【摘要】国家部署开展的重点改革项目——口岸部门合作和大通关建设当前遇到诸多困难。其根本原因在于法律体系和职能管理机制存在差异，可运用博弈方法求解。通过矩阵博弈设计出海关与检验检疫区域通关的最佳方案，通过公约数博弈设计出口岸＂单一窗口＂的最佳方案。因此，改革应从信息互换、监管互认、执法互助、职能衔接、灵活管理五个方面着力。