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[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋娜娜 钟金城 柴志欣 汪琦 何世明 吴锦波 蹇尚林 冉强 蒙欣 胡红春
【目的】研究三江黄牛群体遗传多样性,从基因组层面讨论其群体遗传变异情况。【方法】提取50个体基因组总DNA,等浓度等体积混合,构建混合样本DNA池,利用CovarisS2进行随机打断基因组DNA,电泳回收长度500 bp的DNA片段,构建DNA文库。应用Illumina HiSeq 2000测序,最终得到测序数据。利用BWA软件将短序列比对到牛参考基因组(UMD 3.1),来检测三江黄牛基因组突变情况。SAMtools、Picard-tools、GATK、Reseqtools对重测序数据进行分析,Ense
[期刊] 中国农业科学
[作者]
童雄 罗威 闵力 张志飞 马新燕 罗成龙 陈卫东 徐斌 李大刚
【目的】研究陆丰黄牛和雷琼牛与世界不同地域家牛中的系统发育关系，解析不同家牛群体的遗传多样性，为地方家牛资源的鉴定与保护奠定理论基础。【方法】采集12头陆丰黄牛和17头雷琼牛的组织样品进行全基因组重测序，整合世界范围内分布的24个品种92个体的NCBI公共基因组数据，共计25个品种121个个体的信息开展群体遗传学研究。选用Bos taurus ARS-UCD1.2作为参考基因组，经基因组序列比对与质量控制获取高质量Reads，应用GATK软件检测基因组SNPs。进一步基于群体SNPs，利用系统进化树构建、PCA聚类和Admixture评估进行群体结构分析，通过核苷酸多样性（Pi）、杂合度（Hp）和连锁不平衡（LD）水平研究群体的遗传多样性。【结果】29头广东地方牛经基因组测序获取6 905 944 306个Clean Reads，每个样本平均基因组覆盖率为97.99%，平均测序深度分别为12.78×。整合NCBI公共基因组数据，经质控后共检测出14 664 391个群体SNPs。整合系统进化树、PCA、Admixture的结果发现普通牛与瘤牛分化，瘤牛群体存在中国瘤牛与印度瘤牛分化，普通牛群体中东北亚普通牛（韩牛、延边牛）和西藏牛与欧洲普通牛分化，温岭高峰牛和舟山牛从中国瘤牛群体中分化。陆丰黄牛和雷琼牛均属于纯正的中国瘤牛，但陆丰黄牛与皖南牛之间、雷琼牛与吉安牛之间呈现最近的亲缘关系，说明陆丰黄牛与地域临近的雷琼牛属于两个独立的品种。部分陆丰黄牛与雷琼牛均存在欧洲普通牛和东北亚普通牛的血统混杂，且混杂比例较高，说明这两个品种牛急需加强群体内的提纯复壮。相较于欧洲普通牛和韩牛，中国家牛群体的LD衰减速率更快，核苷酸多样性Pi和杂合度Hp更高，说明其遗传多样性更丰富。相较于其他中国家牛，陆丰黄牛和雷琼牛的LD水平更低，杂合度Hp更高，且核苷酸多样性Pi和杂合度Hp的密度分布更为集中，说明两者受人工选择强度较低，且维持较高的群体遗传多样性。【结论】通过全基因组SNPs标记，系统解析了陆丰黄牛与雷琼牛的群体遗传结构和多样性特征，为这两个品种独立分类及其保护利用提供数据支撑。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
蔡斌 李成慧 姚泉洪 周军 陶建敏 章镇
利用Perl语言开发了用于探寻基因组SSR的程序SSRFinder,并利用其从法国国家基因测序中心(Genoscope)公布的欧亚种葡萄(Vitis viniferaL.)黑比诺品系PN40024的基因组序列中检索到114 520个SSR。其中含单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为37 648(32.9%)、30 123(26.3%)、18 705(16.3%)、14 566(12.7%)、3 492(3.0%)和9 986(8.7%)个。在各类SSR中,不同核苷酸组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含A/T重复单元的SSR频率最高,而富含...
