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[期刊] 中国水产科学
[作者]
周涛 陈葆华 柯巧珍 赵吉 王家迎 白玉麟 濮菲 潘滢 陈佳 郑炜强 徐鹏
为了开发适用于我国大黄鱼(Larimichthys crocea)育种的稳定的育种芯片,本研究在大黄鱼600K高通量单核苷酸多态性(SNP)分型芯片"宁芯1号"的基础上,开发了大黄鱼55 K育种芯片"宁芯2号"。"宁芯2号"选取大黄鱼单倍域(haplotype block)内具有代表性的SNP位点,并集成与大黄鱼刺激隐核虫抗性、耐高温性状相关联的SNP位点。开发完成的"宁芯2号"最终集成了54077个高质量的SNP位点,这些位点在大黄鱼基因组内分布均匀。应用"宁芯2号"对来自6个群体的756尾大黄鱼进行测试,结果表明该芯片的分型成功率均在98.4%以上,多态性位点比例均在91.2%以上。"宁芯2号"具有稳定、准确、快速、价廉的优势,预计能够在大黄鱼品种定向遗传改良和全基因组分子模块育种研究工作中发挥重要作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
赵吉 冯苗胜 柯巧珍 王家迎 江汀森 吴雄飞 彭士明 白玉麟 沈伟良 周涛 濮菲 徐鹏
为了高效保护、管理以及利用大黄鱼种质资源，迫切需要开发精准的大黄鱼遗传种质鉴定技术。基于前期开发的大黄鱼“宁芯3号”55K液相基因分型芯片，本研究对中国沿海野生群体、闽浙养殖群体和多个选育系共计21个大黄鱼群体进行遗传种质鉴定。群体遗传学分析结果揭示大黄鱼群体可划分为南海群体、闽东群体和岱衢群体，其中南海群体遗传分化最为显著。基于机器学习的大黄鱼群体分类结果显示，未知大黄鱼个体所属地理群体鉴定准确率大于99%。未知大黄鱼个体所属遗传改良选育系也具有极高的鉴定准确率，例如经过3代选育的抗刺激隐核虫新品系 GS3F3，基于神经网络的鉴定精确率可以达到99%。研究表明，利用“宁芯3号”芯片和机器学习方法可快速实现大黄鱼种质的精准鉴定。本研究为大黄鱼种质资源精准鉴定和种质管理、育种材料和新品种知识产权保护等提供了有效的工具和解决方案，也可为其他水产生物种质资源鉴定提供借鉴。
关键词：
大黄鱼 宁芯3号 种质鉴定 机器学习
[期刊] 中国农业科学
[作者]
桑世飞 王会 梅德圣 刘佳 付丽 王军 汪文祥 胡琼
【目的】利用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,简称SNP)标记估算油菜优异亲本间的遗传距离,分析其与杂种优势间的关系,探讨利用SNP标记预测油菜杂种优势的可行性,为油菜杂种优势利用育种提供指导。【方法】将油菜波里马细胞质雄性不育系的6个保持系(1019B、1055B、6098B、8908B、6019B、ZS11B)和8个恢复系(R1、R2、R3、R6、R9、R10、R11、OR1)采用不完全双列杂交试验设计配制得到的46个F1杂种及其亲本,在湖北武汉、贵州贵阳和安徽巢湖3种生态环境下考察株高、分枝部位高度、一次有效分枝数、结角密度、主花序有效长、主花...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
薛一鸣
GIDC C密码算法芯片适用于计算机网络安全领域 ,该芯片采用超大规模集成电路工艺 ,是集CPU、加解密运算部件、存储器等为一体的SOC芯片。采用了自顶向下的设计方法 ,重点讨论了芯片的总体实现方案及CPU ,RSA ,DES等模块的内部结构 ,分析了功耗、可靠性、仿真等设计难点及解决办法。仿真和物理验证的结果表明 ,所设计的电路工作正常 ,运行稳定可靠。 10 2 4bit的RSA加 /解密速率为 5次·s-1,DES加 /解密速率达 2Mbit·s-1,达到了设计的要求。
关键词：
CPU SOC 加密
[期刊] 中国农业科学
[作者]
尹畅 朱墨 陈艳茹 童世锋 赵桂苹 刘杨
