【摘要】文章以系统论为指导,建立一套科学、合理的新型农村合作医疗财务绩效评价指标体系,使得新型农村合作医疗财务绩效评价有了科学的依据。并尝试引入灰色系统理论进行实证研究,提高了结论的可靠性和可信度;提出了提高新型农村合作医疗保障水平和建立政府筹资制度保证机制,以及提高基金平均补偿比和门诊平均补偿比等的对策和政策建议。