【摘要】［目的］本文旨在研究水稻籼粳交杂种优势的分子基础。［方法］利用Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ水稻表达谱芯片分析了强优势水稻籼粳交组合‘申９Ａ／繁３１’与母本‘申９Ａ’和父本‘繁３１’在幼穗分化初期剑叶组织的基因表达差异，并对差异表达基因进行了基于生物学过程的ＧＯ（Ｇｅｎｅ ＯｎｔＯｌＯＧｙ）功能分类和代谢通路分析。［结果］幼穗分化初期杂种与双亲的表型已经产生了明显差异；共有２ ２５８个基因在杂种与亲本之间差异表达（差异倍数≥２或≤０．５），杂种与双亲均显示差异表达的基因有３２７个，杂种与父本之间的差异表达基因远多于母本。杂种差异表达基因具有多种表达模式，具有正效应基因的增强表达和具有负效应基因的抑制表达．．．