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[期刊] 西南农业学报
[作者]
王家丰 齐海刚 李莉 张国范
长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组具有高度的多态性。因此,导致传统的高分辨率熔解曲线(HRM)方法在长牡蛎基因组SNP分型验证中表现出很低的效率,并且传统HRM方法花费比较高。本文提出一种经过改良的适合高度多态性基因组SNP验证的HRM方法。这种two-step HRM方法在传统的HRM方法基础上进行了许多改进;利用这种改进的方法,使用一对引物即可准确完成一个特定SNP位点基因型的确定和区分,并且相应的花费较传统方法大大降低。本实验中共使用56组引物对长牡蛎SNP进行验证,有8组引物因为特异性较差在引物筛选中被排除。最终有30组引物成功验证SNP,成功率约为62.5%。超过63...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵均良 张少红 刘斌
【目的】验证高分辨熔解曲线(high-resolution melting curve analysis,HRM)技术在水稻分子标记分析中应用的可行性和可靠性,应用该技术对水稻重组自交系(RIL)群体及其亲本进行SSR、InDel和SNP标记基因型分析。【方法】以粳稻品种丽江新团黑谷(LTH)和籼稻品种三黄占2号(SHZ-2)及其衍生的RIL群体为材料,以纯合亲本LTH作为参比基因型,利用HRM技术分析一个G/A转换的SNP标记以及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)难以分辨的一个SSR标记和一个InDel标记的基因型。【结果】通过加入适量的参比DNA,HRM能够分辨2个纯合亲本及其衍生的纯合...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
廖晓兰 朱水芳 罗宽
基因突变和单核苷酸多态性分析是确定生物性状与某种遗传变异的关系、探讨生物物种内基因的差异、了解生物种间亲缘和进化的关键技术 ,对生物群体遗传学、生物分类学研究都有着重要的理论意义和实用价值 .对近2 0年来基因突变和单核苷酸多态性检测技术及应用的研究进展进行了全面概述 ,特别对 2 0世纪 90年代发展起来的几种最新技术进行了详细介绍 ,并展望了这些技术在农业上的应用前景 .
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
曹志 曾盖 盛浩闻 肖应辉
介绍了一种适合PCR的水稻基因组DNA的简易制备方法。将少量(1~20 mg)水稻叶片置于1.5 mL离心管中,用转速为3 500~4 000 r/min的电钻快速(约10 s)研磨后,加提取液50~100μL,经100℃水浴10~15 min,短暂离心后即可直接取上清液作DNA模板进行PCR分析。该方法具有水浴时间短、可不加液氮研磨、对植株生育期要求不严、成本低、操作简便等优点,每人每天可完成400份以上DNA样品的简易制备,适合幼苗期大规模DNA分子标记辅助选择的PCR检测。
关键词：
水稻 DNA制备方法 PCR
[期刊] 水产学报
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 高焕 阎斌伦
为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
罗扬帆 冯仲科 张雁
高分辨率遥感影像是城市绿地信息快速提取的主要数据源,利用传统方法处理该数据的工作量十分巨大.该文提出利用AutoCAD和ERDAS两种软件相结合的方法,提取包头市城市绿地覆盖信息,达到清查城市绿地的目的.该方法信息获取周期短、精度高、成本低,实现了城市绿地信息精确获取与快速更新.
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
余国斌 陈爱斌 孙华 莫登奎
Mean Shift算法原理简单,计算速度快,但现有的32位Mean Shift遥感影像处理软件对大数据量的承受能力较差,无法实现对高分辨率影像的处理。针对这个问题,实现了在64位系统环境下编写64位基于MeanShift算法的高分辨率影像分割程序,并且为了获取更高精度的分割影像对象,提出在进行Mean Shift遥感影像分割之前进行一次或多次Mean Shift滤波平滑处理,并展开实验,结果表明相同尺度、相同条件下可有效减少过分分割现象。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王妮 彭世揆 李明诗
遥感图像尤其是高分辨率(1~4 m)遥感图像在树种分类方面有着广阔的应用前景。利用主成分分析法对遥感数据去相关分析,然后通过对纹理提取过程的分析,探讨不同移动窗口大小对纹理特征的影响,以期为中山陵园风景区的森林调查提供依据,分类方法为经典的最大似然分类器。根据不同移动窗口大小的纹理因子相关性和对保持纹理信息丰富度的影响,来选择合适的窗口大小及纹理因子组合,以对树种分类精度的提高程度为评价标准。研究结果表明,利用窗口大小为19×19下的纹理信息可有效提高分类精度,总精度达到66%,Kappa系数达到0.59,比单纯的光谱信息最大似然法图像分类精度高,其中均值与均匀性、对比度、偏斜度纹理因子组合为...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
邢元军 刘晓农 宋亚斌 彭检贵