关键词：
SSR 欧亚种葡萄 基因组 数据库
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王洪程 梅楚刚 昝林森 成功 李安宁 王洪宝
牛作为反刍动物的代表,具有独特的生物学特征和重要的哺乳动物进化地位,是人类生产活动的重要工具和肉、奶等物质需求的主要来源。近10年来,牛全基因组研究取得了很多重要的进展,为解释牛的生物学特征和加快品种的分子育种进程发挥了重要作用,文章重点介绍了牛全基因组测序的相关研究成果,以及测序工作完成后的研究进展,讨论了牛全基因组测序工作的机遇、研究重点,以及今后面临的挑战。
关键词：
牛 全基因组 测序
[期刊] 水产学报
[作者]
徐清腾 吴昊天 江丽华 陆颖
为了帮助水生动物学研究者解决群体遗传学基础分析的困难，本实验在调研现有的水生动物重测序数据分析研究和成果的基础上，基于水生动物群体遗传学的常用方法和通用分析软件，构建可于本地运行的、能够完成大部分基因组重测序数据基础计算的软件包。软件包首先将质控过滤后的重测序数据与参考基因组序列进行比对，利用比对结果检测基因组的遗传变异，对群体进行系统发育分析、群体结构分析、主成分分析、遗传多样性重要量化指标的计算和选择性消除分析等，并通过R或Python语言工具包对分析结果进行可视化。根据该软件包对来自3个群体、共约30尾大黄鱼个体的简化基因组测序数据进行分析测试的结果，完成了软件包携带的测序数据比对、单核苷酸多态性(SNP)鉴定、系统进化树构建、群体结构预测、连锁不平衡检测和多样性指标等计算功能，并且较好地图形可视化了分析结果。该群体基因组重测序分析的简易软件包可用于野生和自然群体的群体遗传学分析的大部分基础统计、计算和绘图，适合包括水生生物学在内的相关领域的生物学研究者进行群体基因组学研究。本研究为水生动物重测序数据分析提供便利，节约科研时间，减少人力物力成本。相关源码和使用说明文档已公开上传至GitHub:https://github.com/xqteng/Re-seq＿analysis。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
徐宇辉 马志杰 郭卫兴 莫延新 陈生梅
为探究牦牛全基因组中重复序列的组成特征，本研究以染色体水平的牦牛全基因组（BosGru3.1）为研究对象，利用生物信息学方法对牦牛基因组中的单纯型SSRs序列进行了检测，并对其分布特征进行综合分析。结果表明：1）在牦牛全基因组（2.83 Gb）中，共筛选出778 413个单纯型SSRs，总长度为14.42 Mb，占全基因组序列总长的0.51%，相对频率和相对密度分别为274.92 loci/Mb和5 094.43 bp/Mb。2）牦牛31条染色体中，1号染色体所含的SSRs数量最多（48 592个，6.24%）,29号染色体所含的SSRs数量最少（11 758个，1.51%），染色体DNA序列长度与其所含SSRs数量呈显著正相关（P<0.001）。3)6种重复类型的单纯型SSRs在牦牛基因组中分布不均匀，其中单碱基重复类型的SSRs数量最多（320 592个，41.19%），其次是两碱基（197 824个，25.41%）、三碱基（130441个，16.76%）、五碱基（75 056个，9.64%）、四碱基（52 523个，6.75%）和六碱基（1 977个，0.25%）。4）各重复类型分别以A、AC、AT、AGC、AAC、AAAT、AAAC、AACTG、AGATC和AACCCT类别的SSRs分布较多，表现出明显的A(T)碱基组成优势。5）各重复类型的SSRs其重复拷贝数分别集中在12～25次（单碱基）、7～26次（两碱基）、5～13次（三碱基）、4～8次（四碱基）、4～7次（五碱基）和4～6次（六碱基）。综上，本研究揭示了牦牛全基因组中单纯型SSRs的分布特征，表明各重复类型的SSRs其频率、密度、优势碱基类别及重复拷贝数均存在差异，呈现出一定的规律性。本研究为深入了解牦牛基因组中重复序列特别是单纯型SSRs的组成和分布特征提供参考，也为后续发掘牦牛特异性SSRs标记、构建遗传图谱及开展标记与性状间的关联分析等研究奠定基础。
关键词：
牦牛 基因组 单纯型微卫星 丰度
