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[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨学明 郭亚芬 蒋钦杨 陈福艳 梁万文 蒋和生
运用PCR方法,扩增罗氏沼虾缅甸原种F1代、广西选育群体和江苏养殖群体的线粒体DNA上的细胞色素氧化酶(Cytochrome oxidase subunit I,COI)基因,在此基础上选用10种限制性内切酶对扩增产物进行限制性片段长度多态(RFLP)分析。三个群体共发现2个多态位点,11种酶切图谱,3种基因型。三群体的多态座位比例、平均杂合度和基因型多样性指数分别为:缅甸原种F122.2%、0.0556、0.0472,广西选育群体22.2%、0.0400、0.0398,江苏养殖群体11.1%、0.0106和0.0083,群体间遗传差异未见显著。根据群体间遗传距离构建UPGMA聚类关系图,显示...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马朋 刘萍 李健 李吉涛 陈萍
采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658bp核苷酸序列。62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53%、22.63%、27.30%、18.53%和58.83%,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似。通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析。AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P<0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
朱丹丽 王晓清 曾志南 秦溱 熊钢 曾丹 严璐琪
采用ＰＣＲ产物直接测序法对来自福建东山、广东湛江和广西北海的３个群体方斑东风螺（ＢａＢｙｌｏｎｉａ ａＲｅｏｌａｔａ）的Ｃｏｉ基因进行比较分析。结果表明：Ｃｏｉ基因片段长度为６８０ ＢＰ，碱基组成显示ａ＋ｔ比例较高，约为６２．４２％；种群间多态位点数为３２，单倍型多样性指数为０．７０７±０．０９２，核苷酸多态性指数为０．００１ ８５±０．０００ ３９，平均核苷酸差异数为１．２５２。以泥东风螺（ＢａＢｙｌｏｎｉａ ｌｕｔｏｓａ）和织纹螺（ｎａｓｓａＲｉｕｓ）为外群，构建了ｎＪ系统发育树，其拓扑结构显示，３个群体的方斑东风螺首先聚类到一起，然后与泥东风螺聚为一支，与织纹螺形成不同的分支。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁宏伟 孟彦 罗相忠 李忠 邹桂伟
为研究我国主要养殖区域黄鳝(Monopterus albus)的遗传多样性,利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome C oxidase subunit I,COI)基因对来源于湖北、江西、安徽、湖南、重庆和山东的6个黄鳝群体共187个样本进行遗传多样性分析。结果表明长度为646 bp的COI基因序列在6个群体的碱基含量基本相同,碱基T、C、A和G的平均含量分别为27.7%,30.7%,24.5%和17.1%,包括61个变异位点,其中单位点突变16个,简约信息位点45个,变异位点以C/T间的转换为主。6个群体中共检测到38种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.886,核苷酸多样性(π)为0.01094,群体整体遗传多样性高,湖北和山东群体遗传多样性都较高(Hd>0.8),湖南群体和江西群体的遗传多样性次之(Hd>0.5),而安徽和重庆两个群体的遗传多样性都较低(Hd<0.5)。6个群体间有显著的遗传分化,基因交流贫乏(Nm<1)。群体分子变异分析(AMOVA)显示,6个黄鳝地理种群群体内的遗传变异高于群体间的遗传变异,其遗传变异主要发生在群体内部。遗传结构和系统发育树显示湖南群体与其他5个群体的遗传关系较远。重庆群体可能由单一或很少几个群体进化而来的,起源比较单一。就目前而言,黄鳝野生种质资源遗传多样性丰富,苗种频繁流动和人工养殖尚未对其种群结构造成较大影响,仍有较强的环境适应能力和良好的育种潜力。
[期刊] 水产学报
[作者]
周晓敏 戴习林
