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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李树战 王艺儒 孙鹏 李华威 傅建敏
【目的】旨在了解雄全同株性别类型‘龙岩野柿1号’雄花和两性花花芽转录组中的SSR位点及序列特征，为SSR分子标记开发提供理论依据。【方法】基于雄全同株种质‘龙岩野柿1号’花芽分化的两个形态学关键时期的雄花和两性花花芽转录组序列，运用MISA软件的默认参数即单碱基类型SSR重复数≥10、双碱基类型重复数≥6和三、四、五、六碱基类型重复数≥5对转录组获得的unigenes序列中的SSR位点进行搜索，分析SSR位点的序列特征。【结果】对‘龙岩野柿1号’转录组的82 910条unigenes进行搜索，共在25 349条unigenes上获得了38 751条SSR序列，发生频率为30.57%，出现频率为46.74%，平均每2.94 kb会出现1个SSR序列；双碱基重复类型SSR位点数目最多，占总SSR数的50.59%，单碱基重复类型SSR数目次之，占比24.59%；单碱基重复至三碱基重复类型的优势重复基元分别为A/T、AG/CT和AAG/CTT，分别占比22.8%、35.15%和7.77%，四碱基重复至六碱基重复类型的优势重复基元分别为AAAG/CTTT、AAAAG/CTTTT和AGGGCG/CCCTCG，占比分别为0.45%、0.09%和0.05%;SSR位点的基元重复次数以5～20为主，序列长度变化范围较大，为10～94 bp，共有11 731个SSR位点的序列长度≥20 bp，占比为30.27%。【结论】‘龙岩野柿1号’花芽的转录组中SSR位点丰富，具有较高的多态性，在柿属植物性别类型相关的分子标记开发、分子标记辅助育种和遗传多样性分析中具有较大的应用潜力。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
杜改改 孙鹏 索玉静 韩卫娟 刁松锋 傅建敏 李芳东
为深入开发柿SSR和SNP分子标记,进而推动柿品种鉴定和遗传多样性等研究,以‘禅寺丸’柿的雌雄花芽转录组序列为基础,对SSR和SNP位点进行发掘。结果表明:转录组测序获得了154 741条unigene,其中有38.49%unigene在数据库中得到注释。利用MISA软件进行SSR位点的搜索,共得到44 304个SSR,包含83种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(20 006个,占47.63%),其次是以AG/CT类型为主的二核苷酸重复(16 055个,占38.23%),再次是以
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王艺儒 索玉静 傅建敏
[目的]对小果甜柿果实转录组中的SSR、SNP和InDel位点进行分析,为开发中国甜柿特异性分子标记、早期鉴定和遗传多样性分析奠定基础。[方法]以中国甜柿传统小果类型种质为材料,在果实发育的5个时期采样,抽提RNA,采用MISA和GATK3软件对小果甜柿果实转录组进行SSR、SNP和InDel位点特征分析。[结果]在小果甜柿果实转录组中共发现42 427个SSR位点,分布于26 928条unigenes上,发生频率为31.52%;在重复基元类型中,单碱基重复数量最多,六碱基重复最少,其中出现频率最高的基元为A/T,占总SSR数量的40.91%;各类型重复基元的重复次数集中在5～20次,SSR序列长度介于10～74 bp。共检测到1 070 614个SNP位点和167 924个InDel位点,其中SNP位点平均每kb出现11.46个,InDel位点平均0.556 kb出现1个,且均以含1个位点的unigenes数最多。[结论]小果甜柿转录组中SSR、SNP和InDel位点丰富,具有潜在较高的多态性,有助于后续中国甜柿特异性分子标记的开发。
[期刊] 华北农学报
[作者]
黄玲 韦树谷 赖佳 代顺冬 张骞方 曾华兰 刘佳 刘杭 叶鹏盛
为探明芦笋两性花、雄花发育与碳氮比及氮化合物的关系,测定了芦笋两性花与雄花性别分化的前期、中期、后期3个时期花蕾的碳、氮化合物含量,并采用RNA-seq技术分析了6个样品中相关氮化合物基因的可变剪接及表达量的差异。结果发现,在性别分化的前期、中期,两性花蕾中含碳量低于雄花蕾,但含氮量却显著高于雄花蕾;在性别分化后期,两性花蕾中含碳量与雄花蕾相当,但含氮量仍然显著高于雄花蕾。可见,较低的碳氮比有利于两性花蕾中雌蕊的发育。RNA-seq测序及GO富集分析表明,有86个氮化合物相关基因只在两性花蕾中发生可变剪接,这些基因主要编码核糖体蛋白、MADS-box转录因子和一些酶类物质等,并且在性别分化的前期、中期,分别有52,47个基因表达量高于雄花蕾。这与两性花蕾中氮化合物含量高于雄花蕾的差异一致。综上所述,氮化合物代谢相关基因的可变剪接及较高的表达量和较低的碳氮比有利于两性花雌蕊的发育。
关键词：
芦笋 两性花 雄花 碳氮比 可变剪接
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郑彩霞 李凤兰
本文利用光镜、透射电镜及电泳和薄板薄膜层析技术对文冠果两性花和单性花(雄花)花药的绒毡层和花粉壁的发育及其营养成分进行了分析比较.结果表明,两种不同类型的花粉在绒毡层和细胞壁的发育方面没有明显差别,但两性花的花粉内壁较厚,细胞器和淀粉的贮存明显不足,且缺乏蔗糖等化合物,氨基酸的种类也较可育花粉少.两类花粉中蛋白质多肽的组成及过氧化物酶和酯酶同工酶的谱带也有明显的差异.因此,文冠果两性花花粉败育的原因可能与花粉中某些细胞器的减少,及生理生化代谢上的障碍造成花粉缺乏足够的营养物质等因素有关.
