杉木转录组SSR挖掘及EST-SSR标记规模化开发
2015-11-15分类号:S791.27
【部门】中南林业科技大学风景园林学院 中南林业科技大学林学院 广东省韶关市林业局
【摘要】【目的】为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础。【方法】杉木转录组序列数据(Accession:SRX151872)从NCBI的SRA数据库下载。利用CLC和CMi B软件批量挖掘SSR位点;利用四色荧光标记通用引物多重PCR(multiplex-PCR)技术实现SSR标记的规模化开发。【结果】杉木转录组de novo assembly序列拼接共得到35 633个contigs,总长度31.5 Mb,其中最小拼接长度155 bp,最大23 794 b...
【关键词】杉木 微卫星标记 EST-SSR 转录组 序列从头拼接
【基金】
【所属期刊栏目】林业科学
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