【摘要】本文通过ＤＥＡ模型，对南京市１０９家农业产业化龙头企业２０１２年的投入产出效率进行评价，并进一步通过分位数回归模型对其效率差异影响因素进行分析。研究结果显示，农业龙头企业生产率随着等级的提升呈＂Ｕ＂型分布，农业企业效率并不随企业等级提升而提高。资产投入、科研投入等影响因素对于不同等级企业影响程度存在显著差异。政府应针对不同等级农业企业建立差异化的企业等级评定体系，通过企业等级切实引导企业提升生产效率。