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基于K-mer-SVm的pirNA预测

2016-03-18分类号:Q811.4

【作者】李小林  黄世国  
【部门】福建农林大学计算机与信息学院  
【摘要】采用支持向量机(SVM)结合K-Mer分布特征预测pirNA.利用多种生物的非编码rNA序列数据库,从中挑选出pirNA序列作为正样本,并以由该数据库构建的非pirNA序列作为负样本,将正样本和负样本构成的数据随机取出50%作为训练集,将剩余的数据作为测试集;提取正样本和负样本序列的K-Mer分布特征构建特征矩阵;用SVM对其进行分类,实现pirNA预测.结果表明K-Mer-SVM在准确率、正例覆盖率、MCC和F测度等分类指标上均明显优于K-Mer-LDA,说明K-MerSVM是更好的pirNA预测算法.
【关键词】支持向量机  piRNA  K-mer  分类
【基金】福建省自然科学基金资助项目(2013J01071)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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