芍药花色调控基因的密码子使用模式及其影响因素分析
2016-06-20分类号:S682.12
【部门】扬州大学园艺与植物保护学院/江苏省作物遗传生理重点实验室
【摘要】【目的】芍药花色的优劣影响其观赏价值和商业价值,研究芍药花色调控基因的密码子使用偏好性和密码子使用模式的影响因素,为芍药花色调控基因在m RNA翻译、转基因设计、新基因表达与功能预测以及分子生物进化研究提供参考。【方法】根据前期芍药花色嵌合体品种‘金辉’转录组测序筛选的6 345个芍药花色调控基因,并根据CDS序列特征和大于300 bp原则进行过滤后最终获得的2 234个基因序列作为研究对象,利用mobyle软件计算GC含量、第1与2位密码子的平均GC含量(GC12)、第3位密码子的GC含量(GC3S)、有效密码子数eNC、密码子适应指数CAI、相对同义密码子使用度RSCU等密码子偏性指标,其...
【关键词】芍药 花色调控基因 密码子使用模式 影响因素
【基金】国家自然科学基金(31372097,31400592); 江苏省高校自然科学研究重大项目(13KJA210005)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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