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畜禽群体中基于SNP标记的亲子鉴定及亲本推断方法

2016-08-15分类号:S813

【作者】罗元宇  吴鹏  贺金龙  陈赞谋  张豪  李加琪  张哲  
【部门】华南农业大学动物科学学院/广东省农业动物基因组与分子育种重点实验室/国家生猪种业工程中心  
【摘要】利用双亲高密度SNP标记信息,在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发,并使用模拟的600 000个SNP标记对该程序进行测试。结果表明:对系谱正确性进行鉴定时,SNP标记数大于100即可达到100%的亲子鉴定准确率;对错误的系谱关系进行潜在亲子关系推断时,SNP标记数大于300可保证100%的推断准确率。标记平均MAF较低会降低亲子推断准确率。在程序运行效率方面,当使用50 000的SNP标记对1 000条错误率为10%的系谱进行亲子鉴定和推断时,共耗时332.87S,且计算耗时与标记数及个体数呈线性变化。本研究基于孟德尔遗传原理,设计并开发了基于双亲及后代基因型的亲子鉴定及...
【关键词】亲子鉴定  亲本推断  SNP标记  孟德尔错误  准确率
【基金】国家现代农业(生猪)产业技术体系项目(CARS-36); 科技部科技基础性工作专项(2014FY120800); 国家自然科学基金项目(31200925); 广东省自然科学基金项目(2014A030313453)
【所属期刊栏目】华中农业大学学报
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