计微卫星重复类型,以两碱基重复数目最多,为445个,占微卫星序列总数目的63.84%;其次是三碱基重复152个,占21.81%;再次分别是单碱基重复45个,占6.46%;四碱基重复31个,占4.45%;五碱基重复14个,占2.01%;六碱基重复10个,占1.43%。在单碱基重复类型中,重复拷贝类别全部为A;两碱基重复类型中,AG重复数目最多,其次是AC和AT;三碱基重复类型中以ACT最多,其次是AGG和...
关键词：
三疣梭子蟹 基因组 微卫星
[期刊] 水产学报
[作者]
宋来鹏 刘萍 李健 刘振辉
通过构建三疣梭子蟹部分基因组文库,对获得的4164个克隆测序,共获得总长度为622409bp的DNA序列。在序列拼接后长度500~1500bp的709个克隆中,筛选到130个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的2.55%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(10.77%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.663,P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广为3.9~66.5;其次是13bp重复范围在2.0~40.6;再次是26bp重复,范围在2.3~21.0。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8bp重复(19.96),25bp...
关键词：
三疣梭子蟹 基因组 重复序列 小卫星
[期刊] 水产学报
[作者]
韩智科 刘萍 李健 高保全 陈萍
采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降,F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.675 3下降到0.406 1,平均等位基因数从3.500 0下降到2.133 3,平均观测杂合度从0.643 5下降到0.4774,平均等位基因纯合率从0.566 9下降到0.402 4。对各个位点进行H-W检验,每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验,结果表明,各家系存在不同程度的遗传分化,19.07%...
关键词：
三疣梭子蟹 选育家系 微卫星 遗传多样性
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘汝 许强华
采用磁珠富集法筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星序列。经Sau3AI酶切后的200～1000bp DNA纯化片段,与两端已知序列的人工接头连接,用含有生物素标记的(CA)12和(GA)12探针杂交,根据磁珠的链酶亲和素与生物素特异结合的特性,捕获含微卫星序列的单链DNA,以此为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,随后将获得的片段连接到PMD18-T载体上,转化至DH5α感受态细胞中,成功构建了微卫星富集文库。测序其中的60个阳性克隆,得到42条微卫星序列(基因登录号为:HQ283153-HQ283194),除探针使用的CA/GT、GA/CT重复外,还...
[期刊] 水产学报
[作者]
吕建建 王渝 高保全 李健 刘萍
为发掘三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记,实验运用生物信息学方法,从NCBI数据库已公开的13 985条三疣梭子蟹EST序列中搜索微卫星位点。结果显示,共搜索到287个微卫星位点,其中主要为二核苷酸重复序列(173个),占总数的60.3%;其次为三核苷酸重复序列(79个),占总数的27.5%;四、五、六核苷酸重复位点较少;在二核苷酸重复位点中,AC/GT重复位点最为丰富,占二核苷酸重复位点总数的53.8%,AG/CT重复次之,占二核苷酸重复位点总数的37.0%,AT和GC重复较少。挑选14个Ⅰ型微卫星标记在野生三疣梭子蟹群体中进行多态性检测,发现8个位点呈多态性,平均多态信息含量(PIC)和平均遗传杂合...
关键词：
三疣梭子蟹 微卫星标记 多态信息含量
[期刊] 水产学报
[作者]
刘磊 李健 刘萍 赵法箴 高保全 杜盈 马春艳
选用35个多态性微卫星标记,对三疣梭子蟹人工选育快速生长自交家系F2代(以2008年莱州湾群体雄蟹为父本和海洲湾群体雌蟹为母本交配产生F1代,随机选取F1代后代进行交配产生F2代自交家系)的110个个体进行遗传多样性研究。结果表明:35个位点共检测出87个等位基因,各位点等位基因数为2~4个不等,平均有效等位基因数为2.2个,观测杂合度平均值为0.646 5,期望杂合度平均值0.513 0,多态信息含量平均值0.449 1。经卡方检验,多数位点显著(P<0.05)或极显著(P
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李晓萍 刘萍 宋协法
采用富集文库–菌落原位杂交法分离了30个三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星标记。三疣梭子蟹基因组DNA经HaeⅢ酶切连接后,用固定了(AC)15和(AG)15探针的尼龙膜(Hybond N+)捕捉含有微卫星的片段,转化至大肠杆菌DH5α中,构建三疣梭子蟹微卫星富集文库。菌落原位杂交后,任意选取150个克隆进行测序,阳性克隆率为85.48%。利用软件设计了105对微卫星引物,筛选到稳定扩增标记56对,采用30个三疣梭子蟹个体进行多样性评价,30个位点均表现出多态性。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量(PIC)的范围分别为0.222 2~1....
