基于GPU并行的生物序列局部比对算法
2015-07-18分类号：TP391.41
【部门】福建农林大学计算机与信息学院
【摘要】对Smith-Waterman算法的计算公式进行了改进以适应GPU并行的特点,并提出新的基于BLOCK分块的并行前缀扫描法;通过UP-DOWN步骤、BLOCK间调整、Eij微调等步骤在O(logn)时间内计算出行中每一个元素的前缀最大值;最后将回溯过程置于GPU端,避免了CPU与GPU间内存的拷贝.与传统的Smith-Waterman算法相比,该算法在低端的GPU平台性能提升90倍;与同样基于GPU的SWAT算法相比,性能也有较大的提升.
【关键词】Smith-Waterman算法 并行前缀扫描 通用图形处理器 序列比对
【基金】福建省自然科学基金资助项目(2013J01216;2014J01219)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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