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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
石晓倩 申长卫 刘慧冉 李岩 谢昶琰 杨晗 徐阳春 董彩霞
[目的]本文旨在克隆‘黄冠梨’钾转运体PbKT8基因,对基因定位及表达特征进行初步分析,为其功能研究提供基础。[方法]从‘黄冠梨’果实中克隆PbKT8基因的cDNA全长序列,利用生物信息学对其同源序列进行分析,构建含GFP载体并通过激光共聚焦显微镜精确定位蛋白位置,实时荧光定量PCR分析不同施钾处理下该基因在果实成熟期的表达特征。[结果]钾转运体PbKT8基因序列全长2 328 bp,编码775个氨基酸,PbKT8蛋白与苹果(Malus domestica)进化关系最相近,同源序列相似性高达99.10%;亚细胞定位结果显示,PbKT8蛋白定位于细胞膜上;PbKT8基因转化酵母突变菌株R5421在低于5 mmol·L~(-1) K~+培养基上恢复生长;qRT-PCR结果表明,PbKT8基因在果实和叶片中相对表达量随施钾水平增加而上升。[结论]PbKT8蛋白定位在质膜上具有转运钾离子的功能,在果实成熟期受高钾响应表达。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李姣 许力 鲁黎明 李立芹
克隆烟草钾转运体基因，预测其结构，并分析其进化关系和功能，为研究烟草钾吸收机制奠定基础。采用ＲＴ－ＰＣＲ方法从烟草品种Ｋ３２６中克隆到了一个钾转运体的同源基因，该序列全长为２ ５３２ ｂＰ，蛋白编码８４４个氨基酸，预测分子量为９３．１ Ｋ Ｄａ，等电点为７．２。同源性分析结果显示，该基因与绒毛烟草钾转运体１２、林烟草钾转运体１２等具有较高的同源性，故命名为ＮＴＫＴ１２。生物信息学分析表明，ＮＴＫＴ１２具有１２个跨膜区。组织表达分析发现该基因在根中的表达量最高。低钾胁迫试验表明，该基因在处理６，２４ ｈ后表达量明显高于对照。研究结果为解析ＮＴＫＴ１２在烟草钾营养中的功能奠定一定的理论基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
许玲 张大勇 何晓兰 徐照龙 刘晓庆 黄益洪 马鸿翔 易金鑫
为探明大豆中MRP蛋白基因的作用机理,从大豆材料中克隆到GmMRP5基因完整的编码序列,GmMRP5基因的开放阅读框(ORF)全长4 479 bp,编码1 492个氨基酸。序列比对与进化树分析表明:GmMRP5拥有13个推断的跨膜结构域(TMD)和典型的ABC转运蛋白保守结构域,系统进化树分析表明,GmMRP5与AtMRP5同缘关系最近,同属于ABC转运蛋白家族C亚家族;该基因是组成型表达基因,在大豆的根、茎、叶及荚中均有表达;经不同浓度脯氨酸和柠檬酸处理后,该基因在大豆根中的表达被强烈诱导并高效表达。Real-Time PCR结果表明,该基因在酸性缓冲液处理后表达量上调,推测其作为质子转运体...
关键词：
大豆 GmMRP5 基因克隆 表达分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
鲁黎明
【目的】克隆烟草钾吸收转运基因,分析其亲缘关系,并预测其结构、性质与功能,为烟草钾转运体基因的功能研究提供基础。【方法】以利用RACE技术克隆出的烟草钾转运体基因片段的3'端序列为探针,对烟草EST数据库进行搜索,筛选与探针同源性在95%以上的EST序列,再利用DNAStar软件进行拼接。然后,应用多种生物信息学数据库和软件,对获得的烟草钾转运体基因全长cDNA序列进行结构、性质和功能预测。【结果】获得烟草钾转运体基因(TPK1)的cDNA全长。该基因所编码蛋白质的分子量为26.21 kD,理论等电点pI为9.72。该蛋白质是一个疏水膜蛋白,包含6个明显的跨膜螺旋拓扑结构,在二级结构中,共包含...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张子义 赵阳 梁红胜 樊明寿
为了研究不同钾素浓度对钾转运体KUP6和KUP7基因表达量的影响,通过水培法培养马铃薯幼苗,通过提取马铃薯总RNA,经检测合格后用反转录试剂盒合成其c DNA的第一链。运用实时荧光定量核酸扩增检测技术对幼苗叶片进行基因转录水平的检测。在马铃薯幼苗种植后的第10,20,30天分别测定马铃薯幼苗根、茎和叶中钾的含量,并进行统计分析。结果表明:钾素浓度为1.00 mmol/L时,KUP6和KUP7基因表达量最高,且与其他处理有显著差异;钾素浓度低于0.10 mmol/L时,表达量较低,钾素浓度为10.00 mmol/L时该基因表达量也降低。表明较高和较低的钾离子浓度都不利于KUP6和KUP7基因的表达。通过对根、茎和叶内钾素含量测定表明:对于根系来说,钾素浓度在1.0 mmol/L时已到达其吸收饱和值;在钾素浓度为1.00,10.00 mmol/L的高钾水培中,马铃薯根、茎和叶钾素含量大于水培钾素浓度为0.01,0.10 mmol/L的低钾处理;在低钾水培条件下,茎叶随着培养时间的延长,其钾素含量之间的差异逐渐减小,而在高钾条件下,其差异逐渐增大。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋毓峰 董连红 靳义荣 史素娟 张良 刘朝科 冯祥国 胡晓明 王倩 刘好宝
