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[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴涛 肖良俊 陈少瑜 陈海云 宁德鲁
【目的】研究核桃人工种间杂交种云新高原与其亲本(母本为漾濞泡核桃,父本为云林A7)的叶绿体DNA的差异,了解核桃叶绿体DNA的遗传规律,并挖掘多态性高的叶绿体基因片段。【方法】基于NCBI数据库中深纹核桃和核桃叶绿体全基因组序列的比对和分析,针对其中的变异位点设计引物,进而对云新高原及其母本漾濞泡核桃、父本早实核桃云林A7的目的基因片段进行多态性检测。【结果】深纹核桃与核桃的叶绿体基因组存在14个变异位点、30个碱基的差异,其中7个为核苷酸多态性变异(SNP),7个为碱基插入/缺失变异(InDel)。对云新高原及其亲本的这14个位点及其附近片段进行检测,发现三者有33个变异位点,云新高原与其母本在其中21个位点上保持相同碱基,占全部变异位点数的64%;云新高原与其父本在余下12个位点上保持相同碱基,占全部变异位点数的36%。这33个变异位点分属11个基因或基因间隔区片段,可以分为11个单倍型,云新高原的这11个单倍型中有10个与母本相同,1个为双亲的嵌合体。【结论】核桃叶绿体DNA的遗传方式为以母系遗传为主的双亲遗传;核桃ndhF-rpl32DNA片段存在多个变异位点,是多态性高的叶绿体基因片段,可广泛应用于核桃系统发育、群体遗传和种内品种鉴定等研究。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
叶学敏 于雪丹 付其迪 郑勇奇 张川红
[目的]筛选出高变异率的叶绿体DNA序列,以进行血皮槭天然群体的谱系地理学研究。[方法]以血皮槭16个天然群体为试材,对叶绿体基因组20个非编码区序列进行测序研究,并利用筛选出的高变异率cpDNA序列初步分析了其遗传变异。[结果]序列比对和系统发育分析结果显示血皮槭cpDNA种内变异非常低,9个cpDNA序列检测到不同程度的变异位点,其中只有4个序列psbJ-petA、ndhF-rpl32、trnD-trnT和trnH-psbA表现出较高的变异水平。[结论]筛选出的4个高变异率cpDNA序列,可以在分子水
[期刊] 华北农学报
[作者]
周索童 刘志文
叶绿体DNA标记是水稻分子生物学分析中的常用方法之一。但是水稻叶绿体DNA的提取过程复杂且耗时,为了简化分析步骤,本试验使用CTAB与SDS方法分别提取栽培水稻籼93-11和粳沈农265的叶、根、种子3种组织总DNA,选择3对叶绿体基因间隔区标记(psbA-trnH、petG-trnP和infA-rpl36)以及2对水稻叶绿体籼粳分类标记(ORF100和ORF29-TrnCGCA)进行PCR扩增。结果显示以它们种子、根为模板的扩增效果与叶片模板的扩增效果相一致,并与预期的结果相符合。最后对60份杂草稻种子总DNA进行叶绿体籼粳分类标记扩增分析,结果表明,杂草稻种子总DNA中扩增出目的片段同样能...
关键词:
水稻 DNA提取 叶绿体标记 PCR扩增
[期刊] 林业科学研究
[作者]
卢孟柱 卞祖娴
近几年,叶绿体DNA的研究越来越受到重视,因为叶绿体不仅是植物光合作用的器官,而且DNA分子结构紧凑,相对于核DNA而言,分子量小,结构简单,更易从分予水平上作精细分析。另外,叶绿体DNA具有稳定性、进化缓慢性及编码序列的保守性,因而是研究植物系统发育的好材料。虽然在许多植物中,叶绿体DNA分子非常保守,环状结构大
关键词:
杨树 叶绿体DNA 限制性片段长度多型性
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
崔彬彬 李云 金晓洁 冯慧
利用PCR-RFLP技术对白杨派毛白杨、毛新杨和银腺杨及其F1代的叶绿体和线粒体遗传进行了分析.以总DNA为模板,扩增了叶绿体trnD-trnT、rps12/7-nadB、trnT-trnF、trnL-trnF3′和trnL-trnF5′基因片段,线粒体coxⅢ、ND5/6、orf25、atp6、nad4/1-2和ND2-COⅢ基因片段,比较了这些扩增片段5种限制性内切酶的酶切片段多态性.结果表明毛新杨×毛白杨、毛新杨×银腺杨F1代的叶绿体DNA为母性遗传;4种杂交组合线粒体基因片段的PCR扩增与酶切图谱完全一致,未发现多态性,表明白杨线粒体基因高度保守.