ＧＦ－１，ＺＹ－３和ＺＹ１ ０２Ｃ三种国产卫星数据为研究对象，在分析单波段信息熵的基础上，运用联合熵，最佳指数和相关系数矩阵确定３种影像数据的最佳波段组合，选择具代表性的ＰＣ、ＢｒｏｖｅＹ、ＧＳ、ＩＨＳ和ＭＴ变换融合等五种基于像素的融合方法对影像进行融合，分析融合前后影像联合熵以及融合后各影像波段的梯度变化。研究结果表明：（１）ＧＦ－１的最佳组合为Ｂａｎｄ１、Ｂａｎｄ３及Ｂａｎｄ４，ＺＹ－３的最佳组合为Ｂａｎｄ２、Ｂａｎｄ３及Ｂａｎｄ４，ＺＹ－１ ０２Ｃ数据的最佳波段组合为Ｂａｎｄ１、Ｂａｎｄ２及Ｂａｎｄ３；（２）融合后影像中ＢｒｏｖｅＹ变换融合的联合熵小于融合前，其余４种融合方法联合熵均大于．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
张跃环 王昭萍 闫喜武 姚托 虞志飞 霍忠明 于瑞海 李晓喻 李雅林 郭希明
为了评估太平洋牡蛎与近江牡蛎能否产生远缘杂种优势,于2010年5月,以成熟的两种牡蛎亲本为材料开展了2×2远缘杂交研究,由长牡蛎自繁组GG(Crassostrea gigas♀×C.gigas♂)、近江牡蛎自繁组AA(C.ariakensis♀×C.ariakensis♂)、正交组GA(Crassostreagigas♀×C.ariakensis♂)、反交组AG(C.ariakensis♀×C.gigas♂)4个实验组组成。分析了子代早期表型性状和杂种优势,并对杂交子代进行了遗传鉴定。结果表明:GA杂交组与AG组的受精强度具有不对称性。幼虫浮游期间,表型性状的中亲杂种优势几乎为0,GA组生长与...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈吉宝 景蕊莲 员海燕 卫波 昌小平
TaDREB1是一种转录因子,调控抗旱等抗逆相关基因的表达。以抗旱性不同的20份六倍体小麦和3份小麦的二倍体近缘种为材料,用直接测序法筛查TaDREB1基因DNA序列的单核苷酸多态性,在23份材料的38038bp序列中发现了271个SNP和14个InDel,平均140bp中有1个SNP,2717bp中有1个InDel。核苷酸多样性(Л)分析表明,小麦二倍体近缘种的Л值(0.02188)明显大于六倍体小麦的Л值(0.01029),说明该基因在二倍体种中的变异程度大于六倍体小麦,可能原因是六倍体小麦长期承受强大的人工选择压力。单倍型分析揭示了TaDREB1基因单核苷酸多态性与抗旱性表型的相关性,但...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
何桂娟 罗婷颖 黄守婷 王景伟 林秋娟 肖天放
利用PCR-SSCP技术,分析莆田黑猪心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性.结果表明:在H-FABP基因5'-调控区检测到两个多态性位点(G7T和C11A),由两个等位基因控制,定义为A和B,基因频率分别为0.740和0.260;在外显子2处存在3个多态性位点(A2C、T62C和T65C),由两个等位基因控制,定义为C和D,基因频率分别为0.164和0.836.群体遗传分析表明,H-FABP基因5'-调控区属中度多态(0.25
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱彩梅 张京
【目的】大麦Wx是控制直连淀粉合成相关的糯性基因,研究大麦糯性相关基因Wx单核苷酸多态性,并分析其与籽粒直链淀粉含量的关系。【方法】以2个国外糯大麦品种为对照,对30份高、中、低直链淀粉含量的中国大麦进行Wx的克隆和测序,分析Wx的单核苷酸多态性(SNP)及其与籽粒直链淀粉含量之间的关系。【结果】在对32个大麦品种的核苷酸序列多态性鉴定中,共检测到了169个多态性位点,平均每26bp检测到一个多态性位点。在所有检测到的多态性位点中,包括143个SNP和26个InDel,二者的频率分别为1/310和1/169。Wx的内含子1、3、5、8区,外显子2、5和5′-UTR及3′-UTR区域为变异富集区...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘声传 鄢东海 周雪 莫雪 胡依然 魏杰 周富裕 周玉锋
为了发掘利用茶树茶树富硒关键酶硒代半胱氨酸甲基转移酶（ＳｅｌｅｎｏｃｙＳｔｅｉｎｅ ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎＳｆｅｒａＳｅ，Ｓｍｔ）基因ｃＳＳｍｔ，通过ｒａｃｅ克隆该基因的ｃＤｎａ全长，并通过水培试验，分析该基因在井４３幼苗根叶的表达特征。结果表明：通过该基因ｃＤｎａ的全长克隆，获得５个茶树品种ｃＳＳｍｔ的开放阅读框（ｏｒｆ）全长；对茶树５个品种的ｏｒｆ核苷酸多态性鉴定共检测到１９个多态性位点，包括１７个ＳｎＰＳ和２个ｉｎＤｅｌＳ，平均每５５ ｂＰ检测到１个多态性位点，这些多态位点引起９个氨基酸位点变化；５个茶树品种Ｓｍｔ的氨基酸序列一致性为９９．１５％，出现一定的遗传分化。ｎａ＿２Ｓｅｏ＿３水培．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
周倩 李兰芝 朱宏建 高必达
改进DNA提取方法,利用含2%CTAB、1%SDS、2%PVP、100mmol/LTris-Cl(pH8.0)、20mmol/LEDTA(pH8.0)和1.4mol/LNaCl的DNA提取缓冲液,提取了不同种属12种植物的DNA,并对其进行了PCR检测.结果显示,所提取的DNA符合PCR试验要求,用真核生物ITS4/ITS5通用引物均能扩增出清晰的条带.该方法无需酚仿抽提,简单、高效、环保,特别适合大规模植物DNA的提取.
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