双须骨舌鱼转录组EST-SSR标记开发与引物筛选
2016-11-15分类号：S917.4
【部门】农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室中国水产科学研究院珠江水产研究所 上海海洋大学水产与生命学院
【摘要】利用ＭＩＳＡ软件对双须骨舌鱼（ＯＳｔｅＯｇｌＯＳＳｕＭ ｂＩｃＩｒｒｈＯＳｕＭ）性腺转录组测序获得的１８８ ４６１条ｕｎＩｇｅｎｅ进行ＳＳｒ检测，结果在１１ ９１７个ｕｎＩｇｅｎｅ中共检测到ＳＳｒ位点１２ ５７８个，其中包含２个及以上ＳＳｒ位点的ｕｎＩｇｅｎｅ有６３３个。ＳＳｒ的发生频率为６．３２％，平均分布距离为９ ９４９ ｂｐ。在筛选到的ＳＳｒ位点中，优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸，其中二核苷酸重复基序数量最多，占总数的５０．５２％。重复基元类型共２１６种，其中数量最多的类型为二核苷酸重复Ａｃ／ｇｔ，占总数的２０．６６％。从所有筛选出的ＳＳｒ位点中随机选取５０个位点并运用ｐｒＩ．．．
【关键词】双须骨舌鱼(Osteoglossum bicirrhosum) 转录组 EST-SSR
【基金】广东省自然科学基金(2014A030310397); 国家水产种质资源平台(2016DKA30470)
【所属期刊栏目】淡水渔业
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