【摘要】我国高等院校科研资源投入的转化效率及其评价是我国高等教育未来发展过程中亟待深入研究的问题。文章基于因子分析与DEA模型对2012年度我国教育部直属的64所高等院校的科研效率进行实证研究,研究结果表明,我国教育部直属院校的科研效率总体偏低,且结构不合理,多数院校处于规模收益递减状态,高校科研效率仍有较大的提升空间。