【目的】应用生物信息学方法,分离和克隆烟草钾转运体KUP/HAK/KT家族新基因,对其进行亚细胞定位和表达分析,为开展烟草KUP/HAK/KT钾转运体的研究提供借鉴。【方法】通过生物信息学方法,搜索林烟草(Nicotiana sylvestris)和绒毛状烟草(N.tomentosiformis)基因组数据库,预测两种烟草中的钾转运体KUP/HAK/KT家族成员,构建系统进化树。根据所获结果,从林烟草中获得一个新的烟草KUP/HAK/KT家族基因。采用Wolf PSORT对蛋白的亚细胞定位进行预测,并利用农杆菌浸润法注射本生烟(N.benthamiana)叶片后激光共聚焦显微镜下观察,依据融合...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王丹阳 高付永 孙炜 芮伟康 Khanizadeh Shahrokh 张绍铃 陶书田
［目的］通过克隆‘砀山酥梨’（Ｐｙｒｕｓ ｂｒｅｔｓｃｈｎｅｉｄｅｒｉ ‘ｄａｎｇｓｈａｎｓｕｌｉ’）果实中咖啡酰－辅酶ａＯ－甲基转移酶（ｃｃＯａＯＭｔ）基因的全长序列，并对其进行生物信息学及基因表达差异分析，阐释了其在梨果实木质素合成途径的作用，以期为今后利用基因调控技术来改变果实中石细胞含量从而改善梨果实品质提供一定的理论依据。［方法］以１５年生‘砀山酥梨’果实为试材，根据从ｎｃｂｉ数据库中搜索得到关于植物木质化的ｃｃＯａＯＭｔ基因序列与梨基因组数据库调取的序列比对，利用ｒｔ－Ｐｃｒ技术克隆得到了木质素生物合成途径中的一种关键酶基因ＰｂｃｃＯａＯＭｔ，ｇｅｎｂａｎｋ登录号为ｋＪ５７７５４４．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王丹阳 高付永 孙炜 芮伟康 Khanizadeh Shahrokh 张绍铃 陶书田
[目的]通过克隆‘砀山酥梨’(Pyrus bretschneideri ‘Dangshansuli’)果实中咖啡酰-辅酶AO-甲基转移酶(CCoAOMT)基因的全长序列,并对其进行生物信息学及基因表达差异分析,阐释了其在梨果实木质素合成途径的作用,以期为今后利用基因调控技术来改变果实中石细胞含量从而改善梨果实品质提供一定的理论依据。[方法]以15年生‘砀山酥梨’果实为试材,根据从NCBI数据库中搜索得到关于植物木质化的CCoAOMT基因序列与梨基因组数据库调取的序列比对,利用RT-PCR技术克隆得到了木质素生物合成途径中的一种关键酶基因PbCCoAOMT,GenBank登录号为KJ577544...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王丹阳1 高付永2 芮伟康1 Khanizadeh Shahrokh3 张绍铃1 陶书田1
摘要：通过克隆‘砀山酥梨’（Pyrusbretschneideri ‘Dangshansuli’）果实中咖啡酰-辅酶 AO-甲基转移酶（CCoAOMT）基因的全长序列，并对其进行生物信息学及基因表达差异分析，阐释了其在梨果实木质素合成途径的作用，以期为今后利用基因调控技术来改变果实中石细胞含量从而改善梨果实品质提供一定的理论依据。以 15 年生‘砀山酥梨’果实为试材，根据从 NCBI数据库中搜索得到关于植物木质化的 CCoAOMT基因序列与梨基因组数据库调取的序列比对，利用 RT-PCR 技术克隆得到了木质素生物合成途径中的一种关键酶基因 PbCCoAOMT，GenBank 登录号为 KJ57...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
赵圣博 李友国 赵斌 林会
植物体内阳离子扩散协助蛋白(cation diffusion facilitator proteins,CDF)也称为金属耐受蛋白(metal tolerance protein,MTP),在提高植物对锌抗性和调节锌在植物体内分布起到重要作用。本研究根据拟南芥AtMTP1基因序列从模式豆科植物蒺藜苜蓿基因组中鉴定了一个CDF家族锌转运体基因MtMTP3。生物信息学分析表明MtMTP3编码385个氨基酸,属于CDF家族锌转运体;酵母功能互补实验证实MtMTP3具有转运Zn的功能;基因表达检测结果显示MtMTP3主要在蒺藜苜蓿根部表达,高浓度Zn、Mn或者缺Fe处理均能促进MtMTP3的表达,表明该蛋白与根部重金属转运有关;RT-PCR和定量PCR检测结果显示该基因在低磷条件下表达量升高,接种丛枝菌根真菌能显著抑制MtMTP3表达,即使在高浓度锌处理下,MtMTP3表达也明显受到抑制。这些研究结果表明,丛枝菌根真菌可能通过促进磷吸收,进而调控MtMTP3基因的表达。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
