为研究耐黏菌素大肠杆菌的噬菌体治疗方法，本研究以耐黏菌素大肠杆菌为宿主菌，采用双层琼脂平板法从山东烟台某养鸡场污水样中分离纯化得到裂解性噬菌体SDYTW1-F1-2-2。通过透射电镜观察，最佳感染复数，一步生长曲线，温度稳定性，酸碱度稳定性等生物学特性测定，并对其进行全基因组测序分析。结果表明：1）噬菌体SDYTW1-F1-2-2噬菌斑呈现透亮，外周无晕圈，形态学观察显示其具有可伸缩性尾鞘。2）生物学特性分析表明，噬菌体最佳感染复数为0.1，潜伏期为50 min，爆发期为40 min，爆发量为（331±9）PFU/cell。在温度4～40℃，pH为4～12的环境下，噬菌体活性较为稳定。3）通过噬菌体全基因组测序及核酸类型鉴定显示，该噬菌体基因组全长为74 752 bp，双链DNA,GC含量42.1%。在噬菌体基因组中共鉴定出121个编码蛋白（CDS），包括结构组成、DNA代谢与复制和包装以及细菌裂解相关的功能基因，发现一个tRNA基因，且未检测到如stx-1等致病性基因和mcr-1等耐药基因相关的基因。综上，噬菌体SDYTW1-F1-2-2裂解谱较宽，具有良好的酸碱性、热稳定性以及安全性。本研究为后续开展针对耐黏菌素大肠杆菌的噬菌体治疗研究提供依据。

【目的】分离并纯化出一株裂解性青枯雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)噬菌体,并测定其各项生物学特性,为开发新的抗烟草青枯病制剂提供依据。【方法】取烟草青枯病重病田中健康烟株的根际土壤制成土壤悬浮液,并通过在青枯雷尔氏菌菌液中加入过滤后的土壤悬浮液富集噬菌体,用双层平板法验证噬菌体的存在后挑取单个最大噬菌斑进行反复纯化,直到得到单一清晰的噬菌斑。纯化后的单个噬菌斑加入对数早期的青枯雷尔氏菌菌液中进行增殖培养,将增殖液按常规方法进行噬菌体颗粒浓缩后,取20μL浓缩液用磷钨酸染色并通过电子显微镜观察噬菌体的形态特征;同时将浓缩液进行SDS-PAGE电泳,观察蛋白条带大小和数量;...

【背景】解淀粉欧文氏菌（Erwinia amylovora）是仁果类果树火疫病的病原体，对全球苹果和梨的生产构成严重威胁。随着抗生素耐药菌株的出现，火疫病的防治面临巨大的挑战。【目的】分离一种新的裂解解淀粉欧文氏菌的噬菌体，并分析该噬菌体裂解相关基因的功能，为火疫病的防治提供新的选择。【方法】以解淀粉欧文氏菌Ea102为宿主菌，采用双层平板法从流行火疫病的果园土壤中分离噬菌体。通过噬菌斑和透射电镜观察其形态。用PacBio测序技术测定噬菌体基因组，SPAdes组装序列，RAST注释基因组。通过大肠杆菌原核表达系统分析噬菌体Kuerle的裂解机制。【结果】分离纯化出一株裂解解淀粉欧文氏菌的噬菌体，命名为Kuerle。Kuerle由二十面体衣壳的头部和短尾组成，潜伏期约为50 min，裂解量约为240 pfu/cell。噬菌体基因组全长75 599 bp,GC含量48.0%，末端有393 bp的重复序列，未发现与溶原调控相关的基因。共预测到85个开放阅读框（open reading frame,ORF），其中33个已知功能蛋白中包含一个由3 550 aa组成的巨大病毒颗粒相关的RNA聚合酶（virion-associated RNA polymerase,vRNAP），该vRNAP是Schitoviridae科噬菌体的主要特征之一。病毒粒子和基因结构表明噬菌体Kuerle属于有尾噬菌体类的Schitoviridae科病毒。聚集在DNA晚期表达区的3个裂解相关基因holin、endolysin和spanin组成了“裂解盒”。在大肠杆菌中Kuerle-holin的表达会抑制细胞的生长，而Kuerle-endolysin的表达可裂解细胞。二者共表达时Kuerle-holin会加速Kuerle-endolysin引起的细胞裂解。用叠氮化钠抑制细菌的一般分泌系统（Sec）或Kuerle-endolysin N端信号序列的缺失均会导致endolysin裂解功能丧失。上述结果表明噬菌体Kuerle具有pinholin-SAR endolysin裂解系统。Kuerle-holin(pinholin)使细胞质膜去极化以激活分泌的Kuerle-endolysin(SAR endolysin)降解肽聚糖层。【结论】Kuerle是一株烈性噬菌体并且Kuerle-endolysin抑菌效果显著，为后续火疫病生防试剂的制备提供了理论依据和研究材料。

