【摘要】基于教育部、中科院相关统计资料和ArcGIS空间分析技术,从区域、省域、市域3个空间尺度对全国"211工程"、"985工程"高等院校和中科院科研院所的地域分布差异进行分析,并对地域差异对比下高等院校与科研院所科教协同发展的创新模式和潜力空间进行探索和定位。结果得出211、985高等院校与中科院科研院所在不同空间尺度下具有较为明显的地区分布差异和关联指向,高等院校与科研院所的区域内强强联合发展、中科院所助力高等院校的区域内科教协同发展、高等院校与地方高校的区域内外联合发展是当前地域差异现实下实现高等院校与科研院所协同创新、共同发展的重要模式和内容。