【摘要】从区域发展理论创新的角度,提出省区交界地域主体功能区建设存在区域发展理念、区域管理模式、区域利益协调等多方面的障碍。推进省区交界地域主体功能区建设,应遵循整体协调、自上而下、动态调整的原则,从组织协调、生态补偿、政府绩效评估机制等多方面入手,科学设计其运行机制。最后,以湘鄂渝黔边区主体功能区建设为例,对其运行机制的设计进行了深入的分析。