基于SLAF-Seq技术的甘薯SNP位点开发
2016-01-06分类号:S531
【部门】湖北省农业科学院粮食作物研究所 中国农业大学/教育部作物杂种优势研究与利用重点实验室/北京市作物遗传改良重点实验室
【摘要】【目的】单核苷酸多态性(SNP)是基因组中最普遍的遗传变异,是构建遗传图谱、完成分子标记辅助育种的一种非常重要的遗传标记。新一代高通量测序平台为SNP位点的检测提供了强有力的技术支持。多倍体作物通常表现为基因组序列大且重复比例高,一直以来多倍体作物的SNP位点挖掘面临巨大的挑战。【方法】共收集300份甘薯种质资源,利用SLAF-Seq测序技术进行测序。首先以马铃薯基因组为参照,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-Seq文库。后通过高通量测序的方式获得海量序列,进而通过软件分析比对,获得多态性SLAF标签,最后在多态性SLAF标签上开发大量特异性SN...
【关键词】甘薯 SLAF-seq SNP位点 高通量测序 分子标记
【基金】国家现代产业技术体系建设项目(CARS-11-C-15); 美洲甘薯资源引进与利用(2013-Z6); 科技部国际合作专项(2011DFB31620); 湖北省农业科学院青年基金项目(2014NKYJJ34);湖北省农业科学院甘薯特色学科项目(2014tSxK06); 湖北省农业科技创新中心项目(2007-620-001-03); 公益性科技研究项目(2012DBA53001)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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