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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈义明 贺细平 乔波
针对在每个标签类上直接学习分类模型计算代价高和树层次中低层结点训练数据扭曲的问题,提出了一种基于树层次的蛋白质功能预测算法:核依赖估计–压缩排序选择算法(KDE–CSSA)。该算法先将标签向量投影到标签核的主成分上,仅仅学习少量的回归模型,然后将预测的数值向量投影回原来标签向量空间,利用压缩排序和选择算法获取满足树属性的0,1标签向量。在12个基因组数据集上使用精确率和召回率作为评测标准的实验结果表明,KDE–CSSA算法性能优于目前优秀的CLUS–HMC算法。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
杨莉萍 路松峰 黄钰
为了解决目前的关键蛋白质预测方法对生物功能的分析不够深入的情况，利用蛋白质复合物信息，提出１种基于随机游走模型，结合蛋白质相互作用网络中的边聚集系数等数据来预测关键蛋白质的ＲＷＰ（Ｒａｎｄｏｍ Ｗａｌｋ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏＲ ＰＲｅｄｉｃｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ＰＲｏｔｅｉｎｓ）算法。在酿酒酵母（ｓａｃｃｈａＲｏｍｙｃｅｓ ｃｅＲｅｖｉｓｉａｅ）蛋白质相互作用网络上，以敏感度、特异性、阳性预测值、阴性预测值、准确率等５个统计学指标为评价标准，将ＲＷＰ与介数中心性、度中心性、信息中心性、ｃｓｃ算法及ｌｉｄｃ算法等５种用于预测关键蛋白质的方法进行对比实验。结果表明：ＲＷＰ在关键蛋白质识别率等．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
舒灿伟 陈健仪 赵美 王陈骄子 周而勋
为开展水稻纹枯病菌蛋白质组学的研究,采用TCA-丙酮法、SDS法和TCA-丙酮-酚/SDS联合抽提法对水稻纹枯病菌蛋白质提取质量进行比较,并建立了双向电泳体系。对电泳后的图谱用Quantity One软件进行分析,结果发现:TCA-丙酮法、SDS法和TCA-丙酮-酚/SDS联合抽提法所获得的蛋白质双向电泳图谱中,分别记录得到557、309和877个蛋白质点。SDS法提取的蛋白质样品杂质较多,存在盐离子和小分子物质干扰,得到的蛋白点较少;TCA-丙酮法提取的蛋白质样品呈黄色,有色素残留;而在TCA-丙酮法的
[期刊] 林业科学研究
[作者]
占志勇 陈益存 韩小娇 崔琴琴 汪阳东
为奠定油桐蛋白质组学研究的基础,针对影响油桐种仁蛋白质分离效果的几个重要因素进行单因素优化实验,建立了油桐种仁蛋白质组分离效果良好的双向电泳技术平台。实验结果显示:采用TCA-丙酮结合酚抽法提取的油桐种仁蛋白质,经裂解液(7 mol.L-1尿素,2 mol.L-1硫脲,4%CHAPS,65 mmol.L-1DTT,2%IPG buffer)裂解之后,上样700μg聚焦70 000 Vh,经过SDS-PAGE电泳(分离胶浓度15%,恒功率5 W,电泳时间8 h)后有良好的分离效果,能满足开展后续蛋白质组学研究的实验要求。
关键词：
油桐 双向电泳 蛋白质组学
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李振海 徐新刚 金秀良 张竞成 宋晓宇 宋森楠 杨贵军 王纪华
【目的】及时、有效地预测籽粒蛋白质含量,能够为优质小麦品种的收购和加工提供科学合理的决策支持信息。本研究从籽粒蛋白质形成的氮素运转规律出发,研究冬小麦籽粒蛋白质遥感预测的可行性及在区域与年际间的扩展性,为高分辨率遥感卫星进行大面积蛋白质预测提供理论依据。【方法】利用2012—2013年4个冬小麦品种×4个氮肥梯度的试验数据和地面高光谱数据进行建模;基于小麦籽粒蛋白质形成的氮素运转机理,通过分析籽粒氮素累积量的两个主要来源及其之间的比例关系,重点抓住开花前的植株氮素累积量再运转这一主要来源,而灌浆期根际的氮素直接吸收则通过其与前者的比例关系来确定,通过相关农学参数模型的耦合,同时加入温度影响因子...
[期刊] 实验技术与管理
[作者]
梁冰 张益嘉 吕嘉庆
算法基础作为一门实践性很强的计算机专业核心课程,重点培养学生的算法设计与实现能力。该文提出将前沿研究热点融入学生实验项目,设计了最小生成树算法应用于蛋白质复合物识别实验。该项实验有助于调动学生编写程序的积极性,培养学生算法设计能力,使学生了解前沿研究热点,扩展知识面。
关键词：
算法基础 算法设计 编程能力 实验设计
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
朱均燕 温永仙
在传统的模拟退火算法基础上,对于产生新解边界值的处理给出一种新方法,并将它应用到二维Toy模型.对4条Fibonacci序列进行了结构预测,结果表明该算法可行有效.
