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芍药查尔酮异构酶基因(CHI)克隆、密码子偏好性分析以及蛋白结构功能预测

2016-04-28分类号:S682.12

【作者】吴彦庆  赵大球  王静  陶俊  
【部门】扬州大学园艺与植物保护学院  
【摘要】为了丰富芍药CHI基因研究的基础数据,首先利用RACE技术对芍药CHI基因的CDS区进行克隆,并通过EMBOSS软件分析序列的密码子偏好性,其次利用生物信息学软件和在线数据库对芍药CHI进行蛋白结构与功能预测。结果表明,克隆获得芍药CHI基因C DNA序列长度为898 Bp(GEN BANk序列号:JN119872),芍药CHI基因偏好使用以A/U结尾的密码子,28种偏好密码子(RSCU>1),其中偏好性较强的有UUG、UGU、CAU、AGA、AGG、CGG(RSCU≥2),在密码子的使用频率上,芍药CHI基因与酵母、大肠杆菌等模式生物基因组的差异均大于拟南芥基因组。芍药CHI为非跨膜亲水的稳...
【关键词】芍药  CHI基因  密码子偏好性  蛋白结构与功能
【基金】国家自然科学基金项目(31372097); 江苏省农业科技自主创新资金项目(CX(12)2019)
【所属期刊栏目】华北农学报
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