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基于转录组序列的楠木SSR分子标记开发

2016-11-15分类号:S792.24

【作者】时小东  朱学慧  盛玉珍  庄国庆  陈放  
【部门】四川大学生命科学学院  四川省雷波县林业局  四川省林业科学研究院  
【摘要】【目的】通过对楠木转录组数据的分析,开发楠木SSR分子标记技术,为楠木遗传多样性分析和资源保护提供保障。【方法】将楠木高通量转录组测序获得的67 331条Unigene进行简单重复序列(SSR)位点挖掘和分析,并结合引物验证,初步证明其可行性。【结果】通过软件分析,共获得9 405个SSR位点,出现频率为13.97%,涉及序列数量为6 667条,发生频率为9.90%。SSR序列中包括166种重复基元类型,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,SSR位点数分别为3 890(41.36%),2 885(30.68%),2 489(26.46%)。SSR位点重复次数差别较大,其中重复10...
【关键词】楠木  转录组  SSR
【基金】国家自然科学基金青年科学基金项目(31200504)
【所属期刊栏目】林业科学
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