【背景】畜禽育种工作的核心是基因组估计育种值的准确性。不同水平的遗传标记密度对估计育种值的影响较大，随着基因分型技术的发展和高通量测序价格的下降，基于重测序数据的基因组选择研究不断涌现。理论上，标记密度更高可获得更高准确性的估计育种值。因为影响目标性状的数量性状基因座（quantitative trait loci, QTL）至少与覆盖全基因组范围的高密度标记中的一个标记处于连锁不平衡状态。所以，较高密度的标记水平，理论上标记与QTL之间的紧密连锁更好，从而保证了较高的预测准确性。但也有研究表明，填充测序数据与芯片数据相比，基因组预测的准确性提升并不明显。【目的】利用GBLUP方法，通过比较填充测序数据和芯片数据在肉鸡屠宰性状的基因组选择准确性，为肉鸡基因组选择育种的基因分型策略提供理论依据。【方法】依据芯片数据和填充测序(whole-genome sequence, WGS)数据，利用GBLUP方法，针对白羽肉鸡胸肌重、屠体重和腿肌重性状进行基因组预测，对其在基因组预测的准确性进行比较。首先，使用“京芯一号”鸡55 K SNP芯片对3 362只鸡进行基因分型，并从第7世代的第9批次中随机选取230只鸡进行全基因组重测序，然后利用Beagle 5.1软件将55 K SNP芯片数据填充至重测序数据水平。为避免染色体大小对填充准确性的影响，将选择鸡较大的3号染色体和较小的14号染色体来进行计算等位基因准确率（allele correct rate, CR）和基因型相关系数（correlation,Cor），并以此判断填充准确性。利用填充测序数据对3个屠宰性状的基因组育种值进行预测，并采用5-折交叉验证的方法评价预测结果的准确性、秩相关和无偏性。【结果】两条染色体的平均等位基因准确率为0.924，平均基因型相关系数为0.885，填充准确率较高，可以用于后期基因组预测研究。SNP芯片数据基因组育种值的预测准确性在0.2194—0.2629之间，填充测序数据基因组育种值的预测准确性在0.2110—0.2695之间。与55 K SNP芯片的结果相比，填充测序数据的基因组育种值预测的准确性差异不显著。【结论】与SNP芯片的结果相比，利用填充后的基因组数据对白羽肉鸡的3个屠宰性状（胸肌重、屠体重和腿肌）的基因组育种值预测准确性提升并不显著，该结论为畜禽遗传育种工作中的数据类型选择提供参考。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵国红 王晟 贾银华 孙君灵 王杰 杜雄明
【目的】筛选亚洲棉短绒分化发育相关基因。【方法】利用cDNA芯片技术在棉纤维发育前期开花前3天(-3DPA)、开花当天(0DPA)、开花后3天(+3DPA)、5天(+5DPA)、7天(+7DPA)筛选野生型DPL971与其短绒突变体DPL972的差异基因。通过与模式植物拟南芥数据库相结合,找到与棉纤维起始发育相关基因,并通过RT-PCR和Real-TimePCR(QRT-PCR)验证部分侯选基因。【结果】筛选出与亚洲棉纤维起始分化发育相关基因8个,其中相对应的与拟南芥同源性较高的蛋白有7个,分别为KAK(DR461366)、MYB5(ES812048)、TTG1(ES811600)、MYB23...
关键词：
亚洲棉 cDNA芯片 棉纤维 光籽
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
邰如玉 许建 江炎亮 张瀚元 白庆利 杨世勇 徐鹏 赵紫霞
为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss)57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis)等4个物种,从57
[期刊] 林业科学
[作者]
蒋瑶 戚晓利 唐芳 赵树堂 陈军 卢孟柱
顶端分生组织的分化影响茎及根的生长,从而形成具有不同形态的植株,拟南芥因其在适当条件下与木本植物分生组织分化以及次生生长的共性而被运用到研究当中。花异常株系(AFDL)由于AP1表达的显著降低导致分枝增多。用拟南芥基因芯片对AFDL的幼苗进行基因表达分析,结果显示在临近抽薹期,AFDL与野生型相比有111个变化倍数大于2且P<0.01的基因;其中大部分参与对外界环境及内源刺激的感知和应答,表明AP1下降可能是由于植株对内外环境刺激的过度反应所导致。从基因芯片中挑选出表达量变化显著的2个基因,分别构建相应的植物表达载体并转化拟南芥,其中AT1G56300基因的超表达植株及AT1G65490基因的...
