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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李昭楠 李长忠 孔令财 保长虹 贺彩霞 金文杰 陈艳霞
【目的】获得三倍体虹鳟线粒体基因组(mtDNA)全序列,揭示其序列的主要结构特征,探究三倍体虹鳟系统发育相关信息,丰富鲑科鱼类mtDNA数据库,为三倍体虹鳟进化和系统发育研究提供参考。【方法】选取健康状况良好且规格相似的三倍体虹鳟3条,采集其背脊上部肌肉组织,提取基因组DNA,检测DNA质量后通过Illumina测序技术对三倍体虹鳟mtDNA进行测序、组装和注释,并进行生物信息学分析;基于已报道的27种鲑科鱼类的mtDNA,运用邻接法(neighbour-joining,NJ)构建鲑科鱼类系统发育树。【结果】三倍体虹鳟mtDNA全长为16 655bp;A+T含量较高(54.06%),G+C含量较低(45.94%),其碱基组成有明显的A/T偏向性。三倍体虹鳟mtDNA包括13个蛋白编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区(D-loop区)。13个蛋白编码基因中,除cox1的起始密码子为GTG外,其他12个基因的起始密码子均为ATG,终止密码子均为TNN;2个rRNA基因总长度为2 606 bp,22个tRNA基因中除trnS1外,其余21个基因均能形成典型的三叶草结构;D-loop区在环状的DNA分子中位于trnF和trnP之间。系统发育树结果显示,28个物种明显分为2个大的支系,鲑亚科的麻哈鱼属、副哲罗鱼属、细鳞鲑属、哲罗鱼属、红点鲑属、鳟属的鱼种聚为一支,其中三倍体虹鳟和虹鳟最先聚为一支,表明其亲缘关系最近;茴鱼亚科茴鱼属和白鲑亚科的白鲑属、柱白鲑属鱼种聚为另一支。【结论】获得了三倍体虹鳟mtDNA,三倍体虹鳟与虹鳟亲缘关系最近。
关键词：
三倍体虹鳟 线粒体基因组 系统进化
[期刊] 中国水产科学
[作者]
蒋宗良 张明 林勇 朱佳杰 黎明星 罗永巨 甘西
采用LA-PCR(long amplification polymerase chain reaction)扩增方法获得奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)线粒体基因组全序列。分析表明,序列全长16 632 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个长度为931 bp的主非编码区。A、T、G、C碱基的组成分别为27.89%、25.50%、15.62%、30.99%。基因排列与罗非鱼属的其他物种一致。13个蛋白质基因除COX1用TGT做起始密码子外,其他均以ATG为起始,终止密码子除COX2、Cyt b、ND4为不完整的T,其余基因均以典型的TAA...
[期刊] 华北农学报
[作者]
保长虹 李昭楠 关却多杰 李长忠 尹格玛 贺彩霞 金文杰 周叶吉 陈艳霞
为正确区分青海湖裸鲤和花斑裸鲤，向科学研究及偷捕鱼货物的司法鉴定提供相应的数据支撑。对青海湖裸鲤和花斑裸鲤的线粒体基因组进行测序和生物信息学分析。此外，基于36种鲤科鱼类的线粒体全基因组序列用最大似然法(ML)构建鲤科鱼类系统发育树。结果表明，青海湖裸鲤线粒体基因组全序列全长为16 720 bp,包括13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因和1个D-Loop控制区，整个青海湖裸鲤线粒体基因组的核苷酸组成为28.68%A、27.29%T、18.16%G及25.87%C,AT偏向性显著(55.97%)。花斑裸鲤线粒体基因组全序列全长为16 760 bp,包括13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因和1个D-Loop控制区，整个花斑裸鲤线粒体基因组的核苷酸组成为28.63%A、27.22%T、18.26%G及25.88%C,同样具有明显的AT偏向性(55.85%)。青海湖裸鲤和花斑裸鲤线粒体基因组所有蛋白编码基因以ATG作为起始密码子，绝大多数蛋白编码基因以TAG或TAA作为终止密码子，少数以不完全密码子(T--)作为终止密码子，所有的tRNA基因均能形成典型的三叶草结构。系统发育分析结果显示，裸鲤属所有物种都聚为一个类群，并与光倒刺鲃、大理裂腹鱼和扁吻鱼的亲缘关系较近。该研究基于线粒体基因组的系统发育分析未将青海湖裸鲤和花斑裸鲤准确区分，但为重新建立更清晰的鲤科鱼类分类体系奠定了基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
