【摘要】国库集中支付制度有着深厚的理论渊源，是基于公共财政理论、委托代理理论、信息不对称理论等的必然选择。国库集中支付改变了高校财政性资金的管理方式、支付方式和监督方式，财政国库改革的不均衡性致使高校资金结算困难重重，资金统筹安排的基础被破坏，理财职能大幅削弱，结算的效率和质量明显降低。因而需要建立与国库集中支付制度改革相配套的结算制度体系；转变资金结算运营模式，重新定位结算部门职能；调整与银行合作的方向，提高自有资金占比；提升参与人员的政策水平和业务能力。