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
任宪云 刘萍 李健 李晓萍 韩智科 刘磊
选择三疣梭子蟹22个多态性高的微卫星标记,经过引物间的搭配、组合测试以及反应条件的优化(退火温度、Mg2+含量、dNTPs的浓度等参数),构建了多重PCR扩增技术体系。本研究最终建立了47个二重PCR组合,并在47个二重引物的组合基础上建立15个三重PCR组合,3个四重PCR组合。该多重PCR技术体系的建立为三疣梭子蟹品种选育、种系评估提供快速、有效分子检测技术。
关键词：
三疣梭子蟹 SSR 多重PCR体系
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
韩智科 刘萍 李健 高保全 陈萍
根据前人FIASCO方法构建的三疣梭子蟹微卫星富集文库,对含微卫星的DNA序列设计了71对引物并对其进行了多态性筛选,筛选出21对多态的微卫星引物,对三疣梭子蟹1个野生群体的30个个体进行遗传多样性检测,同时对引物进行评价。21个位点共获得了188个等位基因,平均每个位点扩增得到8.9个等位基因。不同引物获得的等位基因数差异较大,从3～13个不等,其中Pot8、Pot37、Pot48、Pot53、Pot54、Pot66六个位点分别获得了11、12、12、11、13、11个等位基因,而Pot46仅获得了3个等位基因。等位基因的大小分布在131～312bp,基本符合引物设计时理论产物长度。21个微...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘磊 李健 刘萍 高保全 陈萍 戴芳钰 王学忠
以定向交尾技术构建的4个谱系清晰的家系为材料,检测两对微卫星标记Pot17和Pot42在三疣梭子蟹家系鉴别中的应用效果。结果表明,两个位点在4个家系的5个已知父母本和98个后代中共检测出11个等位基因,其中Pot17位点6个,Pot42位点5个。分析显示,上述检出的等位基因频率在0.0291和0.3592之间,Pot17和Pot42位点的期望杂合度分别为0.7740和0.7577,观测杂合度分别为0.6214和0.6796,多态信息含量分别为0.7373和0.7129。根据已知亲本和子代基因型,推断出了4个家系全部亲本的基因型。Pot17和Pot42微卫星标记具有达0.995的较高累积个体识别...
关键词：
三疣梭子蟹 微卫星标记 家系 亲缘鉴定
[期刊] 水产学报
[作者]
朱冬发 王春琳 李志强
实验用三疣梭子蟹于2003年3月-2004年6月购自浙江象山石浦港。以成熟卵、精巢、胚胎及状幼体等为材料进行三疣梭子蟹染色体数目和核型的研究。染色体制片采用组织切片法和气干法,用Olympus显微镜进行观测、摄影,依据Levan等的染色体分类标准进行核型分析。结果表明,精巢最适宜进行三疣梭子蟹染色体计数,卵内状幼体最适宜做核型分析。三疣梭子蟹染色体的数目是2n=106,n=53。核型分析显示,三疣梭子蟹有20对(第1~20号)中部着丝粒染色体(m)、3对(第21~23号)亚中部着丝粒染色体(sm)和30对(第24~53号)端部着丝粒染色体(t)。因此,三疣梭子蟹核型为2n=106=40m+6s...
关键词：
三疣梭子蟹 染色体 核型
[期刊] 水产学报
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 高焕 阎斌伦
为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比
[期刊] 水产学报
[作者]
黄纬杰 郭向召 张子豪 董强 熊雪梅 高泽霞
为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台，实验利用已发布的草鱼全基因组序列，开发高度多态、准确度高、重复单元在4～6碱基范围的微卫星标记。结果显示，在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677 363个，总长度12 835 407 bp，占全基因组长度的 1.425 4%，平均跨度为1 329.43bp。其中单碱基重复序列出现最多，占比52.85%；二碱基重复序列其次，占比31.44%；再次是四碱基重复，占比8.05%，三碱基重复序列占比6.47%，五碱基重复序列占比1.12%；六碱基重复出现最少，仅占比0.07%。1～6碱基重复类型中优势重复单位分别是A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、AATAT/ATATT、AACCCT/AGGGTT。随机挑选重复序列为4～6个碱基的110个位点设计引物，在草鱼繁殖亲本群体中扩增，筛选出15对多态性引物，经CERVUS 3.0软件分析15个位点平均期望杂合度0.802～0.959，模拟分析结果鉴定准确率为100%，置信度为95%。通过对20个家系子代192个个体进行亲本来源鉴定，所有子代均成功匹配到正确父母本，鉴定准确率达到100%。本研究分析了草鱼全基因组微卫星特征，并利用多态性微卫星位点进行草鱼亲子鉴定，为草鱼微卫星的功能和应用研究以及草鱼的育种工作奠定基础。
关键词：
草鱼 全基因组 微卫星 亲子鉴定
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王蕾 刘继红 张立冬 孙效文
通过磁珠富集法筛选牙鲆(Paralichthys olivaceus)的微卫星分子标记,采用限制性内切酶Sau3A I对牙鲆完整基因组DNA进行酶切;通过蔗糖溶液梯度离心,收集400～900bp大小的片段,连接Brown接头,构建牙鲆基因组文库。用生物素标记的微卫星探针(CAG)15对基因组文库进行杂交,利用磁珠富集含有微卫星的DNA单链序列,并对其进行PCR扩增;将扩增产物连接到pMD18-T载体后转入感受态大肠杆菌DH5α中,得到微卫星序列文库。利用大量质粒检测法进行二次筛选,成功地从牙鲆基因组中分离出含有CAG重复的微卫星序列,测序其中的3000个单菌落,获得2805个(占93.5%)含...
关键词：
牙鲆 微卫星 磁珠富集
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 张庆起 高焕 阎斌伦
为开发三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)增殖放流分子标志技术,本研究在前期获得三疣梭子蟹线粒体基因组24个SNP位点的基础上,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对4个用于增殖放流的家系(A、B、C和D)(代表约80~120万个放流个体)进行了鉴别工作。结果显示,含有SNP位点的22条PCR扩增序列中,有9条SNP位点扩增产物在亲代(母本)及其子代的28个个体之间具有基本一致的熔解峰,且子代个体间Tm的均一性较好,无明显差异;进一步以序列已知的野生型及其突变体作为同一SNP引物扩增片段,在各家系间分析HRM标准曲线,这9个SNP可以成功用于三疣梭子蟹4个放流家系的鉴别。在这9个SNP位点中,可鉴定C家系的有5个,可鉴定B家系的有2个,可鉴定A、D家系的各1个。该研究结果为三疣梭子蟹种质资源的鉴定及标志放流工作的开展提供了技术支持。
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