【摘要】文章在分析不同类型、地域和层次农林高校科研投入产出要素差异基础上,基于自助法改进的数据包络分析方法,估计了2009—2011年43所农林高校科研绩效。结果表明:中国农林高校科研投入与产出快速增长,但个体差异较大;农林高校整体纯技术效率低于规模效率;各高校绩效个体差异明显,尤其是纯技术效率差异较大;不同类型高校绩效无显著差异,东部高校的规模效率显著高于西部,"211工程"高校技术效率和纯技术效率显著高于一般高校,但"985工程"高校无明显绩效优势。应注意农业科研财政在农林高校中的均衡配置,加大科研管理体制改革力度。