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
于波 辛毅 赵春江 吴常信 邓学梅
为深入了解黑腹果蝇CG42741基因的表达及其编码蛋白质的结构,利用半定量和生物信息学的方法对其进行了详细的研究。RT-PCR结果显示黒腹果蝇CG42741基因在胚胎期、幼虫期和蛹期均有表达,但表达量比较低,只是在蛹期表达量相对升高。此外,通过生物信息学的方法对果蝇中CG42741基因所编码的蛋白质进行了结构与功能的预测。结果显示,CG42741蛋白定位于细胞核内,其羧基末端含有3个串联的C2H2类型的锌指结构;它属于KLF家族蛋白,是一个转录调控因子,能够与富含GC的基因组序列特异结合,其功能可能与细胞的生长、增殖有关。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
闫庆华 陈绮
为了建立蛋白质一级结构与三维结构间的关联规则,以蛋白质数据库PDB为数据源,采用K均值聚类方法对蛋白质二级结构中α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲的疏水值、偶极矩、解离常数3种属性值序列进行分析。结果表明:80%的螺旋和85%的beta折叠都表现出了自身应有的规律,说明聚类分析方法在蛋白质三级结构预测研究中的合理性和有效性。
关键词：
蛋白质结构预测 K均值聚类 关联规则
[期刊] 草业科学
[作者]
任荣荣 王俊苏
桑树(Morus alba)是世界历史悠久的木本饲草作物，营养价值丰富，生长速度快，适应环境的能力强，具有饲用、食用与生态等兼用价值。桑树叶片的粗蛋白含量可达20%以上，不低于苜蓿(Medicago sativa)、白三叶(Trifolium repens)、多年生黑麦草(Perennial ryegrass)等优质牧草；粗蛋白年产量可达5.04 t·hm~(-2)，粗纤维含量是苜蓿草粉的43%，粗蛋白和干物质的有效降解率均在70%左右；氨基酸种类达18种，与大豆(Glycine max)氨基酸种类及含量接近。本文对桑树产品的饲用价值、营养功能因子、产品加工方式及产业发展前景进行梳理总结，以说明桑树作为草食动物的优质饲料，以丰富、全面的营养成分和独特的功能因子，既可提高家畜的生产力水平，又可增加农业系统的作物多样性、推动草畜耦合、提高草地农业的生产力和稳定性，具有较大的开发潜力和利用价值。
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
于彬 郭彦青 彭方仁
为了探索营养储藏蛋白质在杨树体内的积累机制和生理功能,采用凝胶电泳SDS-PAGE,对1年生797杨Populus deltoids×P.euramericana越冬期间皮层和根部中的蛋白质质量分数及营养储藏蛋白质组分进行了测定分析。结果表明,这些部位中的蛋白质在越冬期间质量分数逐渐增加;皮层是杨树越冬期间储藏蛋白质的主要场所。越冬期间储藏蛋白质组分变化最明显的是36,32,22,15 kD等蛋白;落叶时蛋白谱带最清晰,36和32 kD蛋白质是杨树营养储藏蛋白质的主要类型。图3参11
关键词：
植物学 杨树 营养储藏蛋白质 氮素利用
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王改萍 徐涛 樊莉丽 彭方仁 吕昕 陈琳月
为了进一步研究楸树Ｃａｔａｌｐａ ｂｕｎｇｅｉ自交不亲和特性，以楸树不同产地植株云台山楸树（Ｃｂ～（－１）），老山楸树（Ｃｂ－２）和滇楸Ｃａｔａｌｐａ ｆａｒｇｅｓｉ ｆ．ｄｕＣｌｏｕｘｉｉ（Ｃｆ）的花粉为对象，利用普通研磨法及超声波破碎法，研究了适合于花粉壁蛋白质提取的方法。同时采用考马斯亮蓝染色法及聚丙烯酰胺凝胶电泳（ｓｄｓ－ｐａｇｅ）比较了不同树种花粉蛋白质质量分数及其主要蛋白质组分。结果表明：超声波破碎法适于花粉壁蛋白质的提取，最佳超声参数为功率４００ Ｗ，超声时间３ ｓ·次～（－１），间歇时间６ ｓ·次～（－１），３个回合，工作１２０次，相隔５ ｍｉｎ·回合～（－１）。蛋白质提取液三．．．
[期刊] 中国科学技术大学学报
[作者]
江海洋 王莉
根据序列数据预测下次事件类型和时间是一个值得研究的课题.目前点过程强度函数算法仅从时间维度考虑背景知识和历史影响两个方面,没有从空间维度加入社交关系的影响.针对该问题,提出基于时空深度网络的社交化点过程的序列预测算法(SPSP算法).该模型首先运用双LSTM(long short-term memory)分别建模强度函数的背景知识和历史影响;然后经过联合层将双LSTM输出合并,生成事件类型和时间向量表征;最后在空间维度上加入社交关系网络影响,优化强度函数.通过深度时空社交网络的多次训练,得到最优网络模型.在新浪微博数据集上的实验验证算法的有效性,证明社交化点过程序列预测算法可高效准确预测出事件类型与时间.
[期刊] 统计与决策
[作者]
樊红东 胡昌华 丁力
本文讨论了在动态指数分布模型的情形下,利用随机模拟方法对自然参数ωt和θt之间的非线性关系进行了处理,并对模型参数的修正递推以及未来观测值的预测进行了推导。根据随机模拟方法的相关理论,这种方法比数值分析方法有着更好的预测精度。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐寿军 杨恒山 范富 王云 许如根 庄恒扬
【目的】构建大麦蛋白质含量预测模型,为建立大麦生产管理决策支持系统奠定基础。【方法】通过定量分析不同品种和氮肥处理大麦氮素吸收、积累、分配和转移的变化过程,建立了大麦花前氮素积累及分配和花后氮素吸收转移动态模型。模型利用抽穗期植株临界含氮量来表达氮素最大积累量,引入叶片潜在分配指数和茎鞘潜在分配指数2个品种遗传参数来区别不同品种在器官间的氮素分配差异,采用Richards方程来描述大麦花前氮素积累动态变化;采用指数函数方程来描述叶片氮的转移量随叶面积指数的动态变化以及籽粒从土壤中吸收的氮量随干物重的动态变化;采用非线性函数方程描述茎鞘和穗部的氮浓度随生理发育时间的动态变化。利用独立的观测资料对...
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大麦 氮积累 蛋白质 模拟
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