罗氏沼虾因其自身的生长优势，已成为我国重要的养殖虾类，为保证其养殖的持续健康发展，对其进行遗传多样性分析。利用罗氏沼虾性腺组织转录组测序结果，参考NCBI数据库，选取60个SNP位点，以马来西亚野生群体（MW）为样本采用直接测序技术进行位点多态性检测，得到25个（41.7%）具有二等位基因位点。并对罗氏沼虾上海（SH）、浙江（ZJ）、马来西亚养殖群体（MF）、生长快品系选育群体（BG）及MW群体5个群体的150尾个体进行遗传多样性分析，其观测杂合度H_(o)和期望杂合度H_(e)的分布范围分别为0.18～0.30和0.28～0.37，平均多态性信息含量值依次为0.29、0.24、0.21、0.26、0.33，表现为中低等多态水平；群体间的遗传相似性系数和遗传距离变化范围分别为0.659～0.968、0.032～0.417，MF群体和BG群体遗传相似系数最小、遗传距离最大，SH群体和ZJ群体遗传相似系数最大、遗传距离最小；遗传分化指数和基因流的范围分别为0.045～0.363和0.440～5.293，MF群体和MW群体之间出现最高值，SH群体和ZJ群体出现最低值，SH群体和ZJ群体基因流最高，MF群体和MW群体最低；AMOVA分子方差分析显示，遗传变异主要来源于群体内，群体间的变异为26.33%。5个群体近交系数为0.151～0.342，3个养殖群体的平均近交系数均高于野生群体，对25个位点在5个群体中的基因型统计分析，有9个位点处BG群体的基因型与其他3个养殖群体基因型分离方向相反，有14个位点处3个养殖群体较MW群体，杂合个体频数普遍降低。研究结果为进一步开展罗氏沼虾遗传育种研究及保护政策的制定提供了参考。
关键词：
罗氏沼虾 SNP 直接测序法 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯梦霞 汤永涛 刘如垚 闫雪朦 胡博 聂国兴 周传江
日本沼虾(Macrobrachium nipponense)是一种经济价值较高的淡水虾类,广泛分布于我国各淡水水体,其在河南境内各水系均有分布。随着水产养殖业的发展、水域生态环境的变化及人为因素的影响,日本沼虾的种质资源也逐渐受到影响。为评估河南境内水系日本沼虾的种质资源现状及其遗传多样性,本研究利用线粒体COI基因对河南境内18个地理群体135尾日本沼虾开展种群遗传学研究,样品覆盖河南境内的长江、黄河、淮河和海河4个水系。结果显示,河南境内日本沼虾18个地理群体共包含27个单倍型,群体平均单倍型多样性(Hd)为0.78574,平均核苷酸多样性(π)为0.01059,其中淮河水系日本沼虾群体平均遗传多样性最低,长江水系日本沼虾群体平均遗传多样性最高,且各水系群体均显示出高Hd低π的特点。AMOVA分析显示,日本沼虾遗传变异主要来源于日本沼虾群体内(66.03%),群体间遗传变异为40.22%。系统发育树和单倍型网络均未显示出明显的水系分化。中性检验、错配分布及贝叶斯天际线分析表明,日本沼虾群体近期没有发生种群扩张,群体相对稳定。本研究可为河南境内日本沼虾种质资源的保护和合理开发利用提供参考。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郑小壮 陈清华 陈文坚 郭照良
采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。
[期刊] 水产学报
[作者]
朱其建 戴习林 邹卫丽 蒋飞 苏建 过正乾 王海洋 丁福江
为深入了解罗氏沼虾抗病选育群体的抗病力和遗传信息,通过人工注射溶藻弧菌感染16个罗氏沼虾选育群体,并利用微卫星分子标记对选育群体进行遗传结构分析。结果显示,16个选育群体抗溶藻弧菌感染能力存在明显差别,并从中鉴定出抗病力强的群体3个(SCR11-6、SCR11-11和SCR11-16),其在感染溶藻弧菌感染后的成活率达80%;抗病力比较强的群体7个;抗病力一般的群体4个,成活率为65%~70%;抗病力差的群体2个,成活率为35%~50%。8对微卫星引物共检测到53个等位基因,每对引物的等位基因数为5~9个,平均为6.625个,多态信息含量(PIC)为0.629 4~0.829 4,平均为0.7...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
户国 程磊 马波 孙大江 王斌 刘晓勇 柳淑芳 张颖