关键词：
基因芯片 融合茎 植物形态建成 拟南芥
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
徐景升 张木清 陈如凯
基因芯片技术是近年来在生命科学技术领域中迅速发展起来的一项高新技术 .本文综述了基因芯片的产生背景、概念、原理、分类和制作方法 ,并展望了其在农业上的应用前景
关键词：
基因芯片 农业
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
朱业培 王玮 吕青骎 范巧君 徐幸莲 周光宏
［目的］建立一种运用ＰＣＲ结合基因芯片技术鉴别牛、羊、猪、马、鹿、兔６种动物源性成分的快速、准确、灵敏的方法。［方法］选择线粒体ＤＮＡ（ｍｉｔｏＣｈｏＮＤＲｉＡｌ ＤＮＡ）基因（ｍｔ ＤＮＡ）和细胞色素ｂ（ＣｙｔｏＣｈＲｏｍｅ ｂ）基因（Ｃｙｔｂ）为目标基因，设计６对物种特异性引物和相应的６条鉴别探针，在此基础上建立了同时检测６种动物源性成分的基因芯片方法，并进行实际应用效果评价。［结果］通过对ＰＣＲ扩增体系及杂交体系的优化，该检测方法能实现对上述６种动物源性成分同时进行快速、准确检测，具有良好的特异性，检测牛肉和马肉成分时绝对灵敏度为０．５ Ｐｇ，实际检测灵敏度也可达到０．００１％；所制备的．．．
关键词：
肉类品种 基因芯片 PCR 检测
[期刊] 西南农业学报
[作者]
曾黎琼 张伟 段玉云 李援亚 程在全 黄兴奇
通过GenBank搜索已发布的花序发育基因序列,设计特异性的引物,采用PCR法扩增,获得了50个相应的基因片段,利用这些基因片段制备基因芯片。应用此芯片与已标记的非洲菊cDNA杂交,比较分析了同一基因在非洲菊不同发育时期的表达情况和同一基因在不同肥料条件下的表达情况。选取基因NM118013、AJ009726和AJ554702分别进行了RT-PCR验证,结果与芯片检测一致。本研究揭示了非洲菊花序基因时空和营养因子作用下的表达规律,有助于了解非洲菊花序的生长发育机理,进而指导非洲菊的遗传育种。
关键词：
基因芯片 非洲菊 花序发育基因
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈聪 宋江波 孟刚 童晓玲 代方银 鲁成
【目的】鉴于sirtuin家族基因重要而多样性的功能,从家蚕全基因组中鉴定sirtuin家族基因,并进行基因结构、蛋白结构及其理化性质、基因进化、组织表达芯片分析及在不同组织中的定量表达情况分析,为研究家蚕sirtuin家族基因的功能和推动家蚕模式生物系统化的研究奠定基础。【方法】基于家蚕基因组数据库,通过生物信息学手段,利用比较基因组学方法,鉴定家蚕sirtuin家族成员;开放阅读框(ORF)的预测用ORFfinder进行;使用SIM4进行ORF的内含子和外显子的预测;用GSDS和ExPaSy在线工具分别进行基因结构图和蛋白序列理化性质的预测;用CLUSTAL_X软件进行多序列联配及对其二级...
[期刊] 实验技术与管理
[作者]
任春艳 马圆圆 王景冉 师进生
设计并制作了10种不同结构的玻璃微流控芯片。向微混合器中通入NaOH的水溶液和酚酞的乙醇溶液,借助体视显微镜(CCD)拍摄微通道中两流体的颜色变化,并测定红色液流的宽度,计算出各种结构微混合器的混合程度。最终优选出连续半圆结构、圆柱结构、扇形结构的3种微混合器,其混合程度均为100%。该实验的进行,大大提高了学生的创新能力,为学生进行科研工作打下了良好的基础。
关键词：
微流控芯片 芯片设计 芯片制作
[期刊] 企业管理
[作者]
龙学文 任禹凡 屈博
加速发展以芯片为基础的一系列高新技术产业,减少对进口芯片的依赖,使我国真正成为科技强国。芯片是高端电子设备制造业的关键,在"中国制造"向"中国智造"的转型过程中,我国对芯片需求不断增加。但国内芯片企业大多只涉及中低端设计和制造,不能完全满足高端科技产业的需求。在中美贸易摩擦和新冠疫情影响下,中国要想走自主创新之路,成为科技强国,
[期刊] 企业管理
[作者]
赵小萌
网络时代中的企业有两条成功路径,一是成为整合众多能力单元的平台企业,二是成为被诸多平台企业争相整合的共享能力单元。这家果蔬中间体生产企业就是典型。
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