基于牙鲆RNA-seq数据中SSR标记的信息分析
2015-03-15分类号：S917.4
【部门】上海海洋大学水产与生命学院 中国水产科学研究院北戴河中心实验站 中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心
【摘要】通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用Micro SAtellite(MISA)软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12%,平均密度为339个/Mbp。获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65%。同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估。
【关键词】牙鲆 转录组测序 SSR标记
【基金】国家863计划项目(2012AA10A408); 现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-50-G02,CARS-50-Z03)
【所属期刊栏目】海洋渔业
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