基于RNA-Seq的杜仲转录组微卫星特征分析
2016-09-15分类号：S792.99
【部门】中国林业科学研究院经济林研究开发中心 国家林业局泡桐研究开发中心 中南林业科技大学经济林培育与保护教育部重点实验室 中国林业科学研究院华北林业实验中心 中南林业科技大学林学院
【摘要】对杜仲（Ｅｕｃｏｍｍｉａ ｕｌｍｏｉｄＥｓ）国审良种‘华仲６号’和‘华仲１０号’花后７０和１６０ｄ的种仁共４个样本进行转录组测序，对测序数据进行组装和功能注释分类，并对转录组获得的单基因簇（ｕｎｉｇＥｎＥ）进行微卫星特征分析。利用新一代高通量测序技术ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉｓＥｑ～（Ｔｍ）２０００对杜仲样品进行转录组测序，采用软件ＴｒｉｎｉＴｙ进行组装；利用ＢｌａｓＴ软件将ｕｎｉｇＥｎＥ序列分别与ｎｒ、ｇｏ、ｃｏｇ和ＫＥｇｇ等数据库比对分析；利用ｍｉｓａ软件对转录组的９６ ４６９条ｕｎｉｇＥｎＥｓ进行ｓｓｒ搜索。结果表明：转录组测序分析，共得到７２ ７９１ ３９９个高质量的序列读取片段（ｃｌＥａ．．．
【关键词】杜仲 转录组 转录组测序 单基因簇 SSR
【基金】国家自然科学基金面上项目(31370682)
【所属期刊栏目】中国农业大学学报
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