关键词：
文冠果 两性花 花粉 败育 营养物质
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘玉林 李伟 董树斌 沐先运 张志翔
【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(26bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态
[期刊] 林业科学
[作者]
毛伟兵 陈发菊 王长兰 梁宏伟
【目的】以自然突变的楸树雄性不育花芽为研究材料,分析与楸树雄性不育相关基因的表达模式,从基因的表达水平上揭示楸树雄性不育的分子机制,为楸树及木本植物的雄性不育研究提供有价值的参考。【方法】采用高通量测序技术对自然状态下楸树的雄性不育的花芽以及可育的花芽进行转录组测序,通过生物信息学对可育花芽与不育花芽的转录本进行比较分析,预测和筛选出与楸树雄性不育有关的基因。【结果】转录组测序共产生27.18 Gb数据,组装并去冗余后得到86 076个Unigene,然后将Unigene比对到7大功能数据库(NR,NT,
关键词：
楸树 雄性不育 转录组测序 差异表达基因
[期刊] 草业科学
[作者]
张婷婷 张鹤山 宋康杰 赵泽宇 许本波 刘洋
本研究旨在了解白三叶(Trifolium repens) SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建。结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24 960个,出现频率为13.25%,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70%),其次为双碱基(28.26%)和单碱基重复(25.02%),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01%。A/T (24.85%)、AG/CT (16.48%)和AAG/CTT (8.89%)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4～21次,占总数量的98.11%;序列长度变化在12～35 bp,占总数的96.43%;根据SSR位点序列设计出18 594对引物,占总SSR的74.50%;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7%和32.7%;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开。本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力。
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
刘方炎 李昆 王小庆 张春华 罗长维 崔永忠 彭辉
基于随机取样和跟踪观测的方法,对金沙江和红河两流域干热河谷区麻疯树Jatropha curcas前后2次开花过程中性别分化特征以及两性花序中雌花数目进行了跟踪观测和对比研究。结果表明:①两流域麻疯树单个1年生小枝分化出两性花序数均较少,且受林地环境的影响较大;②第1次开花时,两流域麻疯树两性花序数均远高于雄性花序数,而第2次开花时,两性花序数略低于雄性花序数;两性花序中雄雌花朵数比均高达15:1以上,且第2次开花远高于第1次开花;③第1次开花时,两流域麻疯树中具有6～10朵雌花的两性花序所占比例均为最高,均在40%以上,但具有16朵及以上雌花的两性花序较少,仅占2%～3%;而第2次开花时,雌花...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乌日娜 徐舶 石凤翎
[目的]对直立型扁蓿豆转录组简单重复序列(SSR)特征进行分析,为开发扁蓿豆新的分子标记奠定基础。[方法]以直立型扁蓿豆叶片为材料,通过Illumina HiSeq X Ten测序平台进行高通量测序,利用MISA软件对转录组数据进行SSR位点搜索,并对SSR位点的分布及其序列特征进行分析。[结果]在直立型扁蓿豆中得到308449条参考序列(Unigene),从中挖掘到89 688个SSR位点,SSR出现频率为29.08%,平均分布距离3.17 kb。SSR重复基元数量以单核苷酸为主(53 710个SSR,占比59.89%),三核苷酸(18 586个SSR,占比20.72%)、二核苷酸(15 446个SSR,占比17.22%)次之。在159种重复基元中,单核苷酸A/T类型占比最高(58.50%),其次为二核苷酸AG/CT基元(8.29%)。直立型扁蓿豆转录组SSR以6～15次重复为主,6种核苷酸重复类型数量总体表现为随着基元重复次数的增加而减少。SSR长度主要集中在12～120 bp,此长度范围SSR数量占SSR总数的41.62%,具有较高多态性潜能的SSR(长度>20 bp)位点数为20 557,占比22.92%。[结论]直立型扁蓿豆SSR位点出现频率高、基元重复类型丰富、多态性潜能高,在扁蓿豆遗传多样性与品种分子鉴定及新的分子标记开发等方面具有较大的应用价值。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乔雨 石凤翎 张雨桐 钱亚斯 闫伟 伊风艳
[目的]对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础。[方法]以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣(对照)为试验材料,通过Illumina HiSeq~(TM) 2000对其进行高通量测序和组装,利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析。[结果]在蒙农红豆草转录组数据中共获得53 009条Unigene,其中6 202条Unigene上分布了8 175个SSR位点,每5.86 kb就有1个SSR位点;重复基元数量以三核苷酸为主(49.13%),二核苷酸次之(22.07%);在284种重复基元中以AG/CT类型最高(16.16%),其次为AAG/CTT(14.30%);三核苷酸基元重复次数种类最多(11种),二核苷酸次之(10种)。随着基元重复次数的增加,核苷酸数量减少。蒙农红豆草SSR长度为12～441 bp,主要集中在12～24 bp,其中具有高度多态性潜能的SSR(长度≥20 bp)有3 130条(38.29%)。[结论]蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高,在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值。