王中铎 谭围 郭昱嵩 刘丽 刘楚吾 刘筠
运用通用引物长距PCR(Long-PCR)和常规PCR相结合的方法测定了鲈形目笛鲷科的4种笛鲷属鱼类(孟加拉笛鲷、四带笛鲷、千年笛鲷和马拉巴笛鲷)和军曹鱼科的军曹鱼线粒体DNA基因组全序列(GenBank序列号分别为FJ171339,FJ416614,FJ824741,FJ824742和NC_011219),得出所用全序列测定体系的方法通用性较强,操作简单。线粒体基因组的比对分析表明,测定的mtDNA基因组的绝大部分区段与GenBank中现有的脊椎动物的序列有较高的同源性。以军曹鱼外群结合GenBank中近缘笛鲷鱼类(勒氏笛鲷、蓝点笛鲷和黑带鳞鳍梅鲷)进行的聚类分析中,勒氏笛鲷与黑带鳞鳍梅鲷的...
关键词：
笛鲷属 线粒体基因组 分子系统进化
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
胡玉婷 胡王 江河 凌俊 段国庆 潘庭双
为探讨天然三倍体滁州鲫的系统进化地位,采用直接测序法获得滁州鲫线粒体基因组。其序列全长为16581 bp,碱基组成为31.6%A、26.2%T、16.1%G和26.1%C,包括13个蛋白质基因、22个t RNA基因、2个r RNA基因和1个非编码区,各基因的位置及组成与已公布的鲤科鱼类一致。除t RNA-Ser(AGY)外,其他21个t RNA的二级结构均具有典型的三叶草结构;13个蛋白编码基因中,除COⅠ起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子;COⅡ、ND3、ND4和Cytb基因的终止密码子为不完整的T,其他9个基因均具有完整的终止密码子TAA或TAG。序列分析表明,滁州鲫与其他鲫...
关键词：
滁州鲫 线粒体基因组 系统进化分析
[期刊] 水产学报
[作者]
陈福广 李绍戊 卢彤岩
为了深入揭示我国鱼类病原菌嗜冷黄杆菌（Flavobacterium psychrophilum，F. psychrophilum）的基因组进化及其致病机制，本实验对嗜冷黄杆菌毒力菌株CH06进行全基因组测序，比较基因组分析及其毒力相关基因的挖掘。基因组测序结果表明，CH06的基因组大小为2 836 981 bp，GC含量为32.56%，注释出2 437个编码基因。ANI分析结果显示，CH06与12株嗜冷黄杆菌的AI值均高于99%。因此，菌株CH06应属于嗜冷黄杆菌分支。基因组序列分析发现，CH06含有5个插入序列、4个基因岛和3个前噬菌体，揭示这些可移动遗传元件推动了CH06的基因组进化。系统进化树和基因组共线性分析发现，CH06与菌株CSF259-93和FPG101亲缘关系较近。分泌系统分析显示CH06中存在完整的Ⅰ型分泌系统(type I secretion system，T1SS)和Ⅸ型分泌系统 (type IX secretion system，T9SS)。我们对所有的2 437个编码蛋白分析并在CH06基因组上鉴定出27种T9SS效应蛋白。此外，CH06中还存在10个组氨酸激酶蛋白和15个反应调节蛋白。这些结果表明CH06可能存在复杂的跨膜分泌毒力因子和感知环境变化并作出反应的机制。本研究对CH06的基因组进化以及毒力相关基因进行分析，为研究我国鱼类病原嗜冷黄杆菌的进化和多样性以及致病机制提供参考。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐纯柱 张洪海 马建章
利用PCR方法和直接测序技术获得的紫貂线粒体基因组全长为16523bp,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区(D-Loop区),碱基组成为A32.0%、C27.6%、G14.7%、T25.8%;在编码蛋白质基因的密码子第3位点处具有AC高偏向性(72.6%),并且频繁利用不完全终止密码子T或TA(7个)。将紫貂线粒体基因组序列提交到GenBank,并获得检索号为FJ429093。结合GenBank中已公布的鼬科其他6种动物的线粒体基因组全序列及貂属6种D-Loop区部分序列,分别以虎和狗獾为外类群,应用最大简约法构建鼬科和貂属物种的系统进化树。结...