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周贝贝 陈凌娜 张俊佩 裴东
核桃(Juglans regia L.)营养价值高,含有丰富的脂肪酸和蛋白质[1],子叶是核桃重要的营养储存器官,作为常用的实验材料,可用来组织培养进行生根实验等相关研究[2-3]。MSAP是在AFLP基础上建立起来的在全基因组范围检测5’-CCGG位点的胞嘧啶甲基化变化的实验技术[4],具有多态性高、无需预知DNA序列的优点,但其需要提取高质量的基因组DNA,存在于DNA中的多糖等杂质会对酶切等
关键词:
核桃 子叶 DNA提取 多糖 MSAP
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
穆琳 谢磊
槭叶铁线莲是分布于北京附近低山峭壁之上的特有濒危植物,其分布区域狭窄。在传统分类处理中将槭叶铁线莲置于绣球藤组中,但是其形态特征、地理分布及生长环境与组中其他种类有较大差异。本文根据核核糖体DNA中的ITS序列片段和3个叶绿体DNA序列片段(atpB-rbcL间隔区、psbA-trnQ间隔区和rpoB-trnC间隔区),采用最大简约法(MP)和贝叶斯法(Bayes)构建铁线莲属系统发育关系,从而探讨槭叶铁线莲在属中的系统位置问题。结果表明:1)单独的ITS片段和叶绿体片段分析所得到的系统树分辨率较低,而合并分析可以得到相对较高的分辨率和支持率。2)铁线莲属与锡兰莲属共同组成一单系类群,二属应予...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
吴民华 叶晓霞 谭靖怡 梁秋婷 吴子健 黄琼林
【目的】阐明药用植物了哥王Wikstroemia indica的叶绿体基因组结构特点及系统进化地位,为了哥王的资源保护和可持续利用提供科学依据。【方法】采用Illumina测序平台进行了哥王叶绿体基因组测序,并通过生物信息技术和软件进行序列拼接、注释以及比对和系统进化分析。【结果】了哥王叶绿体基因组全长为149 864 bp,由86 347 bp的大单拷贝区(LSC)、10 601 bp的小单拷贝区(SSC)以及穿插在它们之间均为26 458 bp的一对反向重复区(IR)构成,具有环状双链四分体结构,包含124个基因。在了哥王叶绿体基因组中共找到64种24 180个密码子,其中30种为高频使用密码子,高频使用密码子中又有29种是以A/T结尾;搜索到93个简单重复序列(SSR),其中单核苷酸重复居多(72个),且以A或T及两者组合形成的基序为优势基序。了哥王与近缘植物的叶绿体基因组IR边界存在较为明显的变异。序列比较和系统进化树显示了哥王与同属细轴荛花W. nutans具有最高的序列同源性。【结论】了哥王叶绿体基因组具有植物叶绿体基因组的典型结构,有密码子使用偏好性,含多态性较为丰富的SSR,且与细轴荛花的亲缘关系最近。图5表2参24
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
肖明昆 严炜 熊贤坤 沈绍斌 宋记明 易怀锋 张林辉
【目的】为明确云南樟叶绿体基因组密码子使用模式及其成因,确定最优密码子并为其遗传改良提供理论基础。【方法】利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对云南樟叶绿体基因组中的52条基因编码子序列密码进行分析。【结果】云南樟的ENC值在36.82~57.85之间,表明云南樟叶绿体基因组的密码子偏好性较弱。密码子不同位置上的GC含量表现为GC1(47.61%)> GC2(40.28%)> GC3(30.67%),且RSCU> 1的密码子有31个,其中有29个以A或U结尾,表明密码子偏好以A或U结尾。中性绘图分析结果显示,GC12与GC3的相关系数为0.040,表明两者相关性不显著。ENC-plot分析表明,基因ENC比值大多数分布在-0.05~0.05区间外,即大部分基因ENC值与预期值差距较大。说明密码子偏好性更多受到选择的影响。PR2-plot分析表明,云南樟叶绿体基因组中的绝大多数基因分布在PR2图的中心点偏右下位置,说明选择是云南樟叶绿体基因组密码子偏好性的关键影响因素。通过构建高低基因表达库,结合高频及高表达密码子最终确定云南樟叶绿体基因组最优密码子12个,分别为,UUA、UCU、ACA、UAU、GCU、UAG、CAA、AAA、GAU、GAA、CGA、AGA,其中,11个以A或U结尾。【结论】云南樟叶绿体基因组的密码子偏好性比较弱,偏好以A或U结尾的密码子。密码子的使用偏好性主要受到选择的影响。研究结果可为云南樟叶绿体基因工程、种源鉴定提供科学依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
