【摘要】本文以国家资源型经济转型综合配套改革试验区山西省数据为切入点,采用DEA和SFA方法,实证分析了2004～2008年间我国大中型工业企业的行业创新效率,发现:(1)纵向来看,五年间我国工业行业创新效率总体呈逐年上升趋势;(2)横向来看,短期创新效率显著高于长期创新效率;(3)无论短期创新效率还是长期创新效率,新兴行业都要高于传统行业。说明我国企业自主创新能力提升态势良好,也警示我们在注重提高短期创新能力的同时不可忽视对长期创新能力的培育;同时,本研究提出了基于行业创新效率的结构转型思路:将新兴行业作为促进我国经济增长的主要推动力,加大传统行业的创新力度,依托新技术促进产业结构调整。