关键词：
紫貂 线粒体基因组 进化
[期刊] 中国水产科学
[作者]
相福生 徐革锋 谷伟 黄天晴 刘晨斌 王炳谦
Cyp19a1b、Cyp11a1、Cyp11b2、Cyp17a1、Hsd3b1等细胞色素相关基因能够调节硬骨鱼类性类固醇的合成,对性腺发育和性别决定产生影响。本研究以全雌三倍体虹鳟(Oncorhynchus mykiss)为研究对象,正常雌性二倍体虹鳟为对照,选取31~68 dpf(days post fertilization)时间段的虹鳟仔鱼脑组织,采用q RT-PCR和酶联免疫的方法研究以上几种基因的表达状况和脑芳香化酶的活性变化,以期探明导致三倍体雌性虹鳟性腺发育异常的关键原因。q RTPCR结果显示,二倍体中Cyp19a1b在30~50 dpf时表达量上调并且维持在较稳定水平,但50~56 dpf时表达量逐渐下调,之后56~68 dpf表达量持续上调;三倍体中Cyp19a1b表达量在30~35 dpf开始上调,35~47 dpf逐渐下调,47~55 dpf开始第二次上调,之后维持在较稳定水平直至68 dpf,但三倍体Cyp19a1b的表达量显著(P
关键词：
虹鳟 性腺发育 脑芳香化酶 细胞色素
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
贾永义 蒋文枰 顾志敏
采用已公布的鱼类线粒体基因组全序列,设计8对引物扩增、测定并注释温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)线粒体基因组(GenBank登录号:KC_495074)。序列全长16 591 bp,包括13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码区,各基因的位置及组成与已公布的鲤科鱼类一致;37个基因中,1个蛋白质编码基因(ND6)和8个tRNA基因(tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu和tRNAPro)由L链编码,其余的均由H链编码。A、T、G、C碱基组成分别为30....
关键词：
温州光唇鱼 线粒体基因组 系统发育
[期刊] 淡水渔业
[作者]
韩英 王琨 刘蔓 张澜澜 张贵学
观察和测定了三倍体虹鳟(Oncorhynchus mykiss)肝脏、脾脏、头肾和外周血液血细胞的发生过程。结果显示:三倍体虹鳟外周血红细胞具有分裂的能力,外周血液是其进一步发育成熟的场所,其进一步发育成熟有核质非同步分裂(核分裂先于质分裂呈双核型)和核质哑铃型同步分裂两种形式。外周血液中未成熟红细胞、单核细胞、淋巴细胞和粒细胞细胞比例分别为5.81%、4.14%、4.52%和3.38%,其4类未成熟细胞比例明显高于造血器官;外周血液中成熟红细胞为69.6%,与造血器官成熟红细胞的比例无显著差异;外周血中单核细胞、淋巴细胞和粒细胞细胞比例分别为6.60%、4.71%和1.24%,三类细胞比例明...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘霞 孙冲 黄勤琴 谢润泸 刘浩文 陈泽雄
[目的]揭示九叶青花椒叶绿体基因组的结构特征及其与其他物种的系统进化关系，为花椒属种质资源的鉴定、新品种的培育及品种间的遗传分析提供参考。[方法]使用改良CTAB法提取九叶青花椒叶片总DNA。利用BGISeq-500平台进行高通量测序，SPAdes v3.13.0软件组装叶绿体基因组，通过GeSeq注释九叶青花椒的全叶绿体基因组信息，对其叶绿体基因组序列的结构特征、重复序列、密码子偏好性及系统进化关系进行分析。[结果]九叶青花椒叶绿体基因组为典型的四分体组成结构，全长序列为158 579 bp，编码133个基因；测到19个串联重复序列，49个长片段重复，70个简单重复序列；九叶青花椒叶绿体基因组中的蛋白编码基因共有26 398个密码子（不包括终止密码子），在密码子第三位碱基上有较强的A/T碱基偏好性。