孙军 梁卉 林小涛 胡云凤 童芳
采用RACE-PCR方法,从鲢(Hypophthalmichthys molitrix)头肾SMARTcDNA中获得了679 bp IL-8 cDNA序列。结果显示:该序列包含169 bp的5′非编码区,213 bp 3′端非编码区和297 bp的开放阅读框;鲢IL-8的开放阅读框编码98个氨基酸残基,其中包含构成两对二硫键的4个保守半胱氨酸。RT-PCR结果显示鲢:IL-8 mRNA主要在胰、肝脏和头肾中表达。将鲢IL-8不含信号肽的成熟多肽克隆到原核融合表达载体pQE30上,转入大肠杆菌M15内进行表达,经SDS-PAGE电泳后显示,重组融合蛋白在分子量约11kD处有一明显表达带,与预期计...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
梅花 杨辉 田云 卢向阳
利用数据库资源和RT–PCR技术获得烟草WRKY8基因,序列分析表明,该基因包含1 551 bp的开放阅读框,编码516个氨基酸。基因编码的蛋白含有2个WRKY结构域,其锌指结构类型为C2H2(C–X4–5–C–X22–23–H–X1–H)。推测其可能定位于细胞核并具有复制转录及调控的功能,从而参与对植物生长发育和胁迫应答的调节。RT–PCR结果表明,NtWRKY8基因受低温诱导表达。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
路蒙蒙 韩硕 杨琦 王俊秀 郭惠红
【目的】文冠果隶属无患子科,是我国北方重要的油料树种,种子含油量高,是制备食用油、生物柴油等的优质原料。本研究旨在克隆文冠果Leafy Cotyledon 1(XsLEC1)基因,进行序列及表达模式的分析。【方法】以文冠果种胚为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆文冠果LEC1基因。采用Protparam及TMHMM2.0软件预测XsLEC1蛋白的理化性质和跨膜结构域,Prot Comp9.0及Motif Scan软件预测XsLEC1蛋白的亚细胞定位及蛋白功能,BioEdit及MEGA7软件分析XsL
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈邦兰 龙涛 高永峰 黄仁华 刘继恺
【目的】探究烟草(Nicotiana tabacum L.)自然抗性相关巨噬细胞蛋白(Natural resistance associated macrophage proteins, NRAMPs)在金属跨膜转运所起的作用。【方法】克隆NtNRAMP3.1基因，并对其序列和表达模式进行分析，同时通过酵母异源表达对其编码蛋白的Cd转运特性进行研究。【结果】烟草NtNRAMP3.1基因全长1542 bp,编码513个氨基酸残基的蛋白质。氨基酸序列比对和进化树分析发现，NtNRAMP3.1具有11个跨膜结构域，含有NRAMP家族特有的CTM结构域，与拟南芥AtNRAMP3和AtNRAMP4的亲缘关系最近，属于NRAMP家族的第一亚组。表达模式分析表明，NtNRAMP3.1在叶中的表达量高于根，但是其对不同重金属胁迫表现出不同的应答模式。酵母实验发现，异源表达NtNRAMP3.1基因显著提高了酵母细胞中Cd的积累量，增加了酵母对Cd的敏感性。【结论】NtNRAMP3.1基因的表达具有组织特异性，且受到多种重金属胁迫的调控，其编码的蛋白是Cd向内流入的转运蛋白。本研究结果为进一步分析NtNRAMP3.1基因在植物金属离子吸收转运中的功能提供了一定的理论依据。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
马艳 朱馨蕾 杨长庚 张富春 尹伟伦
为深入研究胡杨的抗盐分子机制,并获得与之相关的抗逆基因,采用SMART技术构建了胡杨盐胁迫处理cDNA文库。经随机测序,得到一个编号为SSL061的EST序列,与欧美杨的脱水素基因有较高相似性,通过PCR快速扩增文库的方法获得了胡杨脱水素基因(Pedhn)。分析表明,该cDNA的长度为813 bp,拥有681 bp的开放读码框,共编码227个氨基酸。该序列包括两个重复的富含赖氨酸的K片段和由7个连续的丝氨酸残基组成的S片段,但是缺乏Y片段。RT-PCR结果表明,胡杨在未受胁迫的情况下脱水素基因的转录水平较低,而随着盐胁迫浓度的升高,脱水素基因的转录水平总体呈上升趋势。
关键词：
胡杨 cDNA文库 脱水素 盐胁迫
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