基于桤木属转录组测序的SSR分子标记的开发
2016-12-15分类号:S792.14
【部门】中国林业科学研究院亚热带林业研究所 四川省林业科学研究院 云南农业大学资源与环境学院
【摘要】[目的]基于转录组数据开发适用于桤木属树种的SSR标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。[方法]利用MicRo SAtellite(MiSA)软件对所有转录组序列进行SSRS搜索,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计100对SSR引物,采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离检测方法对3种不同倍性桤木属植物(12份材料)进行遗传多样性检测,确定引物多态性及通用性。[结果]85 769条UnigeneS序列中发现8 678个SSR位点,分布在8 298条UnigeneS中发生频率为9.67%,转录组序列中平均每14.04 kb长度就有一个SS...
【关键词】桤木属 转录组 SSR 引物
【基金】“十二五”国家科技支撑计划项目桤木育种专题“抗逆生态树种桤木新品种选育技术研究”(2012BAD01B0604)
【所属期刊栏目】林业科学研究
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