【摘要】当前我国流域跨界水污染治理存在制度缺陷，致使治理绩效不甚理想。文章提出将中央政府关系嵌入到流域跨界水污染治理中，以实现纵向机制与横向机制的有机结合来降低交易成本。该模式摆脱传统流域环境治理中的中央政府的＂主宰＂或＂漠视＂行为，采用生态治理政治动员、法律规则和行政命令、治理绩效考核制度、经济激励、省部联席会议制度等嵌入方式。纵向机制的合理嵌入将有助于促进跨界水污染治理中纵向关系与横向关系的有效协调和良性互动，进而达到流域环境治理的目标。