分离鉴定裂解性产肠毒素性大肠杆菌(ETEC)K88噬菌体,并研究其生物学特性及裂菌效力。用双层平板法从猪场污水中分离噬菌体,通过透射电镜和酶切基因组对获得的噬菌体进行鉴定;同时测定了噬菌体最佳感染复数、一步生长曲线、酸碱稳定性、热稳定性等噬菌体的生物学特性及其体外裂菌效力。结果表明分离获得了一株产肠毒素性大肠杆菌K88强裂解性噬菌体,命名为PK88-4;其噬菌斑清晰透亮,周围无晕环;电镜显示:其头部呈正多面体对称,有可伸缩性尾部;核酸类型为双链DNA(基因组大小约60 kb);该噬菌体能耐受60℃左右高温、在pH值为5～10内效价稳定;最佳感染复数为0.01;潜伏期为10 min,暴发期为40...

为开发噬菌体裂解酶作为一种新型的抗菌剂,用于沙门菌的防控,采用生物信息学及异源表达蛋白的方法,获得鼠伤寒沙门菌噬菌体T139的裂解酶,并验证裂解酶对鼠伤寒沙门菌的裂解活性。通过对鼠伤寒沙门菌噬菌体T139基因组进行分析,发现该基因组全长38 854 bp,平均GC含量为49.10%,不包含tRNA基因。进化树分析表明噬菌体T139属于T7噬菌体属,共预测出43个ORFs,有23个被赋予已知功能。多序列比对及保守结构域分析表明,orf 40基因编码的蛋白(LysT40)包含126个氨基酸残基,具有内肽酶保守结构域,为可能的噬菌体裂解酶。LysT40二级结构中存在大量的螺旋结构(70.63%),使得该蛋白能够保持结构稳定。将orf 40进行异源表达、纯化,经过SDS-PAGE和Western blot分析,在10～15 ku处获得单一目标蛋白条带,纯化的蛋白质量浓度为280μg/mL。LysT40在30 min内对氯仿或EDTA预处理的鼠伤寒沙门菌具有较好的裂解活性,吸光值OD_(600)相比于对照组分别下降0.18和0.31。

为了获得高酶活力的苎麻脱胶果胶裂解酶，为后续分子改造和新型苎麻生物脱胶酶制剂复配提供理论依据。将果胶裂解酶基因pel419从重组质粒pEASY-Blunt E1-pel419更换至pET28a载体中，转化大肠杆菌BL21(DE3)诱导表达；用SDS-PAGE和Western Blot检验pel419基因的表达效果；用生物信息学软件分析Pel419理化表征和系统发育，预测其二级结构、高级结构及关键氨基酸位点。结果表明，工程菌pET28a-pel419/BL21的果胶裂解酶活力为434.4 U/mL,较pEASY-Blunt E1-pel419/BL21提高了1.7倍；Pel419含375个氨基酸，N末端前22个氨基酸为信号肽，理论pI值为6.59,有4个半胱氨酸，不稳定系数为18.20;其蛋白结构域含有典型的右手β-螺旋结构，属于Pec lyase C家族；Pel419的Ca~(2+)结合位点为ASP151、ASP153和ASP192,定位发现3个保守位点均暴露在三维空间的表面，并处于底物结合空间口袋。大幅度提高了Pel419表达量，并获得了Pel419关键结构信息。

