【摘要】基层学术组织及其治理是大学内部治理的基础和重心。近十年我国大学基层学术组织改革已形成的学部制、研究所制、学科制三种典型模式，以知识结构与知识发展为脉络，体现大学本质、符合大学发展的内在逻辑，更具有传统系（教研室）制所不具备的治理价值和优势。未来大学基层学术组织改革应坚持学术本位、学术自治、学术自律原则，因校制宜发展，通过这种自下而上的内部治理结构改革，实现行政权力与学术权力的合理分治、有效约束、规范运行，为现代大学制度建设奠定基础、提供动力。