[结论]本研究首次组装了九叶青花椒叶绿体基因组全序列，明确了花椒属为单系类群，九叶青花椒与野花椒（Z. simulans）关系密切，这将为花椒的遗传信息、花椒种质资源评价、分子育种、cpSSR分子标记的开发及遗传多样性等研究提供了重要参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张殿福 吴雷 张学振 王力 陈菲菲 张峰 滕振雷 王龙 黄涛涛 田大才
为了解大西洋鲑(Salmo salar)、三倍体虹鳟(Oncorhynchus mykiss)、金鳟(Oncorhynchus mykiss)3种鱼肌肉营养成分和品质特性,利用生化分析、物性分析方法分析3种鱼肌肉的营养成分、氨基酸和脂肪酸组成、肉色、系水力和质构特性。结果表明,大西洋鲑、三倍体虹鳟、金鳟肌肉的水分质量分数分别为62.91%、67.15%、73.02%,粗蛋白质量分数分别为22.39%、21.03%、22.11%,粗脂肪质量分数分别为14.64%、17.16%、5.11%。3种鱼肌肉的滴水损失、黄色值(b~*)、羟脯氨酸含量、内聚性均显著不差异(P>0.05)。3种鱼肌肉的硬度和咀嚼性由低到高依次为大西洋鲑、三倍体虹鳟、金鳟,而pH值的结果则与之相反(P0.05),但灰分、蒸煮损失、回复性均小于金鳟肌肉的对应指标(P<0.05),弹性和红色值(a~*)则均大于金鳟肌肉的对应指标(P
[期刊] 淡水渔业
[作者]
韩英 王琨 张澜澜 刘蔓
对三倍体和二倍体虹鳟(Oncorhynchus mykiss)的红细胞大小(长、短径值和体积)、形态及部分血液指标(红细胞数、血红蛋白、红细胞压积、红细胞脆性和白细胞数)进行了比较。结果表明:三倍体虹鳟红细胞体积与二倍体比值为1.51∶1,细胞核大小与二倍体比值为1.49∶1,与理论值(1.5∶1)比较均无显著差异(P>0.05)。二倍体红细胞短径/长径比值为0.63,呈现出椭圆形;三倍体红细胞短径/长径比值为0.60,呈现出明显的长椭圆形,并有19%的红细胞有哑铃形或分裂的细胞核,这可作为区别二倍体鱼类的一个重要鉴定标志。三倍体虹鳟的红细胞数、红细胞压积和红细胞脆性明显小于二倍体(P<0.0...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赫崇波 高祥刚 王效敏 刘卫东 周遵春 木云雷 葛陇利
利用圆斑星鲽(Verasper variegatus Temminck et Schlegel)和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出6对扩增引物,通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(Primer walking)法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列,并对其进行结构与进化分析。圆斑星鲽线粒体基因组序列长17273 bp,其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和2个非编码区(控制区和WANCY区)。在22个tRNA基因中,tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(第2...
关键词：
圆斑星鲽 线粒体基因组 控制区 系统进化
[期刊] 水产学报
[作者]
赖瑞芳 张秀杰 李艳和 吴俊颉 杨东辉 王卫民
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信...
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