为了获得广谱噬菌体裂解酶,根据裂解酶结构及种属特异性,将金黄色葡萄球菌噬菌体裂解酶Ply187CHAP及酶K的SH3b重新合成,并同时将末端引入单核细胞增生性李斯特菌噬菌体裂解酶LysZ5结合结构域,构建具有能够裂解金黄色葡萄球菌及李斯特菌的多功能裂解酶。SDS-PAGE结果表明,融合结构域的重构酶蛋白Ply187KS-Z5大小约为58 kDa,其在金黄色葡萄球菌及李斯特菌平板表面能够形成透明裂解圈。分析对金黄色葡萄球菌及李斯特菌在生肉表面的裂解活性表明,嵌合酶蛋白Ply187-KS能够有效裂解金黄色葡萄

为探究单核细胞增生李斯特菌噬菌体裂解酶的特性及在食品基质中的初步应用，从NCBI获取李斯特菌噬菌体裂解酶lys039基因序列，分析其生物信息学，并在大肠杆菌中表达纯化，研究其裂解活性、对生物被膜的影响以及在牛奶基质中的应用。结果表明：1）裂解酶Lys039由341个氨基酸组成，分子质量为36.4 ku，等电点为9.81，其结构具有酰胺酶活性，对本实验室22株单核细胞增生李斯特菌、2株无害李斯特菌、1株伊氏李斯特菌以及1株威氏李斯特菌具有裂解活性，但是对葡萄球菌、枯草芽孢杆菌以及沙门菌没有显示出裂解活性。2）随着Lys039浓度的升高，裂解活性逐渐增强，最适温度为30℃，最适pH值为6.0。3)Lys039能显著清除单核细胞增生李斯特菌形成的生物被膜，并且可以降低牛奶中单核细胞增生李斯特菌的细菌数量。综上，Lys039温度耐受范围广、耐酸耐碱且裂解谱较宽，可显著清除生物被膜以及初步应用效果良好。本研究为进一步防治及快速检测单核细胞增生李斯特菌提供理论基础。

从西藏地区腹泻死亡牦牛中分离出一株肠毒素型大肠杆菌。该菌在形态特征、培养特性和生化特性方面与大肠杆菌基本一致。血清学试验表明 ,该菌的O抗原属O148,K88、K99、987P单因子血清均不能凝集本菌。在MSHA反应中 ,本菌能凝集绵羊、豚鼠、马、鸡的红细胞 ,而K88、K99、987P抗血清均不能抑制其对绵羊、豚鼠、马、鸡红细胞的凝集。腹腔接种对小白鼠具有高致病性。乳鼠胃内投服试验和兔回肠结扎试验证明 ,该菌能产生热稳定肠毒素和热敏性肠毒素。总之 ,该菌是一株不表达K88、K99、987P的、能产生ST和LT的肠毒素型大肠杆菌。

本实验分离大熊猫粪便样品中大肠杆菌,利用形态学和分子生物学方法鉴定菌株,采用药敏纸片扩散法(Kirby-Bauer)进行常用抗生素耐药性试验分析。结果表明,从抗生素大类来比较,耐药率依次为:四环素类(55.6%)>青霉素类(26.7%)>磺胺类(18.9%)>喹诺酮类(10%)>头孢类(7.8%)>氨基糖苷类(1.1%)>单环内酰胺类(0)、碳青霉烯类(0)。大肠杆菌对四环素的耐药率最高,达到55.6%;对头孢曲松、头孢他啶、氨曲南、亚胺配能及美罗配能等敏感,耐药率为0。其它抗菌药物耐药率依次是:阿莫西林(26.7%)>磺胺复合物(18.9%)>氨苄西林/舒巴坦(17.8%)>复方新诺明(11...