关键词：
蒙农红豆草 花瓣转录组 微卫星SSR
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
于爱清 施永海 徐嘉波 陆根海 张海明 谢永德 刘永士
本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记,为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示,从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1～6碱基的微卫星序列;刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征,其中,单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型,分别占总微卫星数目的 34.94%、49.47%和13.34%;不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同,其中,A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%,AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%,AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%;不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同,重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势;从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记,并以此为基础,对长江刀鲚选育群体(F_3)的遗传学特征进行了初步评估,结果显示,长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(N_e)、平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明,基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的,所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。
关键词：
刀鲚 转录组 微卫星 分子标记
[期刊] 林业科学研究
[作者]
何文广 汪阳东 陈益存 高暝 吴立文 许自龙 曹佩 李红盛 赵耘霄 焦玉莲
目的]了解和掌握山鸡椒雌花花芽分化的形态特征及碳氮营养规律,为山鸡椒人工栽培及杂交育种提供参考依据。[方法]采用石蜡切片法观察山鸡椒雌花花芽分化的组织解剖结构,采用生理试剂盒-分光光度法测定雌花不同分化时期的可溶性糖、淀粉、可溶性蛋白、碳氮比等碳氮营养指标。[结果]表明:(1)山鸡椒雌花花芽分化经过未分化期—花序原基分化期—苞片原基分化期—花原基分化期—花器官分化期5个时期。(2)叶片可溶性糖含量随着花芽分化的发展呈不断升高的趋势,最高可达65.07 mg·g~(-1)。叶片淀粉含量随着分化时期的推进呈先升后降的趋势,其最高值出现在苞片原基分化期,达到81.30 mg·g~(-1),最低值出现在花器官分化期,为52.19 mg·g~(-1)。(3)叶片可溶性蛋白含量在花芽前3个分化期呈持续下降趋势,从61.32 mg·g~(-1)下降到52.48 mg·g~(-1),之后基本保持稳定。叶片中的碳氮比在花芽前3个分化期呈持续上升趋势,从1.49上升至2.61,之后基本维持在较高水平。[结论]山鸡椒雌花花芽分化的内部形态特征与雄花基本一致,雌花花芽分化分为5个时期。山鸡椒雌花花芽分化过程中,叶片中可溶性糖不断升高,而可溶性蛋白下降明显,碳氮比升高且保持在较高水平。
关键词：
山鸡椒 雌花 花芽分化 碳氮营养
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吕耀平 林植华 雷焕宗 王成辉 项松平
研究了瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var.color)体重和形态特征等19个参数的两性异形及雌性个体生育力。结果表明:除特定体长1龄雌性个体的体高和体重显著小于雄性个体外,其它17个性状不存在显著的雌雄两性异型。在2龄鱼中,雌性个体的头长、头宽、头高、眼后头长、眼间距、尾鳍长、体重和躯干重显著大于雄性个体,而体高却显著小于雄性个体,其它性状也不存在显著的雌雄两性异型;对这9个差异显著的形态特征变量进行主成分分析发现,第一和第二主成分共解释67.6%的变异,体高、体重和躯干重在第一主成分有较高的正负载系数(解释42.9%变异),头宽和眼间距在第二主成分有较高的正负载系数(解释24....
关键词：
瓯江彩鲤 形态 两性异形 生育力
[期刊] 林业科学
[作者]
孙颖 谭晓风 罗敏 李建安
利用RNA-seq技术对油桐2个不同发育时期的花芽的转录组进行比较分析,获得大量差异表达的unigene序列。通过GO分类和Pathway富集性分析,将这些差异表达unigene分别归类于55个GO term和128个代谢途径。unigene中有103个与植物开花相关,涉及4个开花调控途径(光周期途径、春化途径、GA途径和自主途径)。随着花芽发育,越来越多的unigene表达量呈现上调趋势,上调的基因数量超过下调基因数量。研究结果可在一定程度上解析油桐花芽形态分化的分子调控模式与机制。
关键词：
油桐 花芽 转录组测序 开花基因
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