胡青 肖良俊 吴涛 宁德鲁 陈少瑜
【目的】明确漾濞大泡和云新高原2个核桃品种的花粉活力和柱头可授性。【方法】用氯化三苯基四氮唑(TTC)染色法测定花粉在3种贮藏条件下(室温、冰箱冷藏和冷冻)的活力变化;采用联苯胺-过氧化氢法、过氧化物酶-酯酶试纸法、苏丹红染色法3种方法测定不同时期雌花柱头可授性。【结果】在相同保存温度下,云新高原核桃的花粉活力高于漾濞大泡。冰箱冷藏条件有利于花粉保存,保存至第7天时漾濞大泡和云新高原的花粉活力分别从第1天的88.7%和95.5%下降至10.0%和18.3%。氧化物酶-酯酶试纸法检测柱头可授性操作简单、效果
[期刊] 华北农学报
[作者]
田自华 史树德 张剑峰 张子义 邵金旺
对细胞质雄性不育甜菜的不育系及其保持系的叶绿体DNA(ctDNA)进行了RAPD分析,结果表明:在所选的70个引物中,甜菜细胞质雄性不育系和保持系叶绿体DNA之间不存在差异性。与此同时,对叶绿体DNA的提取方法进行了改进,在不需密度梯度离心条件下即可获得高纯度的DNA;优化了甜菜叶绿体的RAPD的反应条件。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咸吉 聂现辉 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平
利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咸吉 聂现辉 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平
利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
徐建堂 祁建民 林培清 张高阳 陶爱芬 方平平
为研究红麻叶片叶绿体DNA(cpDNA)非编码区的序列特征,采用改良CTAB方法提取红麻总DNA,以8份红麻光钝感突变体及其4份近缘种基因组DNA为模板,应用8对植物cpDNA通用引物对红麻cpDNA非编码区序列进行PCR扩增,优化cpDNA非编码序列PCR的扩增条件,应用4种限制性内切酶(EcoRⅠ、HindⅢ、TaqⅠ、AulⅠ)酶切扩增片段.结果表明:所筛选的通用引物适用于红麻cpDNA非编码序列扩增,扩增产物经1.5%琼脂糖电泳检测,片段大小为400-2000 bp,共扩增cpDNA片段大小约13000 bp.将PCR扩增产物进行酶切,每个片段均有相同的酶切位点,只有cp4引物对cpD...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
宋海岩 陈栋 李靖 钟小江 杨文渊 祝进 江国良
【目的】探究桃砧木GF677与普通毛桃在碱性土上抗黄化生理机制,为抗性桃砧木育种提供理论依据。【方法】以两年生GF677扦插苗和毛桃实生苗为材料,比较其在碱性土上不同时期叶绿素合成前体及组分含量差异。【结果】多数时期GF677叶片叶绿素a、叶绿素b、叶绿素总量及UrogenⅢ、ProtoⅨ、Mg-ProtoⅨ和原脱植基叶绿素含量均高于毛桃; GF677叶片内ProtoⅨ、Mg-ProtoⅨ以及原脱植基叶绿素含量在受到碱胁迫后能在短时间内恢复并超越前期值,而毛桃恢复水平较低。【结论】毛桃叶绿素b含量各时期均极显著低于GF677,是导致毛桃叶片黄化的直接原因;叶片PBG→Uro、Uro→Proto两个合成步骤,及叶绿素循环中叶绿素a→叶绿素b转化是否受阻是桃砧木抗黄化能力的重要判断指标。
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