【摘要】在我国广泛实施的新型农村合作医疗由于制度设计本身的缺陷,其实施面临着一定的局限和困境,影响了农民的参合意愿及满意度,使新型农村合作医疗的制度绩效大打折扣。制度困境主要表现在5个方面:农民自愿参与催生逆向选择和道德风险使新型农村合作医疗面临可持续困境、新型农村合作医疗的公益性与商业性的博弈困境、中央政策与地方政府利益博弈困境、以家庭为单位参合与城市化及社会保障转变的冲突困境、大病统筹下的补偿模式困境,结合新型农村合作医疗的运行机理,提出了相应的对策建议。