【摘要】科学研究中的合作趋势越来越明显，科研合作在广度和深度上都在拓展，但对于机构间合作整体效果的评估仍缺少更简明、易操作、实用的方法与指标。本文基于生态经济学研究中广泛应用的上升性理论，提出评估机构间科学合作的方法与指数，以中国３６所研究型大学２０００～２０１５年科研合作整体效果评估为例，进行评估模型与评估指数的实证分析，并讨论了该评估模型与指数对于知识分析的理论与实践意义。