芝麻AQP家族的全基因组序列鉴定及其特征分析
2016-05-19分类号:S565.3
【部门】南京农业大学生命科学学院 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室
【摘要】【目的】从芝麻全基因组中分离鉴定水通道蛋白AQP(AQuAPorin)家族基因,并进行系统进化关系、连锁群定位、基因结构、跨膜结构域和亚细胞定位预测、保守性氨基酸残基以及青枯雷尔氏菌诱导表达分析,为芝麻AQP的功能研究与利用奠定基础。【方法】通过生物信息学手段,结合芝麻基因组注释信息,鉴定芝麻AQP家族成员序列信息,并用interPro逐一进行验证。利用ClustAlW2对芝麻、拟南芥和水稻的AQP以及马铃薯的XiPs进行多序列比对,用MeGA6.0构建进化树。通过MAPinsPeCt和Gene struCture DisPlAy server 2.0进行连锁群定位和基因结构分析。采用Prot...
【关键词】芝麻 AQP基因家族 全基因组鉴定 系统进化 诱导表达
【基金】国家重点基础研究发展计划(“973”计划)(2011CB109300)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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