【摘要】随着城市研究视角的拓展，传统的城市研究方法论也需要进行相应改造。基因隐喻已经比较广泛地运用在微观的组织文化领域，在宏观的国家文化研究中也有运用。而在中观的城市研究层面上尚存在空白。本文从基因隐喻的方法论解析出发，结合现有文献，通过概念推演、逻辑集成，归纳了一个城市基因的研究框架，并以上海的城市基因为例进行了分析。城市基因的内涵由本底特征和显性特征组成，具有生物学基因的复制、遗传、变异等特性。城市基因与实际的城市管理具有互动的关系，包括城市规划、城市治理、公共政策等方面。城市基因为进一步系统研究不同城市的具体发展战略提供了有益的分析框架。