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王晓 张勤 俞英
【目的】通过全基因组关联分析定位和筛选相关基因,寻找与奶牛乳房炎抗性相关的分子标记,以进行下一步的标记辅助选择。【方法】对2 093头北京地区中国荷斯坦牛SCC进行对数转化,依据LASCS=log_2∑SCC/n和SCS-SD=log_2∑(scc-u)2/n-1将测定日记录SCC转化为服从正态分布的统计量LASCS和SCS-SD。同时将LASCS和SCS-SD进行半个标准差(half of standard deviation,0.5 SD)和一个标准差(one standard deviation,1
[期刊] 华北农学报
[作者]
崔晓霞 赵硕 郭书巧 束红梅 何晓兰 倪万潮 巩元勇 刘来华
为明确大豆GmGLRs基因家族的结构特征以及不同组织的表达模式,利用生物信息学的方法,从全基因组水平鉴定了大豆GmGLRs基因家族,并对其染色体定位、系统进化关系、基因结构、跨膜结构域及组织表达模式进行分析。结果表明,在大豆基因组(Wm82.a2.v1)全基因组信息中共鉴定出17个GmGLRs基因。基因定位显示,这些基因不均匀的分布在10条染色体上,有5条染色体各分布1个GmGLRs基因,有3条染色体各分布2个GmGLRs基因,有2条染色体各分布3个GmGLRs基因。系统进化树分析将这些基因分为2个亚族,有2个GmGLRs基因在一个亚族,其他15个GmGLRs基因在另一个亚族,这些基因在系统进化关系上成对出现,表现出很高的同源性。基因结构分析表明,这些基因基本上都具有6个外显子,只有1个基因有7个外显子。此外,大豆GmGLRs基因的CDS序列长度差异不大,最长的CDS长度是2 844 bp,最短的CDS长度是2 409 bp,平均长度为2 748 bp。跨膜结构域预测结果表明,10个GmGLRs蛋白有3个跨膜结构域,4个GmGLRs蛋白有4个跨膜结构域,2个GmGLRs蛋白有5个跨膜结构域,1个GmGLR蛋白有2个跨膜结构域。组织表达模式研究显示,这些基因没有表现出组织特异性的差异,但是在表达丰度上存在显著差异,高、中、低丰度表达基因数分别为8,5,4个。结果为大豆GmGLRs基因的克隆和功能研究提供了理论基础。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘茁 彭莎莎 陈建芝 周亚林 李成刚 王丹
对水稻多样性群体(RDP–I)中的216份种质接种白叶枯生理小种P2并进行抗性鉴定，发现温带粳稻亚群平均抗性水平最高，其平均病斑长度最短；奥斯稻亚群平均抗性水平最低，平均病斑长度最长。通过全基因组关联作图鉴定了分布在水稻第1、2、4、6、7、8、9、10、11、12号染色体上的59个QTL，这些位点包含5个已知的抗白叶枯病基因。从较高阈值SNP位点以及附近2Mb区段进行候选基因的预测，筛选出40个抗白叶枯病相关基因，并最终鉴定出16个抗性较好的水稻种质资源。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘茁 彭莎莎 陈建芝 周亚林 李成刚 王丹
对水稻多样性群体(RDP–I)中的216份种质接种白叶枯生理小种P2并进行抗性鉴定，发现温带粳稻亚群平均抗性水平最高，其平均病斑长度最短；奥斯稻亚群平均抗性水平最低，平均病斑长度最长。通过全基因组关联作图鉴定了分布在水稻第1、2、4、6、7、8、9、10、11、12号染色体上的59个QTL，这些位点包含5个已知的抗白叶枯病基因。从较高阈值SNP位点以及附近2Mb区段进行候选基因的预测，筛选出40个抗白叶枯病相关基因，并最终鉴定出16个抗性较好的水稻种质资源。
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈华涛 陈新 顾和平 张红梅 袁星星 崔晓艳
基于水稻增产基因OsTAW1,从大豆全基因组中鉴定出23个GmTAW1同源基因家族成员,分析了大豆GmTAW1基因家族成员的保守结构域,并利用MEGA 4.1软件构建了系统发生树。研究了大豆GmTAW1基因成员的表达特征,为大豆产量性状的分子技术改良提供了候选基因资源。