为研制可降解污染物的高效微生物制剂，本研究从污水中分离到多株可高效降解化学耗氧量（COD）的菌株。通过16S rDNA测序及生理生化分析，鉴定出其中一株为枯草芽孢杆菌，命名为Bacillus subtilis H2。对其进行进化树构建，发现该菌株与B. subtilis strain SCUT09的同源性高达98.8%。细菌最适生长条件探究发现，该菌株的最适生长条件：温度为42℃、pH值为6.5、盐度为1。耐受性实验发现，该菌具有较强的盐度代谢能力和温度及酸碱度胁迫耐受性，可以适应不同的温度和盐度环境。为了探究该菌在水产养殖中的作用，将该菌株进行灌胃草鱼处理后，再利用嗜水气单胞菌攻毒，H.E染色观察草鱼的肠道组织变化。结果显示，灌胃枯草芽孢杆菌处理后，草鱼肠道的完整性得到显著的保护作用。为了进一步探究该菌株的作用机理，本研究测定了B. subtilis H2的全基因组，结果显示，基因组全长为4 111 243 bp，GC含量为43.46%，编码4 213个基因，其中包含31个核糖体rRNA和87个tRNA基因，编码序列占整个基因组序列的87.67%。比较基因组学分析显示该菌株和B. subtilis 168全基因组共有基因有3 551个。研究表明，本研究分离出的芽孢杆菌在污水处理和水产养殖上具有重要的应用意义。

[目的]本文旨在分离一株针对耐多药肠炎沙门菌且宿主谱广泛的烈性噬菌体，并研究其生物学特性。[方法]从山东烟台某鸭场采集58份粪便样品，以鸭源肠炎沙门菌sdc-11为宿主分离噬菌体，并对噬菌体分离株进行形态学观察、温度和pH稳定性、最佳感染复数（MOI）、一步生长曲线测定等生物学特性分析，测试其对73株不同血清型沙门菌的裂解谱，以及对sdc-11生物被膜形成的抑制和对成熟生物被膜的清除作用，最后进行基因组测序分析。[结果] 分离获得1株长尾噬菌体，命名为Salmonella phage YT 90。该噬菌体在30～60℃和pH 4～10的范围内，均表现出较好的增殖能力，最佳感染比是10~(-8)，潜伏期10 min，裂解期80 min，裂解量为278；可裂解76.7%（14/21）肠炎沙门菌、66.67%（28/42）鼠伤寒沙门菌和75%（3/4）鸡白痢沙门菌；在96孔细胞板上，YT90具有抑制sdc-11生物被膜形成的潜力，并能有效清除成熟生物被膜；全基因组测序发现，YT90的基因组全长121 240 bp，不含已知的毒力因子和耐药相关基因，不编码整合酶；基于末端酶大亚基构建的进化树表明，YT90与沙门菌噬菌体GRNsp50关系最近，属于根西病毒亚科（Guernseyvirinae）新泽西病毒属（Jerseyvirus）。[结论]从鸭场粪便样品中分离获得1株烈性噬菌体YT90，可裂解多种血清型沙门菌，耐受性强、潜伏期短、裂解量大，在防治沙门菌感染方面有较好的临床应用潜力。

