梁山慈竹高通量转录组测序及差异表达基因分析
2016-06-28分类号：S795.5
【部门】西南科技大学植物细胞工程实验室 四川省生物质资源利用与改性工程技术研究中心
【摘要】分析梁山慈竹及其体细胞突变体的转录组，挖掘功能基因并对其差异表达基因进行筛选和分析，为梁山慈竹遗传改良提供理论依据。利用ＲＮＡ－Ｓｅｑ技术进行转录组测序，对测序结果进行ｄｅ Ｎｏｖｏ拼接和功能注释；并对差异表达基因进行筛选及ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ数据库中进行比对注释，此外，基于ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ功能注释结果，分析纤维素和木质素相关功能基因的表达量差异。测序结果表明，共获得８６ ５７５ ６３１条ＲｅＡｄＳ，ｄｅ Ｎｏｖｏ组装得到８４ ７４１条ｕＮｉＧｅＮｅＳ，共有４９ ８２９条被ＮＲ、ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ、ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ注释。从梁山慈竹实生植株（对照）和体细胞突变体Ｎｏ．３０这２个测序．．．
【关键词】梁山慈竹 体细胞突变体 转录组 差异表达基因
【基金】国家自然科学基金青年基金项目(31400257;31400333); 四川省“十三五”育种公关资助项目; 四川省生物质资源利用与改性工程技术研究中心基金项目(12zxsk07;13zxsk01); 西南科技大学研究生创新基金项目(15ycx092)
【所属期刊栏目】华北农学报
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