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玉米Glyco-hydro-16糖苷酶家族全基因组的鉴定及其遗传分化

2016-06-06分类号:S513

【作者】林峰  葛敏  周玲  赵涵  
【部门】江苏省农业科学院农业生物技术研究所/江苏省农业生物学重点实验室  上海市能源作物育种及应用重点实验室  
【摘要】【目的】全基因组水平鉴定玉米Glyco-hydro-16家族,分析该家族基因在不同组织中的表达模式以及在不同玉米杂种优势群中的遗传分化。【方法】根据Glyco-hydro-16家族相对保守的序列及结构域,构建Glyco-hydro-16家族的隐马尔科夫模型文件(Glyco-hydro-16.hmm),利用hmmersearch程序在玉米全基因组中进行比对,获得玉米中含有该家族保守结构域的所有序列。通过Blast2Go进行功能注释,利用蛋白质序列构建该家族的系统发育进化树。使用玉米自交系B73不同组织及不同发育时期的rNa-seq数据库分析该家族基因的表达模式。根据该家族基因在染色体上的位置筛选...
【关键词】玉米  Glyco-hydro-16  基因家族  杂种优势群  RNA-seq
【基金】江苏省自然科学基金(BK20141385); 江苏省农业科技自主创新资金(CX(14)5054); 上海市能源作物育种及应用重点实验室开放课题
【所属期刊栏目】中国农业科学
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