关键词：
大豆 产量 基因
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
代力强 吴律 董青松 闫鸽 曲静 王丕武
【目的】筛选与玉米粒长紧密关联的SNP标记和候选基因，为分子标记辅助选择籽粒较长的玉米材料及克隆相关的功能基因奠定基础。【方法】以80个核心玉米自交系作为关联群体，在2014年和2015年分别将其种植在吉林省长春市和梅河口市，收获后考种。同时采用Illumina Hiseq PE150高通量测序仪对关联群体进行全基因组重测序，将获得的高质量SNP标记用于后续玉米粒长的全基因组关联分析。【结果】不同玉米自交系的籽粒长度遗传变异较大，广义遗传力为83.67%，说明该性状主要受到遗传因素的控制。经过全基因组关联
[期刊] 中国农业科学
[作者]
沈曼曼 曲亮 窦套存 马猛 郭军 卢建 胡玉萍 李永峰 王克华
【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)技术解析产蛋后期母鸡脾脏重的分子机制和遗传特征,为改善产蛋后期母鸡的健康状况提供理论依据。【方法】利用东乡绿壳蛋鸡和白来航蛋鸡构建资源群体,以72周龄F2代501只母鸡脾脏重为研究材料。首先利用高密度600 K基因芯片对试验群体基因组进行SNPs检测。其次利用APT软件进行质控、BEAGLE软件进行基因型填充、PLINK软件进行主成分分析,GEMMA软件进行全基因组关联分析,最终获得脾脏重的显著和潜在显著关
关键词：
鸡 脾脏 全基因组关联分析 资源群体
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
崔爱君 徐永江 王滨 姜燕 柳学周
利用2b-RAD技术对119尾黄条(鱼师） (Seriola lalandi)个体进行测序，共获得黄条(鱼师）SNP分子标记26665个，对黄条(鱼师）个体的体质量和全长这2个重要生长性状进行全基因组关联分析，筛选与体质量和全长性状相关的SNP位点和候选基因。结果显示，黄条(鱼师）体质量性状中共筛选到17个体质量显著关联的SNP位点，找到17个可能的候选基因，全长性状共筛选到12个潜在显著关联位点，找到12个可能的候选基因。利用KEGG数据库对可能的候选基因进行Pathway分析，得知候选基因主要参与了细胞或组织生长发育相关的代谢通路调控过程，可能是影响黄条(鱼师）生长性状密切相关的重要候选SNP位点和功能基因，结果可为今后黄条(鱼师）种质资源可持续利用和育种提供遗传信息资料积累。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
汪影 张昌伟 吕善武 侯喜林
[目的]本文旨在研究大白菜环核苷酸门控离子通道基因(BrCNGC)的进化关系、结构特征、染色体定位及其表达模式。[方法]通过生物信息技术对大白菜BrCNGC进行分子进化分析、功能结构分析、染色体定位分析、保守结构域分析,并且通过荧光定量PCR分析该基因家族在脱落酸(ABA)+芜菁花叶病毒(TuMV)、水杨酸(SA)+TuMV、茉莉酸甲酯(MeJA)+TuMV和抗坏血酸(AsA)+TuMV处理下的表达差异。[结果]大白菜BrCNGC家族有26个成员,可分为4个组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ),其中第Ⅳ组又可以分为2个亚组(Ⅳa和Ⅳb)。它们分布在9条染色体上,1号染色体上BrCNGC数量最多(有5个),5号染色体上只有1个BrCNGC基因,而8号染色体上没有BrCNGC基因分布。基因结构分析表明:该家族基因中共鉴定出10种motif,其中有14个BrCNGC蛋白都包含这10种motif,同组成员之间的motif组成相似。荧光定量PCR结果表明:在植物生长调节剂与TuMV相互作用下,大部分BrCNGC的表达量上调,少数BrCNGC的表达量下调。[结论]大白菜BrCNGC结构高度保守,其在大白菜抵御TuMV侵染过程中发挥一定的作用,该发现为以后进一步研究BrCNGC的功能奠定了基础。
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