【摘要】自新型农村合作医疗制度２００４年推行以来，一方面，农民的人均医疗费用支出持续上涨，而新农合基金却大量结余，另一方面，补偿受益总人次、参合率等指标又显示了很乐观的现象。新农合筹资方面出现了矛盾而迷惑的现象，需要将新农合作为一个投入产出系统，科学评估其筹资效率。通过ＷｉｎｄｏＷ模型发现，新农合筹资效率除了２００７年和２０１０年效率较高外，其他年份都小于１，筹资效率有待提高。