【摘要】本文选取了２００３－２０１３年我国３０个省市的高等院校作为决策单元，采用ＤＥＡ和ＭＡｌＭｑｕｉｓｔ指数法实证研究了我国３０个省市高等院校的科技投入产出效率研究，结果表明，第一，从静态看，我国东部和中部、东北、西部地区之间的科研投入产出效率存在显著的区域性差异，东部地区的综合效率和技术效率远高于中部、东北、西部地区，而造成我国高等院校科研投入产出效率差异的主要因素是规模效率；第二，从动态上看，我国３０个省市高等院校的全要素生产率存在很大的波动性，科技进步不稳定；技术效率变动、技术进步效率变动、纯技术效率变动和规模效率变动是影响我国高等院校科研投入产出效率的主要因素。