【背景】黏菌素是人医临床治疗多重耐药革兰阴性菌感染的“最后一道防线”药物，其同时作为饲料添加剂及治疗用药长期用于畜禽养殖业。2015年，我国研究人员首次报道了质粒介导的黏菌素耐药基因mcr-1，预示该道防线面临被攻破的风险。然而，杀菌浓度及亚抑菌浓度的黏菌素对mcr-1阳性质粒传播的影响仍未知。【目的】以流行最广的mcr-1阳性IncI2型质粒为研究对象，探究不同浓度黏菌素对该质粒接合转移频率的影响，为黏菌素的科学使用提供理论依据。【方法】使用肉汤法进行了不同浓度黏菌素（0.02 4μg·mL~(-1)）作用下携带mcr-1的IncI2型质粒的接合转移试验。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR）及构建的公式计算不同时间点（1 24 h）的接合转移频率，并分析不同浓度黏菌素对IncI2质粒接合转移频率的影响。使用PI染料、活性氧（ROS）检测试剂盒测定不同浓度黏菌素下供体菌和受体菌的细胞膜透过性和ROS产生量。选取了对照组与低中高浓度3个处理组（0.02、1、4μg·mL~(-1)）进行了转录组测序，使用Deseq2软件进行基因差异表达分析。采用Prism v8.2.0软件对不同组间接合转移频率、细胞膜透过性及ROS产生量的差异进行统计学分析。【结果】结合本研究建立的接合转移频率计算公式表明黏菌素浓度为4μg·mL~(-1)时可在不同时间点提高mcr-1阳性IncI2质粒3–10倍的接合转移频率，而其他浓度则无显著差异。转录组结果显示，与对照组相比，低中高浓度黏菌素均可显著提高IncI2质粒上IV型分泌系统相关基因的表达，其中包括virB1、virB2、virB5以及traC。此外，黏菌素增加了I型菌毛合成基因fim的转录水平。PI染色结果显示当黏菌素浓度为2和4μg·mL~(-1)时，可增强供体菌和受体菌的细胞膜透过性，且转录组结果也显示膜相关基因（ompAX、bamDE、lolB、yiaD、csgEF）的转录水平均出现显著上调。但是黏菌素作用后ROS产生量及相关基因的转录水平无显著提高。【结论】揭示了黏菌素可通过增加细菌IV型分泌系统活性、细胞膜透过性和菌毛的生成从而提高mcr-1阳性IncI2质粒在大肠杆菌间的接合转移频率。研究结果提示，杀菌浓度无法完全杀死mcr-1阳性大肠杆菌的同时，还能增加质粒传播速度。因此，畜禽养殖业中黏菌素的治疗使用可能维持mcr-1阳性质粒的存在及传播，此外鉴于黏菌素已批准用于人医临床，该现象有可能引起临床黏菌素治疗mcr-1阳性病原菌的失败。

从江苏地区５个大型种鸡场孵化后期死亡的１６３枚鸡胚及８４羽出壳弱雏中分离鉴定出９９株大肠埃希氏菌，死胚分离率为３６．８１％，出壳弱雏分离率４６．４３％；从其它９个蛋鸡场４７羽疑似大肠杆菌病的病、死鸡的肝、脾、心包、腹水、输卵管、脑、眼中分离鉴定出２３株大肠埃希氏菌，分离率为４８．９４％。分离菌中有６７株对清洁级昆明种小鼠（ＫＭ）具有强毒力。对其进行大肠埃希氏菌Ｏ群抗原鉴定，共有２２种Ｏ型血清型，Ｏ１１、Ｏ８８、Ｏ１１５为优势血清型，Ｏ７８及Ｏ８１各为３株，Ｏ１８、Ｏ２０、Ｏ２６、Ｏ３６、Ｏ８９各为２株，其余为Ｏ３、Ｏ４、Ｏ９、Ｏ３０、Ｏ６０、Ｏ７５、Ｏ９３、Ｏ１０３、Ｏ１１４、Ｏ１３１、Ｏ１３...

为在大肠杆菌全基因组范围内筛选和鉴定与喹诺酮类抗生素耐药性相关的基因,通过对临床分离的13株大肠杆菌进行药敏试验,选择耐药谱较广泛的菌株作为研究对象,利用Mariner转座子对其基因组进行随机突变,获得转座子突变株文库,并以亲本菌株为对照筛选文库中对喹诺酮类抗生素敏感的突变体,通过套式PCR、核苷酸测序及序列比对确定突变株中转座子的插入位点及其破坏的基因。结果表明:从突变株文库中筛选得到22株分别对诺氟沙星、环丙沙星、左氧氟沙星、萘啶酸敏感的突变株,其中7株对4种抗生素都敏感;插入位点分析发现,抗生素敏感