【摘要】本文利用1994~2012年新疆财政支农投入数据,计算相关指标度量新疆财政支农投入的南北疆区域差异,运用Theil指数分解法分析区域差异来源和构成。实证研究结果表明:1新疆财政支农投入南北疆区域差异呈现"北高南低"的分布格局;2北疆财政支农投入力度和规模高于南疆;3财政支农投入与区域农业发展水平不相符;4区域内部差异是财政支农投入南北疆区域差异的来源,不同时期区域内部差异的主导力量不同。据此,结合新疆实际,提出缩小财政支农投入南北疆区域差异的对策建议。