达氏鳇(Huso dauricus)是黑龙江流域土著鲟,近几十年来野生资源急剧下降,被确定为濒危物种之一。本研究采用线粒体DNA的Cyt b基因和D-loop区域的多态性信息评估了黑龙江抚远段野生群体、北京房山国家级鲟鱼原种场的保种群体及浙江衢州国家级鲟鱼良种场的繁殖群体等3个达氏鳇群体的遗传多样性水平。所有测试个体在Cyt b基因位点的核苷酸水平上没有检测到多样性,均具有相同的Cyt b单倍型,而在D-loop区域中发现了9种单倍型,对于D-loop区,单倍型多样性(H_d)达到0.593,但核苷酸多样性(π)仅为0.00213。在8尾野生个体中检测到6种D-loop单倍型,2个养殖群体共计58尾个体共计检出5种D-loop单倍型个体。分析结果显示:野生达氏鳇群体遗传多样性极低,历史上可能经历过严重的遗传瓶颈,同时达氏鳇人工繁殖过程中每批次可能只有极少个体参与了繁殖。此外,基于Cyt b基因部分序列的分析结果提示,达氏鳇与其他太平洋鲟类的亲缘关系较近,而与欧鳇(Huso huso)关系较远,传统上鳇属(Huso)的分类地位得不到有效的分子生物学数据支持。
[期刊] 水产学报
[作者]
黄雪贞 钱国英 李彩燕
采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王景 张凤英 蒋科技 马春艳 宋炜 林楠 姜亚洲 李圣法 程家骅 马凌波
通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张海琪 何中央 徐晓林 李明云 杜建明
采用形态学方法、同工酶电泳技术和DNA分析方法对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii DeMan)缅甸野生群体(BNP种群)和浙江省养殖群体(ZCP种群)的遗传多样性进行比较分析。结果表明,两种群在外形、体色、生长等方面存在一定的差异;对罗氏沼虾11种酶的25个基因位点进行分析,得出BNP种群和ZCP种群的同工酶分析所得出的多态位点比例及平均杂合度分别为12％和:16％,0.0431和0.0501。根据同工酶的基因频率计算得两种群的遗传相似系数为0.9963,遗传距离为0.0037;22个经筛选的10bp随机引物共检测到139个RAPD位点,BNP种群的多态位点比例和遗...
关键词：
罗氏沼虾 遗传多样性 同工酶 RAPD
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 水产学报
[作者]
彭士明 施兆鸿 侯俊利
运用线粒体D-loop区与COI基因片段序列比较分析了养殖与野生银鲳群体的遗传多样性。研究结果显示,线粒体D-loop区片段中,A、T、C与G4种核苷酸的平均含量分别为40.00%、30.55%、16.75%和12.70%,A+T的含量为70.55%,明显高于G+C的含量。COI基因片段中,A、T、C和G的平均含量分别为25.85%、33.90%、21.30%和18.85%,A+T的含量(59.75%)同样高于G+C的含量。基于D-loop序列分析所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为19、15、0.895、0.007和2.505。基于COI基...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张林 甘金华 张涛 何力 周剑光
为保护、评估及合理利用罗氏沼虾种质资源，为今后指导育种及养殖提供理论依据，以采自广西及江苏数丰良种场的罗氏沼虾为材料，采用PHA和秋水仙素肌肉注射、精巢或卵巢细胞直接制片法，对罗氏沼虾染色体核型进行了研究。采用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳技术，分析了罗氏沼虾肌肉或鳃组织乳酸脱氢酶(LDH)、苹果酸脱氢酶(MDH)、酯酶(EST)、醇脱氢酶(ADH)4种同工酶的组织表达模式，并初步分析了其生化遗传学特性及遗传结构。结果表明：罗氏沼虾为二倍体，2N=118=56M+24SM+10ST+28T,臂数(NF)为198。未发现带有随体或次缢痕的染色体及性染色体。4种酶共记录出22个等位基因15个基因位点，位点平均有效等位基因数(Ne)为1.47;4种酶有7个基因频率为0.1500～0.8500的多态位点；多态位点比例P为46.7%;平均期望杂合度(He)值为0.191 7,平均观测杂合度(Ho)值为0.261 1,Hardy-Weinberg遗传偏离指数(D)值为0.379 7,表明其杂合子过剩及缺失现象并存，但杂合子过剩现象更突出，说明该群体遗传变异范围较宽，变异程度较大，群体遗传多样性高，可为今后的人工育种提供良好的亲本。
关键词：
罗氏沼虾 染色体 核型 同工酶 遗传结构
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