蕨类植物芒萁幼孢子体转录组高通量测序及特征分析
2016-08-15分类号:Q943.2
【部门】北京林业大学 江西省林业科学院省植物生物技术重点实验室
【摘要】[目的]采用高通量测序技术IllumIna mI Seq250获得蕨类植物芒萁的孢子体转录组数据,以期为芒萁的生长、发育、代谢调控、微进化机制分析等提供重要的分子信息。[方法]应用生物信息学方法对测序获得的大量单基因簇(unIgene)进行基因功能注释、代谢途径及微卫星分析等。[结果]本研究共获得18 463 296条序列读取片段(readS),总碱基数为4.62gbp序列信息,经序列组装最终得到63 169个unIgene,平均单条unIgene长度为863 bp,n50为1 587 bp,其中分布在200 500 bp长度区间unIgene占总数的55.4%。数据库中的序列同源性比较表明,...
【关键词】芒萁 转录组 功能注释 微卫星
【基金】国家林业局948项目(213-4-62); 江西省重大财政专项青年人才培养计划(芒萁根系微生物环境与成片发育研究)
【所属期刊栏目】林业科学研究
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